Uji kanggo Kromatin sing Bisa Diakses Transposase kanthi Urutan Throughput Dhuwur (ATAC-seq)
Fitur Layanan
● Layanan mbutuhake sampel jaringan, tinimbang asam nukleat sing diekstrak, kanggo njaga interaksi DNA-protein.
● Metode ATAC kalebu disosiasi jaringan, banjur isolasi inti, perawatan lan pemurnian Tn5, amplifikasi PCR, pemilihan ukuran lan sekuensing.
● Urutan ing Illumina NovaSeq
Kauntungan Layanan
●Sensitivitas Dhuwur:Jumlah sel wiwitan sing sithik cukup kanggo persiapan lan sekuensing perpustakaan.
●Teknik sing Informatif Banget: bebarengan mbukak lokasi genom kromatin mbukak lan unsur pangaturan aktif kayata situs pengikatan faktor transkripsi.
●Reproduksibilitas Eksperimental sing Apik: replikasi teknis nuduhake kemampuan pengulangan sing apik banget.
●Keahlian sing jembarKanthi atusan proyèk sekuensing ATAC sing kasil dirampungaké, BMKGENE nduwèni pengalaman luwih saka dasawarsa, tim analisis sing trampil, konten sing komprehensif, lan dhukungan pasca-penjualan sing apik banget.
●Kemungkinan kanggo Gabung karo Analisis Transkriptomik: ngidini analisis terpadu saka ATAC seq karo data omics liyane kayata RNA-seq.
● Analisis Bioinformatika Komprehensif: ora mung nggampangake identifikasi wilayah kromatin sing mbukak lan fungsi sing cocog (promoter, UT, ekson, intron) nanging uga analisis bedane antarane wilayah kromatin sing mbukak ing antarane sampel.
Spesifikasi Layanan
| Perpustakaan | Strategi Urutan | Output data sing disaranake | Kontrol kualitas |
| ATAC-seq | Illumina PE150 | > 20M maca Gumantung saka ukuran genom (Manusia: 50 M maca) | Q30≥85% |
Sarat Conto
Jinis sampel: Jaringan, sel urip utawa beku, getih
● Nomer sel: ≥ 106sel-sel
● Bobot jaringan: ≥ 200mg jaringan seger
● Getih: ≥ 4 mL
Alur Kerja Layanan
Desain eksperimen
Pangiriman conto
Ekstraksi DNA
Konstruksi perpustakaan
Urutan
Analisis data
Layanan sawise dodolan
Kalebu Analisis ing ngisor iki:
● Kontrol kualitas data mentah;
● Panggilan puncak adhedhasar pemetaan menyang genom referensi;
● Anotasi gen ing lokasi puncak;
● Analisis Motif: identifikasi situs pengikatan faktor transkripsi (TFBS);
● Analisis lan anotasi Puncak Diferensial.
1. Peta panas ing distribusi maca ATAC ing TSS lan wilayah jejere (±3 kb)
2. Distribusi wilayah kromatin terbuka ing macem-macem komponen genom
3. Panggilan puncak diferensial antarane klompok
Jelajahi kemajuan riset sing difasilitasi dening layanan sekuensing ATAC BMKGene liwat koleksi publikasi sing dikuratori.
Fu, A.lan liya-liyane.(2023) 'Perakitan genom telomer-ke-telomer pare (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) nuduhake perkembangan woh, komposisi, lan karakteristik genetik pematangan',Riset Hortikultura, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Gong, B.lan liya-liyane.(2023) 'Aktivasi epigenetik lan transkripsi saka kinase sekretori FAM20C minangka onkogen ing glioma',Jurnal Genetika lan Genomik, 50(6), kaca 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Dhèwèké, Y.lan liya-liyane.(2023) 'Butyrate mbalikke resistensi feroptosis ing kanker kolorektal kanthi nyebabake penekanan xCT sing gumantung karo c-Fos',Biologi Redoks, 65, hlm. 102822. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
