Urutan mRNA lengkap -PacBio
Fitur-fitur
● Sintesis cDNA saka mRNA poli-A diterusake karo persiapan pustaka
● Urutan ing mode CCS, ngasilake bacaan HiFi
● Urutan transkrip dawa lengkap
● Analisis iki ora mbutuhake genom referensi; nanging, bisa uga digunakake
● Analisis bioinformatika nggampangake analisis transkrip isoform lncRNA, fusi gen, poli-adenylasi, lan struktur gen
Kauntungan Layanan
●Akurasi DhuwurHiFi maca kanthi akurasi >99,9% (Q30), bisa dibandhingake karo NGS
● Analisis Penyambungan AlternatifUrutan kabeh transkrip ngidini identifikasi lan karakterisasi isoform
●Keahlian sing jembarKanthi rekam jejak ngrampungake luwih saka 1100 proyek transkriptom PacBio lengkap lan ngolah luwih saka 2300 sampel, tim kita nggawa akeh pengalaman kanggo saben proyek.
●Dhukungan Pasca-PenjualanKomitmen kita ngluwihi rampunging proyek kanthi periode layanan purna jual 3 sasi. Sajrone wektu iki, kita nawakake tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, lan sesi tanya jawab kanggo njawab pitakon apa wae sing ana gandhengane karo asil.
Sarat lan Pangiriman Conto
| Perpustakaan | Strategi urutan | Data sing disaranake | Kontrol Kualitas |
| Pustaka CCS mRNA sing diperkaya PolyA | Sekuel PacBio II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Sarat Conto:
Nukleotida:
● Tanduran:
Oyot, Gagang utawa Kelopak: 450 mg
Godhong utawa Wiji: 300 mg
Woh-wohan: 1,2 g
● Kewan:
Obat Jantung utawa Usus: 300 mg
Jeroan utawa Otak: 240 mg
Otot: 450 mg
Balung, Rambut utawa Kulit: 1g
● Arthropoda:
Serangga: 6g
Krustasea: 300 mg
● Getih utuh: 1 tabung
● Sel: 106 sel-sel
| Konsentrasi (ng/μl) | Jumlah (μg) | Kasucian | Integritas |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Kontaminasi protein utawa DNA winates utawa ora ana sing dituduhake ing gel. | Kanggo tanduran: RIN≥7.5; Kanggo kéwan: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; elevasi dhasar sing winates utawa ora ana |
Pangiriman Sampel sing Disaranake
Wadhah: Tabung centrifuge 2 ml (Foil timah ora disaranake)
Conto pelabelan: Kelompokake+replikasi contone A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pangiriman:
1. Es garing: Sampel kudu dikemas ing kantong lan dikubur ing es garing.
2. Tabung RNA stabil: Sampel RNA bisa dikeringake ing tabung stabilisasi RNA (kayata RNA stabil®) lan dikirim ing suhu ruangan.
Alur Kerja Layanan
Desain eksperimen
Pangiriman conto
Ekstraksi RNA
Konstruksi perpustakaan
Urutan
Analisis data
Layanan sawise dodolan
Kalebu analisis ing ngisor iki:
● Kontrol kualitas data mentah
● Analisis Poliadenilasi Alternatif (APA)
● Analisis transkrip fusi
● Analisis Penyambungan Alternatif
● Analisis Tolok Ukur Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO)
● Analisis transkrip anyar: prediksi urutan kode (CDS) lan anotasi fungsional
● Analisis lncRNA: prediksi lncRNA lan target
● Identifikasi MikroSatelit (SSR)
Analisis BUSCO
Analisis Penyambungan Alternatif
Analisis Poliadenilasi Alternatif (APA)
Anotasi fungsional transkrip novel
Jelajahi kemajuan sing difasilitasi dening layanan sekuensing mRNA lengkap Nanopore BMKGene ing publikasi unggulan iki.
Ma, Y. et al. (2023) 'Analisis komparatif metode sekuensing RNA PacBio lan ONT kanggo identifikasi racun Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), hlm. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) 'Dinamika perkembangan transkriptom batang Populus', Jurnal Bioteknologi Tanaman, 17(1), hlm. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Owah-owahan Dinamis ing Kandungan Asam Askorbat sajrone Perkembangan Woh lan Pematangan Actinidia latifolia (Tanaman Woh sing Sugih Askorbat) lan Mekanisme Molekuler sing Ana gandhengane', Jurnal Internasional Ilmu Molekuler, 23(10), hlm. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Prediksi efektif gen jalur biosintetik sing terlibat ing polifilin bioaktif ing Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), pp. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Analisis Gabungan PacBio Iso-Seq lan Illumina RNA-Seq saka Transkriptom Tuta absoluta (Meyrick) lan Gen Sitokrom P450', Insects, 14(4), hlm. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Survei kompleksitas transkriptom nggunakake analisis wektu nyata molekul tunggal PacBio sing digabungake karo sekuensing RNA Illumina kanggo pangerten sing luwih apik babagan biosintesis asam risinoleat ing Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
