●Platform:Illumina NovaSeq 6000 lan NovaSeq X Plus
●Mode urutan:PE150 lan PE250
●Kontrol kualitas perpustakaan sadurunge sekuensing
●QC lan pangiriman data urutan:Pangiriman laporan QC lan data mentah ing format fastq sawise demultiplexing lan nyaring bacaan Q30
●Fleksibilitas layanan Sequencing:Pelanggan bisa milih kanggo ngurut miturut jalur, sel aliran, utawa miturut jumlah data sing dibutuhake (sekuensing jalur parsial).
●Pengalaman ekstensif ing platform sekuensing Illumina:kanthi ewonan proyèk tertutup kanthi maneka warna spesies.
●Pangiriman laporan QC sekuensing:kanthi metrik kualitas, akurasi data, lan kinerja sakabèhé saka proyèk sekuensing.
●Proses sekuensing diwasa:kanthi wektu pamrosesan sing cendhak.
●Kontrol Kualitas sing Ketat: kita ngetrapake syarat QC sing ketat kanggo njamin pangiriman asil sing berkualitas tinggi kanthi konsisten.
| Platform | Sel Aliran | Mode urutan | Unit | Perkiraan output |
| NovaSeq X | 10B (8 jalur) | PE150 | Jalur Tunggal Jalur Sebagian | 375Gb / Jalur |
| 25B (8 jalur) | PE150 | Jalur Tunggal Jalur Sebagian | 1000 Gb/Jalur | |
| NovaSeq 6000 | Sel Aliran SP (2 jalur) | PE250 | Sel Aliran Jalur Tunggal Jalur Sebagian | 325-400 M maca / Jalur |
| Sel Aliran S4 (4 jalur) | PE150 | Sel Aliran Jalur Tunggal Jalur Sebagian | ~800 Gb / Jalur |
| Jumlah Data (Gb) | Konsentrasi (qPCR) PE150 | Konsentrasi (qPCR) PE250 | Volume | |
| Jalur Sebagian
| G ≤ 10 | ≥ 1 nM | ≥ 2nM | ≥ 25 μl |
| 10 < G ≤ 50 | ≥ 2 nM | ≥ 3nM | ≥ 25 μl | |
| 50 < G ≤ 100 | ≥ 3 nM | ≥ 4nM | ≥ 25 μl | |
| G > 100 | ≥ 4 nM | ≥ 4nM | ≥ 25 μl | |
| Jalur Tunggal | Saben Jalur | ≥ 1,5 nM/Balkon perpustakaan | ≥ 2 nM/Balkon perpustakaan | ≥ 25 µL/Kolam renang perpustakaan |
Saliyané konsentrasi lan jumlah total, pola puncak sing cocog uga dibutuhake.
Cathetan: Urutan jalur saka pustaka keragaman rendah mbutuhake PhiX spike-in kanggo njamin panggilan basis sing kuat.
Disaranake ngirim pustaka sing wis dikumpulake minangka conto kanggo sekuensing jalur. Yen sampeyan mbutuhake BMKGENE kanggo nindakake pengumpulan pustaka, delengen syarat pustaka kanggo sekuensing jalur parsial.
Kanggo sekuensing PE150, ukuran sisipan kudu 300–400 bp (ora kalebu adaptor); kanggo sekuensing PE250, ukuran sisipan kudu 150–500 bp (ora kalebu adaptor).
Pustaka kudu duwe puncak utama tunggal, ora ana kontaminasi adaptor lan ora ana dimer primer.
Laporan babagan kualitas perpustakaan diwenehake sadurunge ngurutake, netepake jumlah perpustakaan, lan fragmentasi.
Tabel 1. Statistik babagan data sekuensing.
| ID conto | BMKID | Wacan mentah | Data Mentah (bp) | Maca resik (%) | Q20(%) | Q30(%) | GC(%) |
| C_01 | BMK_01 | 22.870.120 | 6.861.036.000 | 96.48 | 99.14 | 94.85 | 36.67 |
| C_02 | BMK_02 | 14.717.867 | 4.415.360.100 | 96.00 | 98.95 | 93.89 | 37.08 |
Gambar 1. Distribusi kualitas sadawane bacaan ing saben sampel
Gambar 2. Distribusi isi dhasar
Gambar 3. Distribusi isi sing diwaca ing data sekuensing