-
Urutan RNA inti tunggal
Pangembangan teknik penangkapan sel tunggal lan konstruksi perpustakaan khusus, digabungake karo sekuensing throughput dhuwur, wis ngrevolusi studi ekspresi gen ing tingkat sel. Terobosan iki ngidini analisis populasi sel sing kompleks sing luwih jero lan luwih lengkap, ngatasi watesan sing ana gandhengane karo rata-rata ekspresi gen ing kabeh sel lan njaga heterogenitas sejati ing populasi kasebut. Nalika sekuensing RNA sel tunggal (scRNA-seq) nduweni kaluwihan sing ora bisa dipungkiri, nanging nemoni tantangan ing jaringan tartamtu ing ngendi nggawe suspensi sel tunggal mbuktekake angel lan mbutuhake sampel seger. Ing BMKGene, kita ngatasi alangan iki kanthi nawakake sekuensing RNA inti tunggal (snRNA-seq) nggunakake teknologi 10X Genomics Chromium sing paling canggih. Pendekatan iki ngembangake spektrum sampel sing bisa digunakake kanggo analisis transkriptom ing tingkat sel tunggal.
Isolasi inti ditindakake liwat chip 10X Genomics Chromium sing inovatif, sing nduweni sistem mikrofluidika wolung saluran kanthi persilangan ganda. Ing sistem iki, manik-manik gel sing nggabungake barcode, primer, enzim, lan inti tunggal dienkapsulasi ing tetes minyak ukuran nanoliter, mbentuk Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Sawise pembentukan GEM, lisis sel lan pelepasan barcode kedadeyan ing saben GEM. Sabanjure, molekul mRNA ngalami transkripsi terbalik dadi cDNA, nggabungake barcode 10X lan Unique Molecular Identifiers (UMI). cDNA iki banjur ditindakake konstruksi perpustakaan sekuensing standar, sing nggampangake eksplorasi profil ekspresi gen sing kuat lan komprehensif ing tingkat sel tunggal.
Platform: 10× Genomics Chromium lan Platform Illumina NovaSeq
-
Urutan mRNA Dawane Lengkap-Nanopore
Sanajan sekuensing mRNA berbasis NGS minangka alat serbaguna kanggo ngukur ekspresi gen, ketergantungan marang maca cendhak mbatesi efektifitase ing analisis transkriptomik sing kompleks. Ing sisih liya, sekuensing nanopore nggunakake teknologi maca dawa, sing ngaktifake sekuensing transkrip mRNA dawa lengkap. Pendekatan iki nggampangake eksplorasi komprehensif babagan splicing alternatif, fusi gen, poli-adenylasi, lan kuantifikasi isoform mRNA.
Sekuensing nanopore, sawijining metode sing gumantung marang sinyal listrik wektu nyata molekul tunggal nanopore, nyedhiyakake asil kanthi wektu nyata. Dipandu dening protein motor, DNA untaian ganda kaiket karo protein nanopore sing ana ing biofilm, ngeculake nalika ngliwati saluran nanopore kanthi beda voltase. Sinyal listrik khas sing diasilake dening basa sing beda ing untaian DNA dideteksi lan diklasifikasikake kanthi wektu nyata, nggampangake sekuensing nukleotida sing akurat lan terus-terusan. Pendekatan inovatif iki ngatasi watesan maca cendhak lan nyedhiyakake platform dinamis kanggo analisis genomik sing rumit, kalebu studi transkriptomik sing kompleks, kanthi asil langsung.
Platform: Nanopore PromethION 48
-
Urutan mRNA lengkap -PacBio
Sanajan sekuensing mRNA berbasis NGS minangka alat serbaguna kanggo ngukur ekspresi gen, ketergantungan marang macaan cendhak mbatesi panggunaane ing analisis transkriptomik sing kompleks. Ing sisih liya, sekuensing PacBio (Iso-Seq) nggunakake teknologi macaan dawa, sing ngaktifake sekuensing transkrip mRNA dawa lengkap. Pendekatan iki nggampangake eksplorasi komprehensif babagan splicing alternatif, fusi gen, lan poli-adenylasi. Nanging, ana pilihan liyane kanggo kuantifikasi ekspresi gen amarga jumlah data sing dibutuhake akeh. Teknologi sekuensing PacBio gumantung ing sekuensing molekul tunggal, wektu nyata (SMRT), sing nyedhiyakake kauntungan sing jelas kanggo njupuk transkrip mRNA dawa lengkap. Pendekatan inovatif iki kalebu nggunakake pandu gelombang mode nol (ZMW) lan sumur mikrofabrikasi sing ngaktifake pengamatan wektu nyata aktivitas polimerase DNA sajrone sekuensing. Ing ZMW kasebut, polimerase DNA PacBio nyintesis untaian DNA komplementer, ngasilake macaan dawa sing nyakup kabeh transkrip mRNA. Operasi PacBio ing mode sekuensing Konsensus Sirkular (CCS) nambah akurasi kanthi bola-bali ngurutake molekul sing padha. Maca HiFi sing diasilake nduweni akurasi sing bisa dibandhingake karo NGS, sing luwih nyumbang kanggo analisis fitur transkriptomik sing kompleks lan komprehensif.
Platform: PacBio Sekuel II; PacBio Revio
-
Urutan mRNA eukariotik-NGS
Sekuensing mRNA iku teknik sing migunakaké sekuensing generasi sabanjuré kanggo nuduhaké anané lan jumlah molekul RNA ing sampel biologis, sing nyedhiyakaké gambaran ringkes babagan èksprèsi gen ing sampel kasebut.
Kanthi aplikasi sing jembar, piranti canggih iki mbukak profil ekspresi gen sing rumit, struktur gen, lan mekanisme molekuler sing ana gandhengane karo macem-macem proses biologis.
Teknik iki digunakake sacara wiyar ing riset, diagnostik klinis, lan pangembangan obat, amarga menehi wawasan babagan seluk-beluk dinamika seluler lan regulasi genetik, nyedhiyakake basis sing kuwat kanggo nuwuhake rasa penasaran babagan potensine ing macem-macem bidang.
Platform sing kasedhiya: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Urutan mRNA berbasis Non-Referensi-NGS
Sekuensing mRNA ndadekake profiling lengkap kabeh transkrip mRNA ing njero sel ing kahanan tartamtu bisa ditindakake. Teknologi canggih iki dadi alat sing kuat, mbukak profil ekspresi gen sing rumit, struktur gen, lan mekanisme molekuler sing ana gandhengane karo macem-macem proses biologis. Digunakake sacara wiyar ing riset dhasar, diagnostik klinis, lan pangembangan obat, sekuensing mRNA nawakake wawasan babagan seluk-beluk dinamika seluler lan regulasi genetik.
Platform: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Urutan Non-koding Dawa-Illumina
RNA non-coding sing dawa (lncRNA) luwih dawa tinimbang 200 nukleotida sing nduweni potensi coding minimal lan minangka unsur penting ing RNA non-coding. Ditemokake ing nukleus lan sitoplasma, RNA iki nduweni peran penting ing regulasi epigenetik, transkripsi, lan pasca-transkripsi, sing nandheske pentinge ing mbentuk proses seluler lan molekuler. Urutan LncRNA minangka alat sing kuat ing diferensiasi Sel, Ontogenesis, lan penyakit Manungsa.
Platform: Illumina NovaSeq X
-
Urutan RNA Cilik-Illumina
RNA cilik iku saklompok molekul RNA sing kalebu microRNA (miRNA), RNA cilik sing ngganggu (siRNA), lan RNA sing berinteraksi karo piwi (piRNA). Antarane, miRNA, sing dawane udakara 18-25 nukleotida, penting banget kanggo peran pangaturan sing penting ing macem-macem proses seluler. Kanthi pola ekspresi khusus jaringan lan tahapan, miRNA nuduhake konservasi sing dhuwur ing macem-macem spesies.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Urutan Sirkulasi-Illumina
Sekuensing RNA sirkular (circRNA-seq) ngprofil lan nganalisis RNA sirkular, sawijining kelas molekul RNA sing mbentuk puteran tertutup amarga kedadeyan splicing non-kanonik, sing nyedhiyakake stabilitas RNA iki. Nalika sawetara circRNA wis dituduhake tumindak minangka spons microRNA, nyekuestrasi microRNA lan nyegah supaya ora ngatur mRNA target, circRNA liyane bisa berinteraksi karo protein, modulasi ekspresi gen, utawa duwe peran ing proses seluler. Analisis ekspresi circRNA menehi wawasan babagan peran pengaturan molekul kasebut lan pentinge ing macem-macem proses seluler, tahapan perkembangan, lan kondisi penyakit, sing nyumbang kanggo pangerten sing luwih jero babagan kerumitan regulasi RNA ing konteks ekspresi gen.
Platform: Illumina Novaseq X
-
Urutan Transkriptom Kabèh – Illumina
Sekuensing transkriptom Wole nawakake pendekatan komprehensif kanggo nggawe profil molekul RNA sing maneka warna, kalebu RNA pengkodean (mRNA) lan RNA non-pengkodean (lncRNA, circRNA, lan miRNA). Teknik iki nangkep kabeh transkriptom sel tartamtu ing wektu tartamtu, saengga bisa entuk pangerten holistik babagan proses seluler.
Platform sing kasedhiya: Illumina Novaseq X
