● Jupuk poly mRNA sadurunge preparation perpustakaan
● Bebas saka genom referensi apa wae: adhedhasar perakitan transkrip de novo, ngasilake dhaptar unigenes sing dianotasi karo pirang-pirang basis data (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Analisis bioinformatik lengkap babagan ekspresi gen lan struktur transkrip
●Keahlian ekstensif: kanthi rekaman ngolah luwih saka 600.000 conto ing BMKGENE, kalebu macem-macem jinis sampel kayata kultur sel, jaringan, lan cairan awak, tim kita ndadekke akeh pengalaman kanggo saben proyek. Kita wis sukses nutup luwih saka 100.000 proyek mRNA-Seq ing macem-macem domain riset.
●Kontrol Kualitas sing ketat: kita ngetrapake titik kontrol inti ing kabeh tahapan, saka persiapan sampel lan perpustakaan nganti urutan lan bioinformatika. Pemantauan sing tliti iki njamin asil kualitas sing terus-terusan.
● Anotasi Komprehensif: kita nggunakake macem-macem database kanggo fungsi annotate ing Differentially Expressed Genes (DEGs) lan nindakake analisis pengayaan sing cocog, menehi wawasan ing proses seluler lan molekul ndasari respon transcriptome.
●Dhukungan Post-Sales: prasetya kita ngluwihi proyek rampung kanthi wektu layanan sawise-sale 3 sasi. Sajrone wektu iki, kita nawakake tindak lanjut proyek, pitulungan ngatasi masalah, lan sesi Q&A kanggo ngatasi pitakon apa wae sing ana gandhengane karo asil.
Pustaka | Strategi urutan | Data dianjurake | Kontrol kualitas |
Poly A enriched | Illumina PE 150 Kab DNSSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nukleotida:
Konk.(ng/μl) | Jumlah (μg) | Kemurnian | Integritas |
≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0,5-2,5 Kontaminasi protein utawa DNA diwatesi utawa ora ditampilake ing gel. | Kanggo tetanduran: RIN≥4.0; Kanggo kewan: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; winates utawa ora elevasi baseline |
● Tanduran:
ROOT, Batang utawa Petal: 450 mg
Godhong utawa Wiji: 300 mg
Woh: 1,2 g
● Kewan:
Jantung utawa Usus: 300 mg
Viscera utawa Otak: 240 mg
Otot: 450 mg
Balung, Rambut utawa Kulit: 1g
● Artropoda:
serangga: 6 g
Crustacea: 300 mg
● Getih wutuh: 1 tub
● Sel: 106 sel
Wadah: 2 ml tabung centrifuge (Timah foil ora dianjurake)
Labeling sampel: Group+replikat contone A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Kintunan:
1. Es garing: Sampel kudu dikemas ing tas lan dikubur ing es garing.
2. Tabung RNAstable: Sampel RNA bisa dikeringake ing tabung stabilisasi RNA (umpamane RNAstable®) lan dikirim ing suhu kamar.
Bioinformatika
Majelis transkriptom lan pilihan unigene
Anotasi unigene
Korelasi sampel lan penilaian replika biologis
Differentially Expressed Gens (DEG)
Anotasi Fungsional DEGs
Pengayaan Fungsional saka DEGs
Jelajahi kemajuan sing difasilitasi dening layanan urutan mRNA NGS eukariotik BMKGene liwat koleksi publikasi sing dipilih.
Shen, F. et al. (2020) 'De novo transcriptome assembly and sex-biased gene expression in the gonads of Amur catfish (Silurus asotus)', Genomics, 112(3), pp. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Analisis transkriptome metabolisme sukrosa sajrone pembengkakan lan pangembangan bohlam ing bawang (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7 (September), p. 212763. doi: 10.3389 / FPLS.2016.01425 / BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) 'De novo assembly, characterization and annotation for the transcriptome of Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'Analisis transkriptom De novo nyedhiyakake wawasan babagan toleransi uyah Podocarpus macrophyllus ing tekanan salinitas', BMC Plant Biology, 21(1), pp. 1-17. doi: 10.1186 / S12870-021-03274-1 / GAMBAR / 9.