Analisis Asosiasi Genom
Alur kerja
Kauntungan Layanan
●Cathetan Keahlian lan publikasi sing ekstensifKanthi pengalaman sing wis dikumpulake ing GWAS, BMKGene wis ngrampungake atusan proyèk spesies ing riset GWAS populasi, mbantu para peneliti nerbitake luwih saka 100 artikel, lan faktor dampak kumulatif tekan 500.
● Analisis bioinformatika sing komprehensifAlur kerja kalebu analisis asosiasi sipat SNP, sing ngirim sakumpulan gen kandidat lan anotasi fungsional sing cocog.
●Tim bioinformatika sing trampil banget lan siklus analisis sing cendhakKanthi pengalaman gedhe ing analisis genomik tingkat lanjut, tim BMKGene bisa ngasilake analisis lengkap kanthi wektu penyelesaian sing cepet.
●Dhukungan Pasca-Penjualan:Komitmen kita ngluwihi rampunging proyek kanthi periode layanan purna jual 3 sasi. Sajrone wektu iki, kita nawakake tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, lan sesi tanya jawab kanggo njawab pitakon apa wae sing ana gandhengane karo asil.
Spesifikasi lan syarat layanan
| Jinis urutan | Skala populasi sing disaranake | Strategi urutan | Kebutuhan nukleotida |
| Urutan Genom Kabèh | 200 conto | 10x | Konsentrasi: ≥ 1 ng/µL Jumlah total ≥ 30ng Degradasi utawa kontaminasi winates utawa ora ana |
| Fragmen Amplifikasi Lokus Spesifik (SLAF) | Ambane tag: 10x Cacahing tag: < 400 Mb: WGS disaranake < 1Gb: 100K tag 1Gb > 2Gb: 300K tag Tag maksimal 500k | Konsentrasi ≥ 5 ng/µL Jumlah total ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1.6-2.5 Gel agarose: ora ana utawa degradasi utawa kontaminasi winates
|
Pilihan Bahan
Varietas, subspesies, landrace/bank gen/kulawarga campuran/sumber daya liar sing béda-béda
Macem-macem varietas, subspesies, landrace
Kulawarga sedulur kandung/kulawarga sedulur kandung/sumber daya alam bébas
Alur Kerja Layanan
Desain eksperimen
Pangiriman conto
Ekstraksi RNA
Konstruksi perpustakaan
Urutan
Analisis data
Layanan sawise dodolan
Kalebu analisis ing ngisor iki:
- Analisis asosiasi sak genom: model LM, LMM, EMMAX, FASTLMM
- Anotasi fungsional saka gen kandidat
Analisis asosiasi sipat SNP – plot Manhattan
Analisis asosiasi sipat SNP – plot QQ
Jelajahi kemajuan sing difasilitasi dening layanan de GWAS BMKGene liwat koleksi publikasi sing dikuratori:
Lv, L. et al. (2023) 'Wawasan babagan basis genetik toleransi amonia ing kerang silet Sinonovacula constricta kanthi studi asosiasi genom',Budidaya Akuatik, 569, hlm. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) 'Analisis multi-omics saka 398 aksesi millet buntut rubah nuduhake wilayah genom sing ana gandhengane karo domestikasi, sipat metabolit, lan efek anti-inflamasi',Tanduran Molekuler, 15(8), kaca 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) 'Pemetaan Asosiasi Genom Fenotipe Hulless Barely ing Lingkungan Kekeringan',Wates ing Ilmu Tetuwuhan, 13, kaca 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) 'GmST1, sing ngode sulfotransferase, menehi resistensi marang galur virus mosaik kedelai G2 lan G3',Tanduran, Sel & Lingkungan, 44(8), kaca 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
