Transkriptom dawa lengkap Nanopore

Sekuensing transkriptom nanopore minangka metode sing kuat kanggo ngurutake cDNA dawa lengkap, kanthi akurat ngenali lan ngitung isoform transkrip. BMKCloud Nanopore Full-Length Transcriptome Pipeline dirancang kanggo nganalisis data RNA-Seq sing digawe ing platform Nanopore nglawan genom referensi sing berkualitas tinggi lan dianotasi kanthi apik, nyedhiyakake analisis kualitatif lan kuantitatif ing tingkat gen lan transkrip. Sawise kontrol kualitas, urutan non-kimerik dawa lengkap (FLNC) dipikolehi lan urutan konsensus dipetakan menyang genom referensi kanggo mbusak transkrip sing berlebihan. Saka set transkrip iki, ekspresi diukur lan gen lan transkrip sing diekspresikan kanthi beda diidentifikasi lan dianotasi kanthi fungsional. Pipeline kasebut uga kalebu analisis poliadenylasi alternatif (APA), analisis splicing alternatif, analisis pengulangan urutan prasaja (SSR), prediksi lncRNA lan target sing cocog, prediksi urutan kode (CDS), analisis kulawarga gen, analisis faktor transkripsi, prediksi gen anyar lan anotasi fungsional transkrip.