Majelis Genom adhedhasar Hi-C
Hi-C minangka cara sing dirancang kanggo njupuk konfigurasi kromosom kanthi nggabungake interaksi basis proximity probing lan urutan throughput dhuwur. Intensitas interaksi kasebut dipercaya ana hubungane negatif karo jarak fisik ing kromosom. Mula, data Hi-C digunakake kanggo nuntun pengelompokan, urutan, lan orientasi urutan sing dirakit ing draf genom lan nyepetake kasebut ing sawetara kromosom tartamtu. Teknologi iki nguatake perakitan genom tingkat kromosom tanpa ana peta genetik adhedhasar populasi. Saben genom mbutuhake Hi-C.
Fitur Layanan
● Sequencing ing Illumina NovaSeq karo PE150.
● Layanan mbutuhake conto jaringan, tinimbang asam nukleat sing diekstrak, kanggo nyambungake karo formaldehida lan ngreksa interaksi DNA-protein.
● Eksperimen Hi-C nyakup watesan lan pungkasan ndandani ujung sing lengket karo biotin, diikuti karo circularization saka ujung tumpul sing diasilake nalika njaga interaksi. DNA kasebut banjur ditarik mudhun nganggo manik-manik streptavidin lan diresiki kanggo persiapan perpustakaan sabanjure.
Kaluwihan Service
Ringkesan Hi-C
(Lieberman-Aiden Et al.,ngelmu, 2009)
●Ngilangi Kebutuhan Data Populasi Genetik:Hi-C ngganti informasi penting sing dibutuhake kanggo contig anchoring.
●Kapadhetan tandha dhuwur:anjog menyang rasio anchoring contig dhuwur ndhuwur 90%.
●Cathetan Keahlian lan publikasi ekstensif:BMKGene duwe pengalaman akeh karo luwih saka 2000 kasus Hi-C Genome Assembly saka 1000 spesies lan macem-macem paten. Luwih saka 200 kasus sing diterbitake duwe faktor pengaruh akumulatif luwih saka 2000.
●Tim bioinformatika sing trampil:kanthi paten ing omah lan hak cipta piranti lunak kanggo eksperimen Hi-C lan analisis data, piranti lunak data visualisasi sing dikembangake dhewe bisa mindhah, mbalikke, mbatalake, lan gawe maneh.
●Dhukungan Pasca Penjualan:Komitmen kita ngluwihi proyek rampung kanthi wektu layanan sawise adol 3 wulan. Sajrone wektu iki, kita nawakake tindak lanjut proyek, pitulungan ngatasi masalah, lan sesi Q&A kanggo ngatasi pitakon apa wae sing ana gandhengane karo asil.
●Anotasi Komprehensif: kita nggunakake macem-macem database kanggo fungsi annotate gen karo variasi dikenali lan nindakake analisis pengayaan cocog, menehi wawasan ing macem-macem proyek riset.
Spesifikasi Layanan
| Persiapan perpustakaan | Strategi urutan | Output data sing disaranake | Kontrol kualitas |
| Perpustakaan Hi-C | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Syarat Sampel
| Tisu | Jumlah sing dibutuhake |
| Kewan Viscera | ≥ 2 g |
| Otot kewan | |
| Getih Mamalia | ≥ 2 ml |
| Darah Unggas/Iwak | |
| Tanduran - Godhong seger | ≥ 3 g |
| Sel Kultur | ≥ 1x107 |
| serangga | ≥ 2 g |
Alur Kerja Layanan
Desain eksperimen
pangiriman sampel
Konstruksi perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Layanan sawise-sale
1) Data mentah QC
2) QC perpustakaan Hi-C: ngira interaksi Hi-C sing bener
3) Hi-C assembly: clustering contigs ing kelompok, ngiring dening contig ordering ing saben klompok lan nemtokake contig orientasi
4) Evaluasi Hi-C
Hi-C Library QC - estimasi pasangan interaksi sing sah Hi-C
Hi-C Majelis - statistik
Evaluasi post-assembly - heatmap intensitas sinyal ing antarane tong sampah
Jelajahi kemajuan sing difasilitasi dening layanan perakitan Hi-C BMKGene liwat koleksi publikasi sing dipilih.
Tian, T. et al. (2023) 'Perakitan genom lan dissection genetik saka plasma nutfah jagung tahan kekeringan sing misuwur', Nature Genetics 2023 55: 3, 55 (3), pp. 496-506. doi: 10.1038 / s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) 'A Kromosom Skala Majelis saka Asian Honeybee Apis cerana Genome', Frontiers in Genetics, 11, p. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Ngumumke evolusi biosintesis alkaloid tropane kanthi nganalisa rong genom ing kulawarga Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. doi: 10.1038 / s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'Genomes of the Banyan Tree and Pollinator Wasp Nyedhiyani Wawasan menyang Fig-Wasp Coevolution', Sel, 183(4), pp. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
