TRANSKRIPTOMIS
alam
KOMUNIKASI
Karakterisasi transkrip lengkap mutasi SF3B1 ing leukemia limfositik kronis nuduhake downregulation saka intron sing ditahan
Transkrip lengkap|Urutan Nanopore|Analisis isoform alternatif
Latar mburi
Smutasi omatik ing faktor splicing SF3B1 wis akeh dilapurake kanggo digandhengake karo macem-macem kanker, kalebu leukemia limfositik kronis (CLL), melanoma uveal, kanker payudara, lan sapiturute, pasinaon transcriptomic short-maca wis dicethakaké pola splicing aberrant disebabake mutasi SF3B1.Nanging, pasinaon babagan pola splicing alternatif iki wis suwe diwatesi ing tingkat acara lan kurang kawruh babagan tingkat isoform amarga watesan transkrip sing dirakit kanthi cekak.Ing kene, platform urutan nanopore dienalake kanggo ngasilake transkrip lengkap, sing nguatake penyidikan babagan isoform AS.
Desain Eksperimental
Eksperimen
Pengelompokan:1. CLL-SF3B1(WT) 2. CLL-SF3B1(K700E mutasi);3. Sel B normal
Strategi urutan:Urutan perpustakaan Minion 2D, urutan perpustakaan PromethION 1D;data cekak diwaca saka conto sing padha
Platform urutan:ONT Minion;ONT PromethION;
Analisis Bioinformatika
Asil
Atotal 257 yuta maos padha kui saka 6 conto CLL lan 3 B-sel.Rata-rata 30,5% saka wacan kasebut diidentifikasi minangka transkrip lengkap.
FAnalisis isoform alternatif ull-dawa saka RNA (FLAIR) dikembangake kanggo ngasilake seperangkat isoform kanthi kapercayan dhuwur.FLAIR bisa diringkes minangka:
Nanopore maca keselarasan: ngenali struktur transkrip umum adhedhasar génom referensi;
Skoreksi persimpangan plice: kesalahan urutan sing bener(abang) karo situs splice saka intron anotasi, intron saka data sing diwaca cekak utawa loro-lorone;
Collapse: ngringkes isoform perwakilan adhedhasar rantai sambungan sambatan (set first-pass).Pilih kapercayan dhuwur saka adhedhasar jumlah maca sing ndhukung (Ambang: 3).
Gambar 1. Analisis FLAIR kanggo ngenali isoform full-lenth sing digandhengake karo mutasi SF3B1 ing CLL
FLAIR Diidentifikasi 326.699 isoform sing disambung kanthi yakin, 90% saka isoform anyar.Sebagéan gedhé isoform sing ora dicathet iki ditemokake minangka kombinasi novel saka persimpangan splice sing dikenal (142.971), dene isoform novel liyane ngemot intron sing ditahan (21.700) utawa ekson novel (3594).
Lurutan ong-maca menehi daya identifikasi situs splice mutan SF3B1-K700E -ngubah ing tingkat isoform.35 alternatif 3'SSs lan 10 alternatif 5'SSs ditemokaké kanggo Ngartekno diferensial spliced antarane SF3B1-K700E lan SF3B1-WT.33 saka 35 owah-owahan anyar ditemokake kanthi urutan sing dawa diwaca.Ing data Nanopore, distribusi jarak antarane SF3B1-K700E-diubah 3'SSs kanggo situs kanonik puncak watara -20 bp, kang Ngartekno beda saka distribusi kontrol, padha karo apa wis kacarita ing CLL short-maca urutan.Isoform gen ERGIC3 dianalisis, ing ngendi isoform novel sing ngemot situs splice proksimal ditemokake luwih akeh ing SF3B1-K700E.3'SS proksimal lan distal digandhengake karo pola AS sing beda-beda sing ngasilake pirang-pirang isoform.
Gambar 2. Pola splicing alternatif 3 'diidentifikasi karo data urutan nanopore
Analisis panggunaan acara IR wis suwe diwatesi ing analisis adhedhasar maca cekak amarga kapercayan ing identifikasi lan kuantifikasi IR.Ekspresi isoform IR ing SF3B1-K700E lan SF3B1-WT diukur adhedhasar urutan nanopore, ngungkapake regulasi global isoform IR ing SF3B1-K700E.
Gambar 4. Intensitas pertanian lan konektivitas jaringan ing telung sistem pertanian (A lan B);Analisis alas acak(C) lan Hubungan antarane intensitas pertanian lan kolonisasi AMF (D)
Gambar 3. Acara nyewakake intron luwih dikurangi ing CLL SF3B1-K700E
Teknologi
Nanopore Long-maca Sequencing
Nurutan anopore minangka molekul siji teknologi urutan sinyal listrik wektu nyata.
DOuble-stranded DNA utawa RNA bakal ikatan karo protein nanoporous ditempelake ing biofilm lan unwinding ing timbal saka protein motor.
DUntaian NA/RNA ngliwati protein saluran nanopore kanthi tingkat tartamtu miturut tumindak beda voltase.
Molekul ngasilake sinyal listrik sing beda-beda miturut struktur kimia.
Rdeteksi eal-wektu urutan wis ngrambah dening dhasar nelpon.
Kinerja urutan transkriptom lengkap
√ Saturasi Data
Wacan 7-fold luwih sithik dibutuhake kanggo nggayuh jenuh data sing padha.
√ Identifikasi Struktur Transkrip
Identifikasi macem-macem varian struktural kanthi konsensus maca lengkap saben transkrip
√ Analisis diferensial tingkat transkrip -Ngungkapake owah-owahan sing didhelikake kanthi maca cekak
Referensi
Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, et al.Karakterisasi transkrip lengkap saka mutasi SF3B1 ing leukemia limfositik kronis nuduhake downregulation saka intron sing ditahan [J].Komunikasi Alam.
Tech lan Highlights ngarahake nuduhake aplikasi sukses paling anyar saka macem-macem teknologi sekuensing dhuwur ing macem-macem arena riset uga ide sing apik ing desain eksperimen lan pertambangan data.
Wektu kirim: Jan-08-2022