ØHighly Experienced: Luwih saka 200,000 conto wis diproses ing BMK kalebu macem-macem jinis sampel, kalebu kultur sel, jaringan, cairan awak, lan sapiturute lan luwih saka 7,000 mRNA-Seq proyek ditutup nutupi macem-macem wilayah riset.
ØSistem kontrol kualitas sing ketat: Titik kontrol kualitas inti liwat kabeh langkah kalebu persiapan sampel, persiapan perpustakaan, urutan lan bioinformatika ana ing pengawasan sing rapet supaya bisa ngasilake asil sing berkualitas.
ØMultiple database kasedhiya kanggo anotasi fungsi lan studi pengayaan kanggo nepaki macem-macem tujuan riset.
ØLayanan sawise adol: Layanan sawise adol sah sajrone 3 wulan sawise proyek rampung, kalebu tindak lanjut proyek, ngatasi masalah, asil Q&A, lsp.
Pustaka | Strategi urutan | Data dianjurake | Kontrol kualitas |
Poly A enriched | Illumina PE 150 Kab | 6 Gb | Q30≥85% |
Nukleotida:
kemurnian | Integritas | Jumlah |
OD260/280≥1.7-2.5 OD260/230≥0.5-2.5Kontaminasi protein utawa DNA diwatesi utawa ora ditampilake ing gel. | Kanggo tetanduran: RIN≥6.5; Kanggo kewan: RIN≥7;28S/18S≥1.0; winates utawa ora ana elevasi garis dasar | Conc.≥30 ng/μl;Volume ≥ 10 μl;Total ≥ 1,5 μg |
Tisu: Bobot (garing):≥1 g
*Kanggo jaringan sing luwih cilik tinimbang 5 mg, disaranake ngirim sampel jaringan flash beku (ing nitrogen cair).
Suspensi sel:Jumlah sel = 3×106- 1×107
* Disaranake ngirim lysate sel beku.Yen jumlah sel luwih cilik tinimbang 5 × 105, lampu kilat beku ing nitrogen cair dianjurake, sing luwih disenengi kanggo ekstraksi mikro.
Sampel getih:Volume ≥1 ml
Mikroorganisme:Bobot ≥ 1 g
Wadah: 2 ml tabung centrifuge (Timah foil ora dianjurake)
Labeling sampel: Group+replikat contone A1, A2, A3;B1, B2, B3...
Kintunan:
Bioinformatika
Eukariotik alur kerja analisis urutan mRNA
Bioinformatika
ØKontrol kualitas data mentah
Øalignment genom referensi
ØAnalisis struktur transkrip
ØEkspresi kuantifikasi
ØAnalisis ekspresi diferensial
ØAnotasi fungsi lan pengayaan
1.Kurva Saturasi Data mRNA
2.Analisis ekspresi diferensial-Plot gunung berapi
3.anotasi KEGG ing DEGs
4.Klasifikasi GO ing DEGs