16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
სერვისის უპირატესობები
● გრძელვადიანი კითხვა, რომელიც ავლენს 16S/18S/ITS-ის სრულ სიგრძის თანმიმდევრობას
● უაღრესად ზუსტი საბაზისო ზარი PacBio CCS რეჟიმის თანმიმდევრობით
● სახეობის დონის გარჩევადობა OTU/ASV ანოტაციაში
● უახლესი QIIME2 აანალიზებს ნაკადს მრავალფეროვანი ანალიზით მონაცემთა ბაზის, ანოტაციის, OTU/ASV თვალსაზრისით.
● გამოიყენება სხვადასხვა მიკრობული საზოგადოების კვლევებისთვის
● BMK-ს აქვს დიდი გამოცდილება 100000-ზე მეტი ნიმუშით/წელიწადში, რომელიც ფარავს ნიადაგს, წყალს, გაზს, შლამს, განავალს, ნაწლავებს, კანს, დუღილის ბულიონს, მწერებს, მცენარეებს და ა.შ.
● BMKCloud-მა ხელი შეუწყო მონაცემთა ინტერპრეტაციას, რომელიც შეიცავს 45 პერსონალიზებულ ანალიზის ხელსაწყოს
სერვისის სპეციფიკაციები
| თანმიმდევრობაᲞლატფორმა | ბიბლიოთეკა | რეკომენდებული მონაცემები | შემობრუნების დრო |
| PacBio გაგრძელება II | SMRT-ზარი | 5K/10K/20K ტეგები | 44 სამუშაო დღე |
ბიოინფორმატიკის ანალიზები
● ნედლი მონაცემთა ხარისხის კონტროლი
● OTU კლასტერირება/ხმაურის ამოღება (ASV)
● OTU ანოტაცია
● ალფა მრავალფეროვნება
● ბეტა მრავალფეროვნება
● ჯგუფთაშორისი ანალიზი
● ასოციაციის ანალიზი ექსპერიმენტული ფაქტორების წინააღმდეგ
● ფუნქციის გენის პროგნოზირება
ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება
ნიმუშის მოთხოვნები:
ამისთვისდნმ-ის ექსტრაქტები:
| ნიმუშის ტიპი | თანხა | კონცენტრაცია | სიწმინდე |
| დნმ-ის ექსტრაქტები | ＞ 1 მკგ | ＞ 20 ნგ/მკლ | OD260/280= 1.6-2.5 |
გარემოს ნიმუშებისთვის:
| ნიმუშის ტიპი | რეკომენდირებული ნიმუშის აღების პროცედურა |
| ნიადაგი | სინჯის რაოდენობა: დაახლ.5 გ;დარჩენილი გამხმარი ნივთიერება უნდა მოიხსნას ზედაპირიდან;გახეხეთ დიდი ნაჭრები და გაიარეთ 2მმ ფილტრით;აკრიფეთ ნიმუშები სტერილურ EP-ტუბში ან ციროტუბში დაჯავშნისთვის. |
| განავალი | სინჯის რაოდენობა: დაახლ.5 გ;შეაგროვეთ და აკრიფეთ ნიმუშები სტერილურ EP-ტუბში ან კრიოტუბში დაჯავშნისთვის. |
| ნაწლავის შიგთავსი | ნიმუშები უნდა დამუშავდეს ასეპტიკურ პირობებში.გარეცხეთ შეგროვებული ქსოვილი PBS-ით;ცენტრიფუგა PBS და შეაგროვეთ ნალექი EP- მილებში. |
| შლამი | სინჯის რაოდენობა: დაახლ.5 გ;შეაგროვეთ და შეაგროვეთ ტალახის ნიმუში სტერილურ EP-ტუბში ან კრიოტუბში დაჯავშნისთვის |
| წყლის სხეული | მიკრობული მიკროორგანიზმების შეზღუდული რაოდენობის ნიმუშისთვის, როგორიცაა ონკანის წყალი, ჭაბურღილის წყალი და ა.შეინახეთ მემბრანა სტერილურ მილში. |
| Კანი | ფრთხილად გახეხეთ კანის ზედაპირი სტერილური ბამბის ტამპონით ან ქირურგიული პირით და მოათავსეთ იგი სტერილურ მილში. |
რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება
ნიმუშები გაყინეთ თხევად აზოტში 3-4 საათის განმავლობაში და შეინახეთ თხევად აზოტში ან -80 გრადუსამდე ხანგრძლივ რეზერვაციამდე.საჭიროა ნიმუშის მიწოდება მშრალი ყინულით.
სერვისის სამუშაო ნაკადი
ნიმუშის მიწოდება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
Მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
1. V3+V4(Illumina)-ზე დაფუძნებული მიკრობული საზოგადოების პროფილირების ანოტაციის სიხშირე სრულმეტრაჟიანი (PacBio) დაფუძნებული პროფილირების წინააღმდეგ.
(შემთხვევით შერჩეული 30 პროექტის მონაცემები გამოყენებული იქნა სტატისტიკისთვის)
2. სრულმეტრაჟიანი ამპლიკონის თანმიმდევრობის ანოტაციის სიჩქარე სახეობის დონეზე სხვადასხვა ტიპის ნიმუშებში
3.სახეობების გავრცელება
4.ფილოგენეტიკური ხე
BMK საქმე
დარიშხანის ზემოქმედება იწვევს ნაწლავის ბარიერის დაზიანებას და, შესაბამისად, ნაწლავ-ღვიძლის ღერძის გააქტიურებას, რაც იწვევს ღვიძლის ანთებას და პიროპტოზს იხვებში.
გამოქვეყნებულია:მეცნიერება მთლიანი გარემოს შესახებ,2021 წელი
თანმიმდევრობის სტრატეგია:
ნიმუშები: კონტროლი 8 მგ/კგ ATO-ზე დაუცველი ჯგუფის წინააღმდეგ
თანმიმდევრობის მონაცემების გამოსავალი: 102,583 ნედლეული CCS თანმიმდევრობა სულ
კონტროლი: 54,518 ± 747 ეფექტური CCS
ATO-ს ექსპოზიცია: 45,050 ± 1675 ეფექტური CCS
ძირითადი შედეგები
ალფა მრავალფეროვნება:ATO-ს ზემოქმედებამ მნიშვნელოვნად შეცვალა ნაწლავის მიკრობული სიმდიდრე და მრავალფეროვნება იხვებში.
მეტასტაზების ანალიზი:
ფენის დონეზე: 2 ბაქტერიული ფილა გამოვლინდა მხოლოდ საკონტროლო ჯგუფებში
გვარის დონეზე: 6 გვარი აღმოჩნდა მნიშვნელოვნად განსხვავებული ფარდობითი სიმრავლით
სახეობების დონეზე: სულ გამოვლინდა 36 სახეობა, მათგან 6 მნიშვნელოვნად განსხვავდება რელატიური სიმრავლით.
მითითება
Thingholm, LB, და სხვ.„მსუქანი ადამიანები მე-2 ტიპის შაქრიანი დიაბეტით და მის გარეშე აჩვენებენ ნაწლავის სხვადასხვა მიკრობული ფუნქციონალურ შესაძლებლობებს და შემადგენლობას“.უჯრედის მასპინძელი და მიკრობი26.2 (2019).
