Urutan Fragmen sing Diperkuat Lokus Spesifik (SLAF-Seq)
Alur kerja
Layanan iki duwé sawetara pra-desain in silico kanggo njamin pilihan enzim sing optimal nalika persiapan perpustakaan.
Skema Teknis
Fitur Layanan
● Urutan ing NovaSeq nganggo PE150.
● Persiapan perpustakaan nganggo barcode ganda, sing ngidini pangumpulan luwih saka 1000 sampel.
● Ora gumantung karo genom referensi:
Kanthi genom referensi: panemuan SNP lan InDel
Tanpa genom referensi: kluster sampel lan panemuan SNP
● Inging-silikoKombinasi enzim restriksi ganda tahap pra-desain disaring kanggo nemokake kombinasi sing ngasilake distribusi tag SLAF sing seragam ing sadawane genom.
● Sajrone pra-eksperimen, telung kombinasi enzim diuji ing 3 sampel kanggo ngasilake 9 pustaka SLAF, lan informasi iki digunakake kanggo milih kombinasi enzim restriksi sing optimal kanggo proyek kasebut.
Kauntungan Layanan
●Panemuan Penanda Genetik DhuwurKita nggabungake sistem barcode ganda kanthi throughput dhuwur sing ngidini sekuensing populasi gedhe kanthi simultan, lan amplifikasi spesifik lokus sing nambah efisiensi, njamin manawa nomer tag nyukupi macem-macem syarat saka macem-macem pitakonan riset.
● Ketergantungan Rendah marang GenomIki bisa diterapake kanggo spesies nganggo utawa tanpa genom referensi.
●Desain Skema FleksibelPencernaan enzim tunggal, enzim ganda, enzim multi-enzim, lan macem-macem jinis enzim kabeh bisa dipilih kanggo nyukupi tujuan riset utawa spesies sing beda-beda.
● Efisiensi Dhuwur ing Pencernaan Enzimatik: Konduksi sakaing-silikoPra-desain lan pra-eksperimen njamin desain sing optimal kanthi distribusi tag SLAF sing rata ing kromosom (1 tag SLAF/4Kb) lan urutan sing diulang-ulang sing luwih sithik (<5%).
●Keahlian sing jembarKita nggawa akeh pengalaman kanggo saben proyek, kanthi rekam jejak nutup luwih saka 5000 proyek SLAF-Seq ing atusan spesies, kalebu tanduran, mamalia, manuk, serangga, lan organisme akuatik.
● Alur Kerja Bioinformatika sing Dikembangake MandiriKita ngembangake alur kerja bioinformatika terpadu kanggo SLAF-Seq kanggo njamin linuwih lan akurasi output pungkasan.
Spesifikasi Layanan
| Jinis analisis | Skala populasi sing disaranake | Strategi urutan | |
| Jeroning urutan tag | Nomer tag | ||
| Peta Genetik | 2 wong tuwa lan >150 turunan | Wong tuwa: 20x WGS Panyingkiran: 10x | Ukuran genom: <400 Mb: WGS disaranake <1Gb: 100K tag 1-2Gb:: 200K tag >2Gb: 300K tag Tag maksimal 500k |
| Studi Asosiasi Genom (GWAS) | ≥200 sampel | 10x | |
| Evolusi Genetik | ≥30 sampel, kanthi >10 sampel saka saben subkelompok | 10x | |
Syarat Layanan
Konsentrasi ≥ 5 ng/µL
Jumlah total ≥ 80 ng
Gel agarose: ora ana utawa degradasi utawa kontaminasi winates
Pangiriman Sampel sing Disaranake
Wadhah: tabung centrifuge 2 ml
(Kanggo umume sampel, disaranake supaya ora diawetake ing etanol)
Label conto: Sampel kudu diwenehi label kanthi jelas lan padha karo formulir informasi conto sing dikirim.
Pangiriman: Es garing: Sampel kudu dikemas ing kantong dhisik lan dikubur ing es garing.
Alur Kerja Layanan
QC conto
Eksperimen pilot
Eksperimen SLAF
Persiapan Perpustakaan
Urutan
Analisis Data
Layanan sawise dodolan
Analisis bioinformatika kita kalebu:
QC data lan pamotongan data kanggo mbusak bacaan N-rich, bacaan adaptor, utawa bacaan kualitas rendah.
Kontrol kualitas kapindho saka bacaan sing resik kanggo mriksa distribusi basa, kualitas urutan, lan penilaian data, nanging uga kanggo mriksa efisiensi pencernaan lan sisipan sing dipikolehi.
Sawise maca wis dicenthang, ana rong pilihan:
- Pemetaan menyang genom referensi
- Tanpa genom referensi: klusterisasi
Sawisé iku, analisis tag SLAF digunakaké kanggo nindakake sawetara variant calling kanggo mbantu panemuan marker: SNP, InDel, SNV, CV calling lan anotasi.
Distribusi tag SLAF ing kromosom:
Distribusi SNP ing kromosom:
Anotasi SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X lan Shi C (2023) Pemetaan QTL lan analisis transkriptom kandungan gula sajrone pematangan woh-wohanPyrus pyrifolia.Ngarep. Ilmu Tetuwuhan.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Identifikasi st1 nuduhake pilihan sing nglibatake tumpangan morfologi wiji lan isi lenga sajrone domestikasi kedelai.Jurnal Bioteknologi Tanaman, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.lan liya-liyane.Urutan genom lan keragaman genetik iwak karper biasa,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.lan liya-liyane.Genom kacang tanah sing dibudidayakake menehi wawasan babagan kariotipe legum, evolusi poliploid, lan domestikasi tanduran.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Taun | Jurnal | IF | Judhul | Aplikasi |
| 2022 | Komunikasi alam | 17.694 | Basis genomik saka kromosom giga lan genom giga saka peony wit Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Ahli Fitologi Anyar | 7.433 | Jejak sikil domestikasi nahan wilayah genomik sing penting sacara agronomis ing kedelai | SLAF-GWAS |
| 2022 | Jurnal Riset Lanjutan | 12.822 | Introgresi buatan Gossypium barbadense menyang G. hirsutum ing saklumahing genom nuduhake lokus unggul kanggo ningkatake kualitas lan asil serat kapas kanthi bebarengan sipat-sipat | SLAF-Genetika evolusioner |
| 2019 | Tanduran Molekuler | 10.81 | Analisis Genomik Populasi lan Perakitan De Novo Mbukak Asal-Usul Weedy Beras minangka Game Evolusi | SLAF-Genetika evolusioner |
| 2019 | Genetika Alam | 31.616 | Urutan genom lan keragaman genetik iwak karper biasa, Cyprinus carpio | Peta SLAF-Linkage |
| 2014 | Genetika Alam | 25.455 | Genom kacang tanah sing dibudidayakake menehi wawasan babagan kariotipe legum, poliploid évolusi lan domestikasi tanduran. | Peta SLAF-Linkage |
| 2022 | Jurnal Bioteknologi Tanaman | 9.803 | Identifikasi ST1 nuduhake pilihan sing nglibatake tumpangan morfologi wiji lan kandungan lenga sajrone domestikasi kedelai | Pangembangan SLAF-Marker |
| 2022 | Jurnal Internasional Ilmu Molekuler | 6.208 | Identifikasi lan Pengembangan Penanda DNA kanggo Gandum-Leymus mollis 2Ns (2D) Substitusi Kromosom Disomik | Pangembangan SLAF-Marker |
| Taun | Jurnal | IF | Judhul | Aplikasi |
| 2023 | Wates ing ilmu tanduran | 6.735 | Pemetaan QTL lan analisis transkriptom kandungan gula sajrone pematangan woh Pyrus pyrifolia | Peta Genetik |
| 2022 | Jurnal Bioteknologi Tanaman | 8.154 | Identifikasi ST1 nuduhake pilihan sing nglibatake tumpangan morfologi wiji lan isi lenga sajrone domestikasi kedelai.
| Panggilan SNP |
| 2022 | Wates ing ilmu tanduran | 6.623 | Pemetaan Asosiasi Genom Fenotipe Hulless Barely ing Lingkungan Kekeringan.
| GWAS |
