EVOLUSI GENOME
Genome De novo
Majelis|Tekad jinis Kabeh karya urutan lan layanan bioinformatik parsial diwenehake dening Biomarker Techonologies.
Abstrak
“Fenotipe apik saka seadragons kalebu appendages kaya godhong, tutuk tubular ompong, lan meteng lanang sing nglibatake inkubasi endhog sing dibuahi ing "brood patch" sing mbukak.We de novo-sequenced genome lanang lan wadon saka seadragon umum (Phyllopteryx taeniolatus) lan spesies sing gegandhengan raket, alligator pipefish (Syngnathoides biaculeatus).Profil transkripsi saka kebaruan evolusi, appendages kaya godhong, nuduhake yen sakumpulan gen sing biasane melu pangembangan sirip wis dipilih uga minangka pengayaan skrip tran kanggo perbaikan jaringan potensial lan gen pertahanan kekebalan.Mutan zebrafish kanggo scpp5, sing ilang ing kabeh syngnathids, ditemokake kurang utawa duwe untu pharyngeal cacat, ndhukung hipotesis yen mundhut scpp5 wis nyumbang kanggo mundhut untu ing syngnathids.Lokus penentu jinis putative enkoding gen amhr2y khusus lanang sing dienggo bareng karo seadragon umum lan pipa alligator diidentifikasi. ”
Bahan lan metode:
Bahan
Fnaga laut umum kita (P. taeniolatus) lan loro iwak pipe alligator (S. biaculeatus) spesimen.Loro seadragon umum (siji lanang lan siji wadon) lan loro alligator pipefish (siji lanang lan siji wadon) individu digunakake kanggo urutan genom kabèh, lan loro individu seadragon umum lanang liyane digunakake kanggo resequencing genom.
Strategi Sequencing Genome
270/350 perpustakaan bp (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) utawa Nanopore 30 Kb (MinION) + Hi-C (NovaSeq 6000) .urutan, lan loro individu seadragon umum lanang liyane digunakake kanggo genome resequencing.
Urutan Transkriptom
Futawa seadragon umum, otak, mripat, insang, ati, jantung, ginjel, mesenterium, usus, otot, sirip, kulit, appendages godhong-kaya, testis, lan ovarium padha diklumpukake.
Strategi perakitan Genome de novo
Canu (Koreksi) + WTDBG2 (Majelis) + Pilon (Polandia) + Lachesis (Hi-C).
Asil Utama
Fig. 1. Fitur utama saka seadragon umum (P. taeniolatus) lan alligator pipefish (S. biaculeatus) lan posisi filogenetik.
Fig. 2. Morfologi lan dandanan genetik saka appendages rwaning-kaya ing seadragon umum (P. taeniolatus).
Fig. 3. Gen penentuan jinis Putative ing seadragon umum (P. taeniolatus) lan pipefish alligator (S. biaculeatus).
Fig. 4. Pharyngeal untu phenotypes ing zebrafish scpp5 mutan homozigot.
Wektu kirim: Jan-08-2022