Perakitan Genom Berbasis Hi-C
Hi-C kuwi metode sing dirancang kanggo nangkep konfigurasi kromosom kanthi nggabungake interaksi adhedhasar jarak sing diselidiki lan sekuensing throughput dhuwur. Intensitas interaksi kasebut diyakini ana hubungane negatif karo jarak fisik ing kromosom. Mulane, data Hi-C digunakake kanggo nuntun kluster, urutan, lan orientasi urutan sing dirakit ing draf genom lan nahan kasebut menyang sawetara kromosom tartamtu. Teknologi iki nguatake perakitan genom tingkat kromosom tanpa peta genetik adhedhasar populasi. Saben genom mbutuhake Hi-C.
Fitur Layanan
● Urutan ing Illumina NovaSeq nganggo PE150.
● Layanan mbutuhake sampel jaringan, tinimbang asam nukleat sing diekstrak, kanggo nggandheng silang karo formaldehida lan njaga interaksi DNA-protein.
● Eksperimen Hi-C nglibatake restriksi lan ndandani ujung sing lengket nganggo biotin, banjur sirkularisasi ujung tumpul sing diasilake nalika njaga interaksi. DNA banjur ditarik mudhun nganggo manik-manik streptavidin lan dimurnèkaké kanggo persiapan perpustakaan sabanjure.
Kauntungan Layanan
Ringkesan Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Ilmu pengetahuan, 2009)
●Ngilangake Kebutuhan Data Populasi Genetik:Hi-C ngganti informasi penting sing dibutuhake kanggo jangkar contig.
●Kapadhetan penanda sing dhuwur:nyebabake rasio jangkar contig sing dhuwur ing ndhuwur 90%.
●Cathetan Keahlian lan publikasi sing ekstensif:BMKGene duwé pengalaman sing jembar karo luwih saka 2000 kasus Perakitan Genom Hi-C saka 1000 spesies sing béda lan macem-macem paten. Luwih saka 200 kasus sing diterbitake duwé faktor dampak akumulatif luwih saka 2000.
●Tim bioinformatika sing trampil banget:Kanthi paten internal lan hak cipta piranti lunak kanggo eksperimen Hi-C lan analisis data, piranti lunak data visualisasi sing dikembangake dhewe iki ngidini mindhah, mbalikke, mbatalake, lan nggawe maneh blok kanthi manual.
●Dhukungan Pasca-Penjualan:Komitmen kita ngluwihi rampunging proyek kanthi periode layanan purna jual 3 sasi. Sajrone wektu iki, kita nawakake tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, lan sesi tanya jawab kanggo njawab pitakon apa wae sing ana gandhengane karo asil.
●Anotasi Komprehensif: kita nggunakake pirang-pirang basis data kanggo menehi anotasi gen kanthi variasi sing wis diidentifikasi kanthi fungsional lan nindakake analisis pengayaan sing cocog, menehi wawasan babagan pirang-pirang proyek riset.
Spesifikasi Layanan
| Persiapan perpustakaan | Strategi urutan | Output data sing disaranake | Kontrol kualitas |
| Perpustakaan Hi-C | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Sarat Conto
| Tisu | Jumlah sing dibutuhake |
| Jeroan Kewan | ≥ 1 g |
| Otot Kewan | |
| Getih Mamalia | ≥ 2 ml |
| Getih Unggas/Iwak | |
| Tanduran - Godhong Seger | ≥ 2 g |
| Sel sing Dikultur | ≥ 1x107 |
| Serangga | ≥ 1 g |
| Organisme akuatik - Jaringan Otot | ≥ 1 g |
| Organisme akuatik - Alga | ≥ 2 g |
Alur Kerja Layanan
Desain eksperimen
Pangiriman conto
Konstruksi perpustakaan
Urutan
Analisis data
Layanan sawise dodolan
1) QC data mentah
2) QC perpustakaan Hi-C: estimasi interaksi Hi-C sing valid
3) Perakitan Hi-C: kluster contigs ing klompok, banjur urutan contig ing saben klompok lan menehi orientasi contig
4) Evaluasi Hi-C
QC Perpustakaan Hi-C – estimasi pasangan interaksi Hi-C sing valid
Perakitan Hi-C – statistik
Evaluasi pasca-perakitan – peta panas intensitas sinyal antarane wadhah
Jelajahi kemajuan sing difasilitasi dening layanan perakitan Hi-C BMKGene liwat koleksi publikasi sing dikuratori.
Tian, T. et al. (2023) 'Perakitan genom lan diseksi genetik saka plasma nutfah jagung tahan kekeringan sing misuwur', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), pp. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) 'Rakit Skala Kromosom Genom Apis cerana Tawon Madu Asia', Frontiers in Genetics, 11, hlm. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Ngungkapake evolusi biosintesis alkaloid tropane kanthi nganalisis rong genom ing kulawarga Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'Genom Wit Beringin lan Tawon Penyerbuk Menehi Wawasan babagan Koevolusi Tawon Ara-Tawon', Cell, 183(4), pp. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
