BMKCloud Log in
条形banner-03

Produk

Urutan mRNA lengkap -PacBio

Saikiurutan transkriptom lengkap, uga dikenal minangkaSaikiIso-Seq njupuk kaluwihan saka sequencer PacBio ing dawa diwaca, kang mbisakake urutan molekul cDNA lengkap-dawa tanpa break.Iki rampung ngindhari kesalahan sing diasilake ing langkah perakitan transkrip lan nggawe set unigene kanthi resolusi tingkat isoform.Set unigene iki nyedhiyakake informasi genetik sing kuat minangka "genom referensi" ing tingkat transkriptom.Kajaba iku, nggabungake karo data urutan generasi sabanjure, layanan iki nguatake kuantitas ekspresi tingkat isoform sing akurat.

Platform: PacBio Sekuel II
Perpustakaan: perpustakaan lonceng SMRT

  • :
  • Rincian Layanan

    Asil Demo

    Studi Kasus

    Kaluwihan Service

    2

    ● Langsung maca molekul cDNA lengkap saka 3'- pungkasan nganti 5'- pungkasan

    ● Résolusi tingkat Iso-form ing struktur urutan

    ● Transkrip kanthi akurasi lan integritas sing dhuwur

    ● Kompatibel banget kanggo spesies vaiours

    ● Kapasitas urutan gedhe kanthi 4 platform urutan PacBio Sequel II dilengkapi

    ● Highly ngalami karo liwat 700 proyek RNA basis Pacbio sequencing

    ● Pangiriman asil adhedhasar BMKCloud: Data-mining khusus kasedhiya ing platform.

    ● Layanan sawise-sale bener kanggo 3 sasi sawise project completion

    Spesifikasi Layanan

    Platform: PacBio Sekuel II

    Perpustakaan urutan: perpustakaan mRNA sing diperkaya Poli A

    Hasil data sing disaranake: 20 Gb/sampel (Gumantung saka spesies)

    FLNC(%): ≥75%

    *FLNC: Transip non-chimeric lengkap

    Analisis bioinformatika

    ● Pangolahan data mentah
     
    ● Identifikasi transkrip
     
    ● Struktur urutan
     
    ● Ekspresi Quantification
     
    ● Anotasi Fungsi

    pacbio dawa lengkap

    Syarat Sampel lan Pangiriman

    Syarat Sampel:

    Nukleotida:

    Konk.(ng/μl)

    Jumlah (μg)

    Kemurnian

    Integritas

    ≥ 120

    ≥ 0,6

    OD260/280=1.7-2.5

    OD260/230=0,5-2,5

    Kontaminasi protein utawa DNA diwatesi utawa ora ditampilake ing gel.

    Kanggo tetanduran: RIN≥7.5;

    Kanggo kewan: RIN≥8.0;

    5.0≥ 28S/18S≥1.0;

    winates utawa ora elevasi baseline

    Tisu: Bobot (garing):≥1 g
    *Kanggo jaringan sing luwih cilik saka 5 mg, disaranake ngirim sampel jaringan flash beku (ing nitrogen cair).

    Suspensi sel:Jumlah sel = 3×106- 1×107
    * Disaranake ngirim lysate sel beku.Yen jumlah sel luwih cilik tinimbang 5 × 105, lampu kilat beku ing nitrogen cair dianjurake, sing luwih disenengi kanggo ekstraksi mikro.

    Sampel getih:Volume ≥1 mL

    Mikroorganisme:Bobot ≥ 1 g

    Pangiriman Sampel sing Disaranake

    Wadhah:
    2 ml tabung centrifuge (Timah foil ora dianjurake)
    Labeling sampel: Group+replikat contone A1, A2, A3;B1, B2, B3....

    Kintunan:

    1. Es garing: Sampel kudu dikemas ing tas lan dikubur ing es garing.
    2. Tabung RNAstable: Sampel RNA bisa dikeringake ing tabung stabilisasi RNA (umpamane RNAstable®) lan dikirim ing suhu kamar.

