Urutan RNA prokariotik

Urutan RNA prokariotik nggunakake urutan generasi sabanjure (NGS) kanggo nuduhake anané lan jumlah RNA ing wektu tartamtu, kanthi nganalisa transkriptom seluler sing owah.Urutan RNA prokariotik perusahaan kita, khusus ngarahake prokariota kanthi genom referensi, nyedhiyakake profil transkriptom, analisis struktur gen, lsp. Iki wis akeh ditrapake kanggo riset ilmu dhasar, riset lan pangembangan obat, lan liya-liyane.

Platform: Platform Illumina NovaSeq

Hubungi Kita

Rincian Layanan

Spesifikasi Layanan

Platform: platform Illumina NovaSeq, PE150

Tipe perpustakaan: pustaka cDNA insert 350bp (gumantung saka distribusi puncak)

Strategi urutan: Paired-End 150 bp

Rekomendasi jumlah data: 2 Gb data mentah/sampel

Bioinformatika

(1) Kontrol kualitas data urutan: Distribusi nukleotida, Distribusi kualitas dasar, penilaian rasio rRNA;

(2) Analisis keselarasan urutan: Statistik asil keselarasan, Kejenuhan urutan, Cakupan urutan;

(3) Anotasi genom referensi (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Analisis ekspresi: Distribusi ekspresi (Kanthi rong sampel utawa luwih), Analisis ekspresi antarane sampel (Analisis Venn, Analisis Korelasi, analisis PCA);

(5) Analisis ekspresi diferensial (Kanthi rong conto utawa luwih);

(6) Analisis set gen: Analisis Venn, Analisis Cluster, Analisis anotasi fungsi (COG, GO, KEGG), Analisis pengayaan fungsi (GO, KEGG), Grafik kord pengayaan fungsi, analisis Ipath;

(7) analisis sRNA: prediksi sRNA, anotasi sRNA (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), prediksi struktur sekunder sRNA, prediksi gen target sRNA;

(8) Analisis struktur transkrip: Analisis Operan, Prediksi situs wiwitan lan pungkasan Transkripsi, anotasi lan analisis UTR, Prediksi urutan Promoter, analisis SNP/InDel (anotasi SNP/InDel, distribusi regional SNP/InDel, statistik SNP).