16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Kaluwihan Service
● Long-maca mbukak lengkap-dawa urutan 16S / 18S / ITS
● Panggilan dhasar sing akurat banget karo urutan mode PacBio CCS
● Résolusi tingkat spesies ing anotasi OTU/ASV
● Aliran nganalisa QIIME2 paling anyar kanthi analisa macem-macem babagan database, anotasi, OTU/ASV.
● Ditrapake kanggo macem-macem studi komunitas mikroba
● BMK ndarbeni pengalaman ekstensif karo liwat 100.000 conto / taun, panutup lemah, banyu, gas, endhot, feces, usus, kulit, duduh kaldu fermentasi, serangga, tetanduran, etc.
● BMKCloud nggampangake interpretasi data sing ngemot 45 alat analisis pribadi
Spesifikasi Layanan
| SequencingPlatform | Pustaka | Data sing disaranake | Wektu Turnaround |
| PacBio Sekuel II | SMRT-lonceng | Tag 5K / 10K / 20K | 44 dina kerja |
Analisis bioinformatika
● Kontrol kualitas data mentah
● OTU clustering/De-noise(ASV)
● anotasi OTU
● Alpha bhinéka
● Beta bhinéka
● Analisis antarkelompok
● Analisis asosiasi marang faktor eksperimen
● Prediksi gen fungsi
Syarat Sampel lan Pangiriman
Syarat Sampel:
KanggoEkstrak DNA:
| Tipe Sampel | Jumlah | Konsentrasi | Kemurnian |
| Ekstrak DNA | > 1 ugi | > 20 ng/ml | OD260/280= 1.6-2.5 |
Kanggo sampel lingkungan:
| jinis sampel | Prosedur sampling sing disaranake |
| lemah | Jumlah sampling: approx.5 g;Sisa zat layu kudu dibuang saka permukaan;Tlatah potongan gedhe lan ngliwati saringan 2 mm;Sampel Aliquot ing tabung EP utawa cyrotube steril kanggo leladen. |
| najis | Jumlah sampling: approx.5 g;Nglumpukake lan conto aliquot ing EP-tabung steril utawa cryotube kanggo leladen. |
| isi usus | Sampel kudu diproses ing kahanan aseptik.Wisuh tissue diklumpukake karo PBS;Centrifuge PBS lan ngumpulake precipitant ing EP-tabung. |
| Sludge | Jumlah sampling: approx.5 g;Nglumpukake lan aliquot sampel endhot ing steril EP-tabung utawa cryotube kanggo leladen |
| Badan banyu | Kanggo sampel kanthi jumlah mikroba sing winates, kayata banyu tap, banyu sumur, lsp., Nglumpukake paling sethithik 1 liter banyu lan ngliwati saringan 0,22 μm kanggo nambah mikroba ing membran.Simpen membran ing tabung steril. |
| Kulit | Kasebut kanthi teliti, scrape lumahing kulit karo swab katun steril utawa agul-agul bedhah lan sijine ing tabung steril. |
Pangiriman Sampel sing Disaranake
Beku conto ing nitrogen cair kanggo 3-4 jam lan simpen ing nitrogen cair utawa -80 derajat kanggo reservasi jangka panjang.Pengiriman sampel nganggo es garing dibutuhake.
Alur Kerja Layanan
pangiriman sampel
Konstruksi perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Layanan sawise-sale
1. Tingkat anotasi saka profil komunitas mikroba adhedhasar V3 + V4 (Illumina) vs profiling basis Full-dawa (PacBio).
(Data saka 30 proyek sing dipilih kanthi acak ditrapake kanggo statistik)
2. Tingkat anotasi saka urutan amplicon lengkap ing tingkat spesies ing macem-macem jinis sampel
3. Distribusi spesies
4. Wit filogenetik
Kasus BMK
Paparan arsenik nyebabake karusakan alangan usus lan akibate aktivasi sumbu usus-ati sing nyebabake inflamasi lan pyroptosis ati ing bebek.
Diterbitake:Ilmu Lingkungan Total,2021
Strategi urutan:
Sampel: Kontrol vs 8 mg/kg ATO klompok kapapar
Ngasilake data urutan: 102.583 urutan CCS mentah kanthi total
Kontrol: 54.518 ± 747 CCS efektif
ATO sing kapapar: 45.050 ± 1675 CCS efektif
Asil kunci
Keragaman alfa:Paparan ATO kanthi signifikan ngubah kasugihan lan keragaman mikroba usus ing bebek.
Analisis metastat:
Ing tingkat filum: 2 filum bakteri mung dideteksi ing kelompok kontrol
Ing tingkat genus: 6 genera ditemokake beda banget ing kelimpahan relatif
Ing tingkat spesies: 36 spesies diidentifikasi kanthi total, kanthi 6 saka macem-macem beda-beda ing kelimpahan revive.
Referensi
Thingholm, LB, et al."Wong lemu karo lan tanpa Diabetes Tipe 2 Nuduhake Kapasitas Fungsi lan Komposisi Mikroba Gut sing Beda."Host Sel & Mikroba26.2 (2019).