    Alur Kerja Layanan

    Sampel QC

    Desain eksperimen

    pangiriman sampel

    pangiriman sampel

    Eksperimen pilot

    Ekstraksi RNA

    Persiapan Pustaka

    Konstruksi perpustakaan

    Sequencing

    Sequencing

    Analisis data

    Analisis data

    Layanan sawise sale

    Layanan sawise-sale


  • Sadurunge:
  • Sabanjure:

  • 1.Distribusi dawa FLNC

    Dawane maca non-chimeric lengkap (FLNC) nuduhake dawa cDNA ing konstruksi perpustakaan.Distribusi dawa FLNC minangka indikator penting kanggo ngevaluasi kualitas konstruksi perpustakaan.

    mRNA-FLNC-maca-dawa-distribusi

    distribusi dawa diwaca FLNC

    2. Lengkap distribusi dawa wilayah ORF

    Kita nggunakake TransDecoder kanggo prédhiksi wilayah coding protein lan urutan asam amino sing cocog kanggo ngasilake set unigene, sing ngemot informasi transkrip non-redundant lengkap ing kabeh conto.

    mRNA-Complete-ORF-dawa-distribusi

    Distribusi dawa wilayah ORF lengkap

    3. Analisis pengayaan jalur KEGG

    Transkrip sing diungkapake kanthi beda (DET) bisa diidentifikasi kanthi nyelarasake data urutan RNA basis NGS ing set transkrip lengkap sing digawe dening data urutan PacBio.DET iki bisa luwih diproses kanggo macem-macem analisis fungsional, contone, analisis pengayaan jalur KEGG.

    mRNA-DEG-KEGG-pathway-pengayaan

    DET KEGG pathway pengayaan -Dot plot

    Kasus BMK

    Dinamika perkembangan transkriptom batang Populus

    Diterbitake: Jurnal Bioteknologi Tumbuhan, 2019

    Strategi urutan:
    Koleksi sampel:wilayah batang: puncak, ruas pertama (IN1), ruas kedua (IN2), ruas ketiga (IN3), ruas (IN4) dan ruas (IN5) dari Nanlin895
    NGS-urutan:RNA saka 15 individu dikumpulake minangka siji sampel biologis.Telung replika biologi saben titik diproses kanggo urutan NGS
    TGS-urutan:Wilayah stem dipérang dadi telung wilayah, yaiku puncak, IN1-IN3 lan IN4-IN5.Saben wilayah diproses kanggo urutan PacBio kanthi papat jinis perpustakaan: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb lan 3-10 kb.

    Asil kunci

    1. Gunggunge 87150 transkrip lengkap diidentifikasi, ing ngendi, 2081 isoform novel lan 62058 isoform alternatif sing disambungake novel diidentifikasi.
    2.1187 lncRNA lan 356 gen fusi diidentifikasi.
    3. Saka wutah primer nganti pertumbuhan sekunder, 15838 transkrip sing diungkapake kanthi beda saka 995 gen sing diungkapake kanthi beda diidentifikasi.Ing kabeh DEG, 1216 minangka faktor transkripsi, sing paling akeh durung dilaporake.
    4.Analisis pengayaan GO ngumumake pentinge divisi sel lan proses reduksi oksidasi ing wutah primer lan sekunder.

    • PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

      Acara splicing alternatif lan isoform sing beda

    • PB-full-length-RNA-alternatif-splicing

      Analisis WGCNA babagan faktor transkripsi

    Referensi

    Chao Q, Gao ZF, Zhang D, et al.Dinamika perkembangan transkriptom batang Populus.Bioteknol Tanduran J. 2019;17(1):206-219.doi: 10.1111/pbi.12958

    njaluk kutipan

    Tulis pesen sampeyan ing kene lan kirimake menyang kita

    Kirim pesen kanggo kita: