Urutan Genome Tanduran / Kewan Kabèh
1.Kaluwihan Service
Pengalaman ekstensif ing urutan genom kanggo luwih saka 1000 spesies.
Luwih saka 800 kasus sing diterbitake kanthi faktor pengaruh akumulatif luwih saka 4000.
Analisis bioinformatika komprehensif babagan panggilan variasi lan analisis fungsi.
2. Spesifikasi Layanan
| Platform | Pustaka | Dianjurake seq ambane | |
| Illumina | PE 150 | Kanggo SNP, InDel nelpon ≥ 10x Kanggo SV, CNY nelpon ≥ 30x
| |
| Nanopore
| 8 kb | Kanggo SV, CNY nelpon ≥ 20x | |
| Pacbio | CCS | 15 kb | Kanggo SNP, InDel, SV, CNY nelpon ≥ 10x |
3. Syarat Sampel
| Platform | Conc.(ng/μL)
| Jumlah (ng)
| Kemurnian
| gel agarose
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. Clear band utama karo ora utawa winatesdegradasi diamati ing gel. 2. Ora ana utawa winates RNA utawa kontaminasi protein
| ||||
| Illumina | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Nanopore
| ≥30 | Gumantung ing asil data 10 mg/sel | 1.7-2.2 | ≥1.5 | ||
| Pacbio | CCS | ≥50 | 1.7-2.2 | 1.8-2.5 | ||
4. Analisis Bioinformatika
5. Alur Kerja Layanan
pangiriman sampel
Ekstraksi DNA
Konstruksi perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Pangiriman data
1) Statistik Pemetaan Genom
Tabel 1 Statistik asil pemetaan
Figure 1 Distribusi ukuran insert lan maca jangkoan.
2) Deteksi Variasi
Gambar 2 Statistik lan anotasi SNP / INDEL / SV antarane Sampel
Gambar 3 Distribusi vatiations genom-sudhut
3) Anotasi fungsional saka variasi
| 2019 | Komunikasi alam | Resequencing genom wutuh ngungkapake asal-usul Brassica napus lan lokus genetik sing melu perbaikan |
| 2020 | PNAS | Asal usul evolusi lan sejarah domestikasi iwak mas (Carassius auratus) |
| 2021 | Jurnal Bioteknologi Tumbuhan | Genom referensi saka rong spesies jute sing dibudidayakake |
| 2021 | Jurnal Bioteknologi Tumbuhan | Tanda tangan genom saka alopoliploid nabati lan wiji minyak Brassicajuncea lan lokus genetik sing ngontrol akumulasi glukosinolat |
| 2019 | Tanduran Molekul | Resequencing kabeh genom saka koleksi aksesi rapeseed ing saindenging jagad nuduhake basis genetis saka divergensi ekotipe. |
| 2022 | Riset Hortikultura | Analisis asosiasi genom menehi wawasan molekuler babagan variasi alami ukuran wiji semangka |
| 2021 | Jurnal Botani Eksperimental | Sinau asosiasi genom-wide ngenali varian GhSAD1 sing menehi toleransi kadhemen ing katun |
| 2021 | Jurnal Botani Eksperimental | Studi asosiasi genom lan perbandingan transkriptom mbukak novel QTL lan gen calon sing ngontrol ukuran kelopak ing rapeseed |
