Majelis Genome adhedhasar Hi-C
Kaluwihan Service
Ringkesan Hi-C
(Lieberman-Aiden Et al.,ngelmu, 2009)
● Ora perlu ing mbangun populasi genetis kanggo contig anchoring;
● Kapadhetan panandha sing luwih dhuwur ndadékaké rasio anchoring contigs sing luwih dhuwur ing ndhuwur 90%;
● Mbisakake evaluasi lan koreksi ing rakitan genom sing wis ana;
● Wektu giliran sing luwih cendhek kanthi akurasi sing luwih dhuwur ing perakitan genom;
● Pengalaman sing akeh banget karo luwih saka 1000 perpustakaan Hi-C sing dibangun kanggo luwih saka 500 spesies;
● Luwih saka 100 kasus sing sukses kanthi faktor pengaruh sing diterbitake akumulatif luwih saka 760;
● Hi-C adhedhasar genom perakitan kanggo polyploid génom, 100% anchoring rate wis ngrambah ing project sadurungé;
● Paten ing omah lan hak cipta piranti lunak kanggo eksperimen lan analisis data Hi-C;
● Piranti lunak tuning data sing wis dikembangake dhewe, ngidini blokir manual obah, mbalikke, mbatalake lan gawe maneh.
Spesifikasi Layanan
|
Jinis Pustaka
|
Platform | Dawane maca | Nyaranake Strategi |
| Hi-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Analisis bioinformatika
● Kontrol kualitas data mentah
● kontrol kualitas perpustakaan Hi-C
● Hi-C adhedhasar genom perakitan
● Evaluasi sawise perakitan
Syarat Sampel lan Pangiriman
Syarat Sampel:
| kewan | Jamur | Tanduran
|
| Tisu beku: 1-2g saben perpustakaan Sel: 1x 10^7 sel saben perpustakaan | Tisu beku: 1g saben perpustakaan | Tisu beku: 1-2g saben perpustakaan
|
| * Disaranake ngirim paling sethithik 2 aliquot (saben 1 g) kanggo eksperimen Hi-C. | ||
Pangiriman Sampel sing Disaranake
Wadah: 2 ml tabung centrifuge (Timah foil ora dianjurake)
Kanggo umume conto, disaranake supaya ora disimpen ing etanol.
Labeling sampel: Sampel kudu diwenehi label kanthi jelas lan padha karo formulir informasi sampel sing dikirim.
Kintunan: Es garing: Sampel kudu dibungkus dhisik ing kantong lan dikubur ing es garing.
Alur Kerja Layanan
Desain eksperimen
pangiriman sampel
Ekstraksi DNA
Konstruksi perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Layanan sawise-sale
*Asil demo sing ditampilake ing kene kabeh saka génom sing diterbitake karo Biomarker Technologies
1.Hi-C interaksi panas map sakaCamptotheca acuminatagénom.Kaya sing ditampilake ing peta, intensitas interaksi ana hubungane negatif karo jarak linear, sing nuduhake perakitan tingkat kromosom sing akurat banget.(Rasio jangkar: 96,03%)
Kang M et al.,Komunikasi Alam, 2021
2.Hi-C difasilitasi validasi inversions antaraneGossypium hirsutumL. TM-1 A06 lanG. arboreumChr06
Yang Z et al.,Komunikasi Alam, 2019
3. Majelis lan diferensiasi biallelik saka genom singkong SC205.Peta panas Hi-C nuduhake pamisah sing jelas ing kromosom homolog.
Hu W et al.,Tanduran Molekul, 2021
4. Peta panas Hi-C ing rong perakitan genom spesies Ficus:F. mikrokarpa(rasio anchoring: 99,3%) lanF.hispida (rasio jangkar: 99,7%)
Zhang X et al.,sel, 2020
Kasus BMK
Genom Wit Beringin lan Tawon Penyerbuk Nyedhiyakake Wawasan babagan Koevolusi Tawon Ara
Diterbitake: sel, 2020
Strategi urutan:
F. mikrokarpa génom: Approx.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagénom: Approx.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagénom: Approx.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Asil kunci
1. Loro genom wit beringin lan siji genome tawon pollinator dibangun nggunakake urutan PacBio, Hi-C lan peta linkage.
(1)F. mikrokarpagénom: Déwan 426 Mb (97,7% saka kira-kira ukuran génom) diadegaké karo contig N50 saka 908 Kb, BUSCO skor 95,6%.Gunggunge 423 Mb urutan disambungake menyang 13 kromosom dening Hi-C.Anotasi genom ngasilake 29.416 gen pengkode protein.
(2)F. Hispidagénom: Déwan 360 Mb (97,3% saka kira-kira ukuran génom) iki ngasilaken karo contig N50 saka 492 Kb lan BUSCO skor 97,4%.Gunggunge urutan 359 Mb dipasang ing 14 kromosom dening Hi-C lan identik banget karo peta hubungan kepadatan dhuwur.
(3)Eupristina verticillatagénom: Déwan 387 Mb (ukuran génom kira-kira: 382 Mb) diadegaké karo contig N50 3,1 Mb lan BUSCO skor 97,7%.
2.Analisis genomics Comparative dicethakaké akeh variasi struktur antarane loroFicusgénom, sing nyedhiyakake sumber daya genetik sing ora pantes kanggo studi evolusi adaptif.Panaliten iki, kanggo pisanan, nyedhiyakake wawasan babagan coevolution Fig-wasp ing tingkat genomik.
 Diagram Circos babagan fitur genom saka loroFicusgenom, kalebu kromosom, duplikasi segmental (SDs), transposon (LTR, TEs, DNA TEs), ekspresi gen lan synteny |  Identifikasi kromosom Y lan gen calon penentuan jinis |
Zhang, X., et al."Genom Wit Beringin lan Tawon Penyerbuk Nyedhiyakake Wawasan babagan Koevolusi Tawon Ara."Sel 183.4(2020).
