circRNA sequencing-Illumina
Fitur
● panipisan rRNA ngiring dening preparation perpustakaan pituduh, mbisakake urutan data sing untaian-tartamtu.
● Alur kerja bioinformatik mbisakake prediksi circRNA lan kuantifikasi ekspresi
Kaluwihan Service
●Pustaka RNA sing luwih lengkap:kita nggunakake panipisan rRNA tinimbang panipisan RNA linier ing persiapan pra-perpustakaan, mesthekake yen data urutan kalebu ora mung circRNA nanging uga mRNA lan lncRNA, mbisakake analisis gabungan ing set data kasebut
●Analisis opsional jaringan RNA endogen (ceRNA) kompetitif: nyedhiyakake wawasan sing luwih jero babagan mekanisme pangaturan seluler
●Keahlian ekstensif: kanthi rekaman trek pangolahan luwih saka 20.000 conto ing BMK, kalebu macem-macem jinis sampel lan proyek lncRNA, tim kita nggawa akeh pengalaman kanggo saben proyek.
●Kontrol Kualitas sing ketat: kita ngetrapake titik kontrol inti ing kabeh tahapan, saka persiapan sampel lan perpustakaan nganti urutan lan bioinformatika.Pemantauan sing tliti iki njamin asil kualitas sing terus-terusan.
● Dhukungan Post-Sales: Komitmen kita ngluwihi proyek rampung kanthi wektu layanan sawise-sale 3 sasi.Sajrone wektu iki, kita nawakake tindak lanjut proyek, pitulungan ngatasi masalah, lan sesi Q&A kanggo ngatasi pitakon apa wae sing ana gandhengane karo asil.
Syarat Sampel lan Pangiriman
| Pustaka | Platform | Data sing disaranake | Data QC |
| Poly A enriched | Illumina PE 150 Kab | 16-20 Gb | Q30≥85% |
Syarat Sampel:
Nukleotida:
| Konk.(ng/μl) | Jumlah (μg) | Kemurnian | Integritas |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0,5-2,5 Kontaminasi protein utawa DNA diwatesi utawa ora ditampilake ing gel. | Kanggo tetanduran: RIN≥6.5; Kanggo kewan: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; winates utawa ora elevasi baseline |
● Tanduran:
ROOT, Batang utawa Petal: 450 mg
Godhong utawa Wiji: 300 mg
Woh: 1,2 g
● Kewan:
Jantung utawa Usus: 450 mg
Viscera utawa Otak: 240 mg
Otot: 600 mg
Balung, Rambut utawa Kulit: 1,5g
● Artropoda:
serangga: 9 g
Crustacea: 450 mg
● Darah wutuh:2 tabung
● Sel: 106 sel
● Serum lan Plasma: 6 ml
Pangiriman Sampel sing Disaranake
Wadah: 2 ml tabung centrifuge (Timah foil ora dianjurake)
Labeling sampel: Group+replikat contone A1, A2, A3;B1, B2, B3....
Kintunan:
1. Es garing: Sampel kudu dikemas ing tas lan dikubur ing es garing.
2. Tabung RNAstable: Sampel RNA bisa dikeringake ing tabung stabilisasi RNA (umpamane RNAstable®) lan dikirim ing suhu kamar.
Alur Kerja Layanan
Desain eksperimen
pangiriman sampel
Ekstraksi RNA
Konstruksi perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Layanan sawise-sale
Bioinformatika
prediksi circRNA: distribusi kromosom
CircRNAs sing Diungkapake kanthi Diferensial - Plot gunung berapi
CircRNAs sing diungkapake kanthi beda - clustering hirarkis
Pengayaan fungsional gen inang circRNA
Jelajahi kemajuan riset sing difasilitasi dening layanan urutan circRNA BMKGene liwat koleksi publikasi sing dipilih.
Wang, X. et al.(2021) 'CPSF4 ngatur pambentukan circRNA lan microRNA mediated gen silencing ing karsinoma hepatoseluler', Oncogene 2021 40:25, 40(25), pp. 4338-4351.doi: 10.1038 / s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al.(2023) 'Transkriptom X oo-responsif ngandhakake peran RNA133 bunder ing resistensi penyakit kanthi ngatur ekspresi OsARAB ing beras', Phytopathology Research, 5 (1), pp. 1-14.doi: 10.1186 / S42483-023-00188-8 / GAMBAR / 6.
Y, H. et al.(2023) 'CPSF3 modulates imbangan transkrip sirkular lan linear ing karsinoma hepatoseluler'.doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. et al.(2023) 'Evaluasi komprehensif circRNAs ing kardiomiopati sirosis sadurunge lan sawise transplantasi ati', International Immunopharmacology, 114, p.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
