Larutan mRNA PacBio 2+3 Dawane Lengkap
Fitur-fitur
● Desain panliten:
Sampel gabungan sing diurut nganggo PacBio kanggo ngenali isoform transkrip
Sampel sing kapisah (replikasi lan kondisi sing bakal diuji) diurutake karoNGS kanggo ngukur ekspresi transkrip
● Urutan PacBio ing mode CCS, ngasilake bacaan HiFi
● Urutan transkrip dawa lengkap
● Analisis ora mbutuhake genom referensi; nanging, bisa digunakake
● Analisis bioinformatika ora mung kalebu ekspresi ing tingkat gen lan isoform nanging uga analisis lncRNA, fusi gen, poli-adenilasi, lan struktur gen
Kauntungan
● Akurasi DhuwurHiFi maca kanthi akurasi >99,9% (Q30), bisa dibandhingake karo NGS
● Analisis Penyambungan AlternatifNgurutake kabeh transkrip ngidini identifikasi lan karakterisasi isoform.
● Kombinasi Kekuwatan PacBio lan NGSIki nggampangake kuantifikasi ekspresi ing tingkat isoform, mbukak owah-owahan sing bisa ditutupi nalika nganalisis kabeh ekspresi gen
● Keahlian sing jembarKita wis ngolah luwih saka 2300 conto, tim kita nggawa akeh pengalaman kanggo saben proyek.
● Dhukungan Pasca-PenjualanKomitmen kita ngluwihi rampunging proyek kanthi periode layanan purna jual 3 sasi. Sajrone wektu iki, kita nawakake tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, lan sesi tanya jawab kanggo njawab pitakon apa wae sing ana gandhengane karo asil.
Sarat lan Pangiriman Conto
| Perpustakaan | Strategi urutan | Data sing disaranake | Kontrol Kualitas |
| Pustaka CCS mRNA sing diperkaya PolyA | Sekuel PacBio II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Diperkaya Poli A | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nukleotida
|
| Konsentrasi (ng/μl) | Jumlah (μg) | Kasucian | Integritas |
| Perpustakaan Illumina | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Kontaminasi protein utawa DNA winates utawa ora ana sing dituduhake ing gel. | Kanggo tanduran: RIN≥4.0; Kanggo kéwan: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; elevasi dhasar sing winates utawa ora ana |
| Perpustakaan PacBio | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Kontaminasi protein utawa DNA winates utawa ora ana sing dituduhake ing gel. | Tanduran: RIN≥7.5 Kewan: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; elevasi dhasar sing winates utawa ora ana |
Pangiriman Sampel sing Disaranake
Wadhah: tabung centrifuge 2 ml (Foil timah ora disaranake)
Conto pelabelan: Kelompokake+replikasi contone A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pangiriman:
1. Es garing:Sampel kudu dikemas ing kantong lan dikubur ing es garing.
2. Tabung RNA stabil: Sampel RNA bisa dikeringake ing tabung stabilisasi RNA (kayata RNA stabil®) lan dikirim ing suhu ruangan.
Kalebu analisis ing ngisor iki:
- Data mentah
- Kontrol kualitas
- Analisis Poliadenilasi Alternatif (APA)
- Analisis transkrip fusi
- Analisis Penyambungan Alternatif
- Analisis Tolok Ukur Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO)
- Analisis transkrip anyar: prediksi urutan kode (CDS) lan anotasi fungsional
- Analisis lncRNA: prediksi lncRNA lan target
- Identifikasi MikroSatelit (SSR)
- Analisis Transkrip sing Diekspresikan Secara Berbeda (DET)
- Analisis Gen sing Diekspresikan Secara Diferensial (DEG)
- Anotasi fungsional DEG lan DET
Analisis BUSCO
Analisis Penyambungan Alternatif
Analisis Poliadenilasi Alternatif (APA)
Analisis Gen sing Diekspresikan Secara Berbeda (DEG) lan Transkrip (DETs9)
Jaringan interaksi protein-protein saka DET lan DEG
Jelajahi kemajuan sing difasilitasi dening sekuensing mRNA lengkap PacBio 2+3 saka BMKGene liwat koleksi publikasi sing dikuratori.
Chao, Q. et al. (2019) 'Dinamika perkembangan transkriptom batang Populus',Jurnal Bioteknologi Tanaman, 17(1), hlm. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Owah-owahan Dinamis ing Kandungan Asam Askorbat sajrone Perkembangan Woh lan Pematangan Actinidia latifolia (Tanaman Woh sing Sugih Askorbat) lan Mekanisme Molekuler sing Ana gandhengane',Jurnal Internasional Ilmu Molekuler, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390 / IJMS23105808 / S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Prediksi efektif gen jalur biosintetik sing terlibat ing polifilin bioaktif ing Paris polyphylla',Biologi Komunikasi2022 5:1, 5(1), hlm. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Analisis Gabungan PacBio Iso-Seq lan Illumina RNA-Seq saka Gen Transkriptom Tuta absoluta (Meyrick) lan Sitokrom P450',Serangga, 14(4), hlm. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Survei kompleksitas transkriptom nggunakake analisis wektu nyata molekul tunggal PacBio sing digabungake karo sekuensing RNA Illumina kanggo pangerten sing luwih apik babagan biosintesis asam risinoleat ing Ricinus communis',BMC Genomics, 20(1), hlm. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/GAMBAR/7.
