16S/18S/ITS ამპლიკონების სეკვენირება - PacBio
სერვისის მახასიათებლები
● სეკვენირების პლატფორმა: PacBio Revio
● თანმიმდევრობის რეჟიმი: CCS (HiFi წაკითხვა)
● სამიზნე რეგიონის ამპლიფიკაცია, რასაც მოჰყვება ამპლიკონების ტანდემური შეერთება HiFi SMRT ზარის ბიბლიოთეკის მომზადებამდე
მომსახურების უპირატესობები
●უფრო მაღალი ტაქსონომიური გარჩევადობა: Tჰანის მოკლე ამპლიკონური სეკვენირება,რაც სახეობის დონეზე OTU კლასიფიკაციის უფრო მაღალი მაჩვენებლების საშუალებას იძლევა.
●მაღალი სიზუსტის ბაზისური გამოძახებაPacBio CCS რეჟიმის თანმიმდევრობა (HiFi წაკითხვები).
●იზოლაციის გარეშემიკრობული შემადგენლობის სწრაფი იდენტიფიკაცია გარემოს ნიმუშებში.
●ფართოდ გამოყენებადიმიკრობული საზოგადოების მრავალფეროვანი კვლევები.
●ყოვლისმომცველი ბიოინფორმატიული ანალიზიუახლესი QIIME2 პაკეტი (მიკრობული ეკოლოგიის რაოდენობრივი ანალიზი) მონაცემთა ბაზის, ანოტაციის, OTU/ASV-ის თვალსაზრისით მრავალფეროვანი ანალიზით.
●ფართო ექსპერტიზაყოველწლიურად ათასობით ამპლიკონის სეკვენირების პროექტით, BMKGENE-ს ათწლეულზე მეტი გამოცდილება, მაღალკვალიფიციური ანალიტიკური გუნდი, ყოვლისმომცველი კონტენტი და შესანიშნავი გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერა აქვს.
სერვისის სპეციფიკაციები
| ბიბლიოთეკა | სეკვენირების სტრატეგია | რეკომენდებული მონაცემები |
| ამპლიკონი | PacBio Revio | 10/30/50 ათასი ტეგები (CCS) |
ნიმუშის მოთხოვნები
| კონცენტრაცია (ნგ/µლ) | საერთო რაოდენობა (მკგ) | მოცულობა (µლ) |
| ≥5 | ≥0.3 | ≥20 |
რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება
ნიმუშები გაყინეთ თხევად აზოტში 3-4 საათის განმავლობაში და შეინახეთ თხევად აზოტში ან -80 გრადუსზე ხანგრძლივი შენახვისთვის. ნიმუშების გაგზავნა სავალდებულოა მშრალი ყინულით.
მომსახურების სამუშაო ნაკადი
ნიმუშის მიწოდება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
სეკვენირება
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
● ნედლი მონაცემების ხარისხის კონტროლი
●OTU კლასტერიზაცია/ხმაურის დეზინსექცია (ASV)
●OTU ანოტაცია
● ალფა მრავალფეროვნების ანალიზი: მრავალი ინდექსი, მათ შორის შენონის, სიმპსონის და ACE.
● ბეტა მრავალფეროვნების ანალიზი
● ჯგუფთაშორისი ანალიზი
● კორელაციის ანალიზი: გარემო ფაქტორებსა და OUT-ის შემადგენლობასა და მრავალფეროვნებას შორის
●16S ფუნქციური გენის პროგნოზირება
ტაქსონომიური განაწილების ჰისტოგრამა
საზოგადოების გავრცელების ფილოგენეტიკური ხე
ალფა მრავალფეროვნების ანალიზი: ACE
ინდექსი
ბეტა მრავალფეროვნების ანალიზი: PCoA
ჯგუფთაშორისი ანალიზი: ANOVA
გაეცანით BMKGene-ის PacBio-ს ამპლიკონების სეკვენირების სერვისების მიერ ხელშეწყობილ მიღწევებს პუბლიკაციების შერჩეული კოლექციის მეშვეობით.
გაო, X. და ვანგი, H. (2023) „მუცლის ფაშვის ბაქტერიული პროფილებისა და ფუნქციების შედარებითი ანალიზი სხვადასხვა ფენოლოგიასთან (ხელახალი მწვანე და ბალახოვანი) ადაპტაციის დროს ალპურ მერინოს ცხვარში ორი ზრდის ეტაპით ალპურ მდელოზე“, ფერმენტაცია, 9(1), გვ. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.
ლი, ს. და სხვ. (2023) „მიკრობული ბნელი მატერიის აღქმა უდაბნოს ნიადაგებში კულტურომიკაზე დაფუძნებული მეტაგენომიკისა და მაღალი გარჩევადობის ანალიზის გამოყენებით“, npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), გვ. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
მუ, ლ. და სხვ. (2022) „ცხიმოვანი მჟავების მარილების გავლენა იონჯის, ბრინჯის ჩალისა და ხორბლის ქატოსგან მომზადებული შერეული სილოსის დუღილის მახასიათებლებზე, ბაქტერიულ მრავალფეროვნებასა და აერობულ სტაბილურობაზე“, სურსათისა და სოფლის მეურნეობის მეცნიერების ჟურნალი, 102(4), გვ. 1475–1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.
იანგი, ჯ. და სხვ. (2023) „ოქსიდაციური სტრესის ბიომარკერებსა და ნაწლავის მიკრობიოტას შორის ურთიერთქმედება Sonchus brachyotus DC.-ის ექსტრაქტების ანტიოქსიდანტურ ეფექტებში ოქსაზოლონით გამოწვეული ნაწლავის ოქსიდაციური სტრესის დროს ზრდასრულ ზებრა თევზებში“, ანტიოქსიდანტები 2023, ტ. 12, გვერდი 192, 12(1), გვ. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.
