10x Genomics Visium სივრცითი ტრანსკრიპტომი
ტექნიკური სქემა
მახასიათებლები
● გარჩევადობა: 100 µM
● წერტილის დიამეტრი: 55 µM
● ადგილების რაოდენობა: 4992
● გადაღების არე: 6.5 x 6.5 მმ
● თითოეული შტრიხკოდირებული ლაქა დატვირთულია 4 სექციისგან შემდგარი პრაიმერებით:
- პოლი(dT) კუდი mRNA პრაიმინგისა და cDNA სინთეზისთვის
- უნიკალური მოლეკულური იდენტიფიკატორი (UMI) ამპლიფიკაციის მიკერძოების გამოსასწორებლად
- სივრცითი შტრიხკოდი ... შტრიხკოდი
- ნაწილობრივი წაკითხვის 1 სეკვენირების პრაიმერის შეკავშირების თანმიმდევრობა
● კვეთების H&E შეღებვა
უპირატესობები
●ერთიანი სერვისიაერთიანებს გამოცდილებასა და უნარებზე დაფუძნებულ ყველა ნაბიჯს, მათ შორის კრიო-სექციონირებას, შეღებვას, ქსოვილების ოპტიმიზაციას, სივრცით შტრიხკოდირებას, ბიბლიოთეკის მომზადებას, სეკვენირებას და ბიოინფორმატიკას.
● მაღალკვალიფიციური ტექნიკური გუნდი: გამოცდილებით 250-ზე მეტ ქსოვილის ტიპსა და 100-ზე მეტ სახეობაში, მათ შორის ადამიანის, თაგვის, ძუძუმწოვრების, თევზებისა და მცენარეების.
●მთელი პროექტის რეალურ დროში განახლებაექსპერიმენტის პროგრესის სრული კონტროლით.
●ყოვლისმომცველი სტანდარტული ბიოინფორმატიკა:პაკეტი მოიცავს 29 ანალიზს და 100-ზე მეტ მაღალი ხარისხის ფიგურას.
●პერსონალიზებული მონაცემთა ანალიზი და ვიზუალიზაცია: ხელმისაწვდომია სხვადასხვა კვლევის მოთხოვნებისთვის.
●სახსრების ანალიზი ერთუჯრედიანი mRNA სეკვენირებით (არასავალდებულო)
სპეციფიკაციები
| ნიმუშის მოთხოვნები | ბიბლიოთეკა | სეკვენირების სტრატეგია | რეკომენდებული მონაცემები | ხარისხის კონტროლი |
| OCT-ში ჩადგმული კრიო ნიმუშები (ოპტიმალური დიამეტრი: დაახლოებით 6x6x6 მმ³) 2 ბლოკი თითო ნიმუშზე | 10X Visium cDNA ბიბლიოთეკა | ილუმინა PE150 | 50 ათასი PE წაკითხვა თითო ადგილზე (60 გბ) | RIN > 7 |
ნიმუშის მომზადების ინსტრუქციისა და მომსახურების სამუშაო პროცესის შესახებ დამატებითი ინფორმაციისთვის, გთხოვთ, თავისუფლად დაუკავშირდეთBMKGENE-ის ექსპერტი
სერვისის სამუშაო პროცესი
ნიმუშის მომზადების ფაზაში ტარდება საწყისი მასიური რნმ-ის ექსტრაქციის ცდა, რათა უზრუნველყოფილი იყოს მაღალი ხარისხის რნმ-ის მიღება. ქსოვილის ოპტიმიზაციის ეტაპზე ხდება სექციების შეღებვა და ვიზუალიზაცია, ხოლო ქსოვილიდან mRNA-ს გამოთავისუფლების გამტარიანობის პირობები ოპტიმიზირებულია. ოპტიმიზირებული პროტოკოლი შემდეგ გამოიყენება ბიბლიოთეკის შექმნის დროს, რასაც მოჰყვება სეკვენირება და მონაცემთა ანალიზი.
მომსახურების სრული სამუშაო პროცესი მოიცავს რეალურ დროში განახლებებს და კლიენტის დადასტურებებს, რათა შენარჩუნდეს რეაგირებადი უკუკავშირის ციკლი და უზრუნველყოფილი იყოს პროექტის შეუფერხებელი შესრულება.
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
მონაცემთა ხარისხის კონტროლი:
o მონაცემთა გამომუშავება და ხარისხის ქულების განაწილება
o გენის აღმოჩენა თითო ლაქაზე
ქსოვილის დაფარვა
შიდა ნიმუშის ანალიზი:
o გენების სიმდიდრე
o წერტილოვანი კლასტერიზაცია, შემცირებული განზომილების ანალიზის ჩათვლით
o კლასტერებს შორის დიფერენციალური ექსპრესიის ანალიზი: მარკერის გენების იდენტიფიცირება
o მარკერის გენების ფუნქციური ანოტაცია და გამდიდრება
ჯგუფთაშორისი ანალიზი
o ორივე ნიმუშიდან (მაგ., დაავადებული და საკონტროლო) ლაქების ხელახლა შერწყმა და ხელახლა დაჯგუფება
o თითოეული კლასტერისთვის მარკერის გენების იდენტიფიკაცია
o მარკერის გენების ფუნქციური ანოტაცია და გამდიდრება
o ერთი და იგივე კლასტერის დიფერენციალური გამოხატულება ჯგუფებს შორის
შიდა ნიმუშის ანალიზი
წერტილოვანი კლასტერიზაცია
მარკერის გენების იდენტიფიკაცია და სივრცითი განაწილება
ჯგუფთაშორისი ანალიზი
ორივე ჯგუფიდან მონაცემების კომბინაცია და ხელახალი კლასტერიზაცია
ახალი კლასტერების მარკერის გენები
გაეცანით BMKGene-ის სივრცითი ტრანსკრიპტომიკის სერვისის მიერ 10X Visium-ის მიერ ხელშეწყობულ მიღწევებს ამ რჩეულ პუბლიკაციებში:
ჩენი, დ. და სხვ. (2023) „mthl1, ძუძუმწოვრების ადჰეზიური GPCR-ების პოტენციური ჰომოლოგი დროზოფილაში, მონაწილეობს ბუზებში ინექციურ ონკოგენურ უჯრედებზე სიმსივნის საწინააღმდეგო რეაქციებში“.ამერიკის შეერთებული შტატების მეცნიერებათა ეროვნული აკადემიის შრომები, 120(30), გვ. e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
ჩენი, ი. და სხვ. (2023) „STEEL-ი საშუალებას იძლევა სივრცულ-დროითი ტრანსკრიპტომიური მონაცემების მაღალი გარჩევადობის განსაზღვრისა“,ბიოინფორმატიკის ბრიფინგები, 24(2), გვ. 1–10. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
ლიუ, ს. და სხვ. (2022) „ორგანოგენეზის სივრცე-დროითი ატლასი ორქიდეის ყვავილების განვითარებაში“,ნუკლეინის მჟავების კვლევა, 50(17), გვ.9724–9737. doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
ვანგი, ჯ. და სხვ. (2023) „სივრცითი ტრანსკრიპტომიკისა და ერთბირთვიანი რნმ-ის სეკვენირების ინტეგრირება საშვილოსნოს ლეიომიომის პოტენციურ თერაპიულ სტრატეგიებს ავლენს“.ბიოლოგიურ მეცნიერებათა საერთაშორისო ჟურნალი, 19(8), გვ.2515–2530. doi: 10.7150/IJBS.83510.
