Pengujian kanggo Kromatin sing Bisa Diakses Transposase kanthi Sekuensing Throughput Tinggi (ATAC-seq)
Fitur Layanan
● Layanan mbutuhake conto jaringan, tinimbang asam nukleat sing diekstrak, kanggo ngreksa interaksi DNA-protein.
● Cara ATAC kalebu disosiasi jaringan, diikuti karo isolasi inti, perawatan lan pemurnian Tn5, amplifikasi PCR, pilihan ukuran lan urutan.
● Sequencing ing Illumina NovaSeq
Kaluwihan Service
●Sensitivitas dhuwur:jumlah sel wiwitan kurang cukup kanggo preparation perpustakaan lan urutan.
●Teknik Highly Informatif: bebarengan mbukak lokasi genomik kromatin mbukak lan unsur regulasi aktif kayata situs ngiket faktor transkripsi.
●Reproduktifitas Eksperimental sing apik: réplika technical nuduhake repeatability banget.
●Keahlian ekstensif: kanthi atusan proyek urutan ATAC kasil rampung, BMKGENE ndadekke liwat dasawarsa pengalaman, tim analisis Highly trampil, isi lengkap, lan support post-sales banget.
●Kamungkinan Gabung karo Analisis Transkriptik: ngidini kanggo analisis terpadu saka ATAC seq karo data omics liyane kayata RNA-seq.
● Analisis Bioinformatika Komprehensif: mbisakake ora mung identifikasi wilayah mbukak kromatin lan fungsi sing cocog (promotor, UT, ekson, intron) nanging uga analisis beda antarane wilayah mbukak kromatin ing antarane conto.
Spesifikasi Layanan
| Pustaka | Strategi Sequencing | Output data sing disaranake | Kontrol kualitas |
| ATAC-seq | Illumina PE 150 Kab | > 20M diwaca Gumantung saka ukuran genom (Manungsa: 50 M diwaca) | Q30≥85% |
Syarat Sampel
Jenis sampel: Jaringan, sel urip utawa beku, getih
● Nomer sel: ≥ 106sel
● Bobot jaringan: ≥ 200mg jaringan seger
● Getih: ≥ 4 mL
Alur Kerja Layanan
Desain eksperimen
pangiriman sampel
Ekstraksi DNA
Konstruksi perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Layanan sawise-sale
Kalebu Analisis ing ngisor iki:
● Kontrol kualitas data mentah;
● Panggilan puncak adhedhasar pemetaan kanggo referensi genom;
● Anotasi gen ing lokasi puncak;
● Analisis Motif: identifikasi situs pengikat faktor transkripsi (TFBS);
● Analisis Puncak Diferensial lan anotasi.
1.Heatmap ing ATAC maca distribusi ing TSS lan wilayah jejer (± 3 kb)
2.Distribusi wilayah kromatin sing mbukak ing komponen genom sing beda
3.Diferensial puncak nelpon antarane kelompok
Jelajahi kemajuan riset sing difasilitasi dening layanan urutan ATAC BMKGene liwat koleksi publikasi sing dipilih.
Fu, A.et al.(2023) 'Telomere-to-telomere genome assembly of bitter melon (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) ngungkapake perkembangan woh, komposisi lan karakteristik genetis ripening',Riset Hortikultura, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Gong, B.et al.(2023) 'Aktivasi epigenetik lan transkripsi saka secretory kinase FAM20C minangka onkogen ing glioma',Jurnal Genetika lan Genomik, 50(6), kaca 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Dheweke, Y.et al.(2023) 'Butyrate mbalikke resistensi ferroptosis ing kanker kolorektal kanthi nyebabake supresi xCT gumantung c-Fos',Biologi Redoks, 65, p. 102822. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
