BMKCloud Log in
条形banner-03

Produk

Full-Length mRNA Sequencing-Nanopore

Urutan RNA wis dadi alat sing penting kanggo analisis transkriptom lengkap.Mesthi, urutan maca cekak tradisional entuk akeh pangembangan penting ing kene.Nanging, asring nemoni watesan ing identifikasi isoform lengkap, kuantifikasi, bias PCR.

Urutan nanopore mbedakake dhewe saka platform urutan liyane, amarga nukleotida diwaca langsung tanpa sintesis DNA lan ngasilake maca dawa ing puluhan kilobase.Iki nguatake transkrip lengkap sing diwaca langsung lan ngatasi tantangan ing studi tingkat isoform.

Platform:Nanopore PromethION

Pustaka:cDNA-PCR


Rincian Layanan

Asil Demo

Studi Kasus

Kaluwihan Service

● Low urutan bias

● Ngungkapake molekul cDNA lengkap

● Kurang data sing dibutuhake kanggo nutupi jumlah transkrip sing padha

● Identifikasi macem-macem isoform saben gen

● Kuantifikasi ekspresi ing tingkat isoform

Spesifikasi Layanan

Pustaka

Platform

Ngasilake data sing disaranake (Gb)

Kontrol kualitas

cDNA-PCR (Poly-A enriched)

Nanopore PromethION P48

6 Gb/sampel (Gumantung saka spesies)

Rasio dawa lengkap> 70%

Skor kualitas rata-rata: Q10

 

Analisis bioinformatika

Pangolahan data mentah

● Identifikasi transkrip

● splicing alternatif

● Kuantifikasi ekspresi ing tingkat gen lan tingkat isoform

● Analisis ekspresi diferensial

● Anotasi lan pengayaan fungsi (DEG lan DET)

 

dawa lengkap

Syarat Sampel lan Pangiriman

Syarat Sampel:

Nukleotida:

Konk.(ng/μl)

Jumlah (μg)

Kemurnian

Integritas

≥ 100

≥ 0,6

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0,5-2,5

Kontaminasi protein utawa DNA diwatesi utawa ora ditampilake ing gel.

Kanggo tetanduran: RIN≥7.0;

Kanggo kewan: RIN≥7.5;

5.0≥28S/18S≥1.0;

winates utawa ora elevasi baseline

Tisu: Bobot (garing): ≥1 g

*Kanggo jaringan sing luwih cilik saka 5 mg, disaranake ngirim sampel jaringan flash beku (ing nitrogen cair).

Suspensi sel: Jumlah sel = 3×106- 1×107

* Disaranake ngirim lysate sel beku.Yen jumlah sel luwih cilik tinimbang 5 × 105, lampu kilat beku ing nitrogen cair dianjurake, sing luwih disenengi kanggo ekstraksi mikro.

Sampel getih: Volume≥1 ml

Pangiriman Sampel sing Disaranake

Wadah: 2 ml tabung centrifuge (Timah foil ora dianjurake)

Labeling sampel: Group+replikat contone A1, A2, A3;B1, B2, B3....

Kintunan: 2, Es garing: Sampel kudu dikemas ing tas lan dikubur ing es garing.

  1. Tabung RNAstable: Sampel RNA bisa dikeringake ing tabung stabilisasi RNA (umpamane RNAstable®) lan dikirim ing suhu kamar.

 

Alur Kerja Layanan

Nukleotida:

pangiriman sampel

pangiriman sampel

Persiapan Pustaka

Konstruksi perpustakaan

Sequencing

Sequencing

Analisis data

Analisis data

Layanan sawise sale

Layanan sawise-sale

Alur Kerja Layanan

Tisu:

Sampel QC

Desain eksperimen

pangiriman sampel

pangiriman sampel

Eksperimen pilot

Ekstraksi RNA

Persiapan Pustaka

Konstruksi perpustakaan

Sequencing

Sequencing

Analisis data

Analisis data

Layanan sawise sale

Layanan sawise-sale


  • Sadurunge:
  • Sabanjure:

  • 1.Analisis ekspresi diferensial -Plot gunung berapi

    Analisis ekspresi diferensial bisa diproses ing tingkat gen kanggo ngenali gen sing diungkapake kanthi beda (DEGs) lan ing tingkat isoform kanggo ngenali sacara diferensial.

     3(1)

    Transkrip Ekspresi (DET) 

    2.Peta panas clustering hirarkis

    4(1)

    3. Identifikasi lan klasifikasi splicing alternatif

    Lima jinis acara splicing alternatif bisa diprediksi dening Astalavista.

    5(1)

    4.Identifikasi lan Motif acara poli-adenilasi (APA) alternatif ing 50 bp hulu poli-A

    6(1)

    Kasus BMK

    Identifikasi splicing alternatif lan kuantifikasi tingkat isoform kanthi urutan transkriptom lengkap nanopore

    Diterbitake:Komunikasi Alam, 2020

    Strategi urutan:

    Pengelompokan: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1(mutasi K700E);3. Sel B normal

    Strategi urutan: urutan perpustakaan Minion 2D, urutan perpustakaan PromethION 1D;data cekak diwaca saka conto sing padha

    Platform urutan: Nanopore Minion;Nanopore PromethION;

    Asil kunci

    1.Isoform-tingkat Alternatif Splicing Identifikasi

    Urutan sing diwaca kanthi dawa ngidini identifikasi mutant SF3B1K700E-ngubah situs splice ing tingkat isoform.35 alternatif 3′SSs lan 10 alternatif 5′SSs ditemokake sacara signifikan disambungake antarane SF3B1K700Elan SF3B1WT.33 saka 35 owah-owahan anyar ditemokake kanthi urutan sing dawa diwaca.

    2.Isoform-tingkat Alternatif Splicing kuantifikasi

    Ekspresi isoform retensi intron(IR) ing SF3B1K700Elan SF3B1WTdiukur adhedhasar urutan nanopore, ngungkapake regulasi global isoform IR ing SF3B1K700E.

    Referensi

    Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, et al.Karakterisasi transkrip lengkap mutasi SF3B1 ing leukemia limfositik kronis nuduhake downregulation saka intron sing ditahan [J].Komunikasi Alam.

    njaluk kutipan

    Tulis pesen sampeyan ing kene lan kirimake menyang kita

    Kirim pesen kanggo kita: