Urutan Fragmen Diperkuat Lokus Khusus (SLAF-Seq)
Alur kerja
Layanan wis sawetara pra-desain ing silico kanggo njamin pilihan enzim optimal ing preparation saka perpustakaan.
Skema Teknis
Fitur Layanan
● Sequencing ing NovaSeq karo PE150.
● Persiapan perpustakaan kanthi barcode kaping pindho, bisa nglumpukake luwih saka 1000 conto.
● Ora gumantung saka génom referensi:
Kanthi génom referensi: SNP lan InDel panemuan
Tanpa génom referensi: clustering sampel lan panemuan SNP
● Inging-silikontataran pra-desain kombinasi enzim sawetara watesan disaring kanggo nemokake sing ngasilake distribusi seragam tag SLAF bebarengan génom.
● Sajrone pra-eksperimen, telung kombinasi enzim dites ing 3 conto kanggo ngasilake 9 perpustakaan SLAF, lan informasi iki digunakake kanggo milih kombinasi enzim watesan sing optimal kanggo proyek kasebut.
Kaluwihan Service
●Penemuan Marker Genetik Dhuwur: Kita nggabungake sistem barcode dobel throughput dhuwur sing ngidini urutan simultaneous saka populasi gedhe, lan amplifikasi khusus lokus efisiensi nambah, mesthekake yen nomer tag ketemu syarat warna saka macem-macem pitakonan riset.
● Katergantungan Low ing Genome: Bisa ditrapake kanggo spesies kanthi utawa tanpa génom referensi.
●Desain Skema Fleksibel: Enzim tunggal, dual-enzim, pencernaan multi-enzim, lan macem-macem jinis enzim kabeh bisa dipilih kanggo nyukupi tujuan utawa spesies riset sing beda.
● Efisiensi Tinggi ing Pencernaan Enzim: Konduksi aning-silikonpra-desain lan pra-eksperimen njamin desain optimal kanthi distribusi tag SLAF sing rata ing kromosom (1 tag SLAF / 4Kb) lan suda urutan bola-bali (<5%).
●Keahlian ekstensif: We nggawa kasugihan saka pengalaman kanggo saben project, karo rekaman trek nutup liwat 5000 SLAF-Seq projects ing atusan spesies, kalebu tetanduran, mamalia, manuk, serangga, lan organisme akuatik.
● Alur Kerja Bioinformatik sing dikembangake dhewe: Kita ngembangake alur kerja bioinformatik terpadu kanggo SLAF-Seq kanggo njamin linuwih lan akurasi output final.
Spesifikasi Layanan
| Jinis analisis | Skala populasi sing disaranake | Strategi urutan | |
| Ambane urutan tag | Tag nomer | ||
| Peta Genetik | 2 wong tuwa lan > 150 anak | Wong tuwa: 20x WGS Keturunan: 10x | Ukuran Genom: <400 Mb: WGS dianjurake <1Gb: 100K tags 1-2Gb:: 200K tags > 2Gb: 300K tags Max 500k tags |
| Studi Asosiasi Genom-Wide (GWAS) | ≥200 sampel | 10x | |
| Evolusi Genetik | ≥30 sampel, kanthi> 10 sampel saka saben subkelompok | 10x | |
Requirements Layanan
Konsentrasi ≥ 5 ng/µL
Jumlah total ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
Gel agarose: ora ana utawa winates degradasi utawa kontaminasi
Pangiriman Sampel sing Disaranake
Wadah: 2 ml tabung centrifuge
(Kanggo umume conto, disaranake supaya ora disimpen ing etanol)
Labeling sampel: Sampel kudu diwenehi label kanthi jelas lan padha karo formulir informasi sampel sing dikirim.
Kintunan: Es garing: Sampel kudu dibungkus dhisik ing kantong lan dikubur ing es garing.
Alur Kerja Layanan
Sampel QC
Eksperimen pilot
SLAF-eksperimen
Persiapan Pustaka
Sequencing
Analisis Data
Layanan sawise-sale
Analisis bioinformatika kita kalebu:
Data QC lan data trimming kanggo mbusak N-sugih maos, adaptor maca utawa kualitas kurang maca.
A kontrol kualitas kapindho maca resik kanggo mriksa distribusi basa, kualitas urutan lan Assessment data, nanging uga kanggo mriksa efficiency pencernaan lan sisipan dijupuk.
Sawise maca wis dicenthang, ana rong pilihan:
- Pemetaan kanggo referensi génom
- Tanpa génom referensi: clustering
Sawise iku, analisis tag SLAF digunakake kanggo nindakake sawetara panggilan varian kanggo mbantu nemokake panandha: SNP, InDel, SNV, panggilan CV lan anotasi
Distribusi tag SLAF ing kromosom:
Distribusi SNP ing kromosom:
SNP anotasi
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X lan Shi C (2023) Pemetaan QTL lan analisis transkriptom isi gula sajrone pematangan buah.Pyrus pyrifolia.Ngarep. Tanduran Sci.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Identifikasi st1 nuduhake pilihan sing nglibatake hitchhiking morfologi wiji lan kandungan minyak sajrone domestikasi kedelai.Jurnal Bioteknologi Tumbuhan, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.et al.Urutan genome lan keragaman genetik saka carp umum,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.et al.Genom kacang sing diolah menehi wawasan babagan kariotipe legum, evolusi poliploid lan domestikasi potong.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| taun | Jurnal | IF | judhul | Aplikasi |
| 2022 | Komunikasi alam | 17.694 | Dasar genomik saka kromosom giga lan genom giga saka peony wit Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Phytologist anyar | 7.433 | Jejak domestikasi jangkar wilayah genom sing wigati agronomis ing kedhele | SLAF-GWAS |
| 2022 | Jurnal Riset Lanjut | 12.822 | Introgresi artifisial genom saka Gossypium barbadense menyang G. hirsutum mbukak lokus unggul kanggo nambah kualitas serat katun lan ngasilaken sipat | SLAF-Evolusioner genetika |
| 2019 | Tanduran Molekul | 10.81 | Analisis Genomik Populasi lan Majelis De Novo Mbukak Asal-Usul Weedy Beras minangka Game Evolusi | SLAF-Evolusioner genetika |
| 2019 | Genetika Alam | 31.616 | Urutan genom lan keragaman genetik saka carp umum, Cyprinus carpio | Peta SLAF-Linkage |
| 2014 | Genetika Alam | 25.455 | Genom kacang sing diolah menehi wawasan babagan kariotipe legum, poliploid evolusi lan domestikasi tanduran. | Peta SLAF-Linkage |
| 2022 | Jurnal Bioteknologi Tumbuhan | 9.803 | Identifikasi ST1 nuduhake pilihan sing nglibatake hitchhiking morfologi wiji lan kandungan lenga sajrone domestikasi kedelai | Pangembangan SLAF-Marker |
| 2022 | Jurnal Internasional Ilmu Molekuler | 6.208 | Identifikasi lan Pengembangan Marker DNA kanggo Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Substitusi Kromosom Disomik | Pangembangan SLAF-Marker |
| taun | Jurnal | IF | judhul | Aplikasi |
| 2023 | Watesan ing ilmu tanduran | 6.735 | Pemetaan QTL lan analisis transkriptom isi gula sajrone pematangan buah Pyrus pyrifolia | Peta Genetik |
| 2022 | Jurnal Bioteknologi Tumbuhan | 8.154 | Identifikasi ST1 nuduhake pilihan sing nglibatake hitchhiking morfologi wiji lan kandungan minyak sajrone domestikasi kedelai
| Telpon SNP |
| 2022 | Watesan ing ilmu tanduran | 6.623 | Genom-Wide Association Mapping of Hulless Barely Phenotypes ing Lingkungan Kemarau.
| GWAS |
