Urutan mRNA Dawane Lengkap-Nanopore
Fitur-fitur
● Panangkepan mRNA poli-A banjur diterusake karo sintesis cDNA lan persiapan pustaka
● Urutan transkrip dawa lengkap
● Analisis bioinformatika adhedhasar panyelarasan karo genom referensi
● Analisis bioinformatika ora mung kalebu ekspresi ing tingkat gen lan isoform nanging uga analisis lncRNA, fusi gen, poli-adenilasi lan struktur gen
Kauntungan Layanan
●Kuantifikasi ekspresi ing tingkat isoform: nggampangake analisis ekspresi sing rinci lan akurat, mbukak owah-owahan sing bisa ditutupi nalika nganalisis kabeh ekspresi gen
●Kebutuhan Data sing Dikurangi:Dibandhingake karo Next-Generation Sequencing (NGS), sekuensing Nanopore nuduhake syarat data sing luwih murah, saengga bisa entuk tingkat saturasi kuantifikasi ekspresi gen sing padha karo data sing luwih cilik.
●Akurasi kuantifikasi ekspresi sing luwih dhuwur: ing tingkat gen lan isoform
●Identifikasi informasi transkriptomik tambahan: poliadenylasi alternatif, gen fusi lan lcnRNA sarta gen targeté
●Keahlian sing jembarTim kita nggawa akeh pengalaman kanggo saben proyek, sawise ngrampungake luwih saka 850 proyek transkriptom Nanopore lengkap lan ngolah luwih saka 8.000 sampel.
●Dhukungan Pasca-PenjualanKomitmen kita ngluwihi rampunging proyek kanthi periode layanan purna jual 3 sasi. Sajrone wektu iki, kita nawakake tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, lan sesi tanya jawab kanggo njawab pitakon apa wae sing ana gandhengane karo asil.
Sarat lan Pangiriman Conto
| Perpustakaan | Strategi urutan | Data sing disaranake | Kontrol Kualitas |
| Diperkaya Poli A | Nanopore PromethION 48 | 6/12 Gb | Skor kualitas rata-rata: Q10 |
Sarat Conto:
Nukleotida:
| Konsentrasi (ng/μl) | Jumlah (μg) | Kasucian | Integritas |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Kontaminasi protein utawa DNA winates utawa ora ana sing dituduhake ing gel. | Kanggo tanduran: RIN≥7.0; Kanggo kéwan: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; elevasi dhasar sing winates utawa ora ana |
● Tanduran:
Oyot, Gagang utawa Kelopak: 450 mg
Godhong utawa Wiji: 300 mg
Woh-wohan: 1,2 g
● Kewan:
Obat Jantung utawa Usus: 300 mg
Jeroan utawa Otak: 240 mg
Otot: 450 mg
Balung, Rambut utawa Kulit: 1g
● Arthropoda:
Serangga: 6g
Krustasea: 300 mg
● Getih utuh: 1 tabung
● Sel: 106 sel-sel
Pangiriman Sampel sing Disaranake
Wadhah: tabung centrifuge 2 ml (Foil timah ora disaranake)
Conto pelabelan: Kelompokake+replikasi contone A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pangiriman:
1. Es garing: Sampel kudu dikemas ing kantong lan dikubur ing es garing.
2. Tabung RNA stabil: Sampel RNA bisa dikeringake ing tabung stabilisasi RNA (kayata RNA stabil®) lan dikirim ing suhu ruangan.
Alur Kerja Layanan
Nukleotida:
Pangiriman conto
Konstruksi perpustakaan
Urutan
Analisis data
Layanan sawise dodolan
Alur Kerja Layanan
Tisu:
Desain eksperimen
Pangiriman conto
Ekstraksi RNA
Konstruksi perpustakaan
Urutan
Analisis data
Layanan sawise dodolan
● Pangolahan data mentah
● Identifikasi transkrip
● Sambungan alternatif
● Kuantifikasi ekspresi ing tingkat gen lan tingkat isoform
● Analisis ekspresi diferensial
● Anotasi lan pengayaan fungsi (DEG lan DET)
Analisis splicing alternatif
Analisis Poliadenilasi Alternatif (APA)
Prediksi lncRNA
Anotasi gen anyar
Klasterisasi DET
Jaringan Protein-Protein ing DEG
Jelajahi kemajuan sing difasilitasi dening layanan sekuensing mRNA lengkap Nanopore BMKGene liwat koleksi publikasi sing dikuratori.
Gong, B. et al. (2023) 'Aktivasi epigenetik lan transkripsi saka kinase sekretori FAM20C minangka onkogen ing glioma', Journal of Genetics and Genomics, 50(6), pp. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. et al. (2023) 'Sekuensing transkriptom lengkap limfosit nanggapi IFN-γ nuduhake respon imun sing miring Th1 ing flounder (Paralichthys olivaceus)', Fish & Shellfish Immunology, 134, hlm. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) 'Analisis komparatif metode sekuensing RNA PacBio lan ONT kanggo identifikasi racun Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), hlm. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 'Analisis nano-seq nuduhake kecenderungan fungsional sing beda antarane eksosom lan mikrovesikel sing asale saka hUMSC', Riset lan Terapi Sel Punca, 14(1), pp. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
