ტრანსპოზა-ხელმისაწვდომი ქრომატინის ანალიზი მაღალი გამტარუნარიანობის სეკვენირებით (ATAC-seq)
სერვისის მახასიათებლები
● დნმ-ცილის ურთიერთქმედების შესანარჩუნებლად, სერვისი მოითხოვს ქსოვილის ნიმუშებს ექსტრაგირებული ნუკლეინის მჟავების ნაცვლად.
● ATAC მეთოდი მოიცავს ქსოვილის დისოციაციას, რასაც მოჰყვება ბირთვების იზოლაცია, Tn5 დამუშავება და გაწმენდა, PCR ამპლიფიკაცია, ზომის შერჩევა და სეკვენირება.
● სეკვენირება Illumina NovaSeq-ში
მომსახურების უპირატესობები
●მაღალი მგრძნობელობა:ბიბლიოთეკის მომზადებისა და სეკვენირებისთვის საკმარისია საწყისი უჯრედების დაბალი რაოდენობა.
●მაღალინფორმაციული ტექნიკაერთდროულად ავლენს ღია ქრომატინის და აქტიური მარეგულირებელი ელემენტების, როგორიცაა ტრანსკრიფციის ფაქტორის შეკავშირების ადგილები, გენომურ მდებარეობებს.
●კარგი ექსპერიმენტული რეპროდუცირებადობატექნიკური რეპლიკები შესანიშნავ განმეორებადობას აჩვენებენ.
●ფართო ექსპერტიზაასობით წარმატებით დასრულებული ATAC სეკვენირების პროექტით, BMKGENE-ს ათწლეულზე მეტი გამოცდილება, მაღალკვალიფიციური ანალიტიკური გუნდი, ყოვლისმომცველი კონტენტი და შესანიშნავი გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერა აქვს.
●ტრანსკრიპტომიკის ანალიზთან შეერთების შესაძლებლობა: რაც საშუალებას იძლევა ATAC თანმიმდევრობის ინტეგრირებული ანალიზის განხორციელდეს სხვა ომიკურ მონაცემებთან, როგორიცაა RNA-თანმიმდევრობა.
● ყოვლისმომცველი ბიოინფორმატიკური ანალიზი: რაც საშუალებას იძლევა არა მხოლოდ ქრომატინის ღია რეგიონების და მათი შესაბამისი ფუნქციონალურობის (პრომოტერები, უროგენიზატორები, ეგზონები, ინტრონები) იდენტიფიცირებისა, არამედ ნიმუშებს შორის ქრომატინის ღია რეგიონებს შორის განსხვავებების ანალიზის.
სერვისის სპეციფიკაციები
| ბიბლიოთეკა | სეკვენირების სტრატეგია | რეკომენდებული მონაცემების გამოტანა | ხარისხის კონტროლი |
| ATAC-seq | ილუმინა PE150 | > 20 მილიონი წაკითხვა გენომის ზომის მიხედვით (ადამიანი: 50 მილიონი წაკითხვა) | Q30≥85% |
ნიმუშის მოთხოვნები
ნიმუშების ტიპი: ქსოვილები, ცოცხალი ან გაყინული უჯრედები, სისხლი
● უჯრედის ნომერი: ≥ 106უჯრედები
● ქსოვილის წონა: ≥ 200 მგ ახალი ქსოვილი
● სისხლი: ≥ 4 მლ
მომსახურების სამუშაო ნაკადი
ექსპერიმენტის დიზაინი
ნიმუშის მიწოდება
დნმ-ის ექსტრაქცია
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
სეკვენირება
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
● ნედლი მონაცემების ხარისხის კონტროლი;
● პიკური გამოძახება, რომელიც დაფუძნებულია საცნობარო გენომთან შესაბამისობაზე;
● გენის ანოტაცია პიკის მდებარეობაზე;
● მოტივის ანალიზი: ტრანსკრიფციის ფაქტორის შეკავშირების ადგილების (TFBS) იდენტიფიცირება;
● დიფერენციალური პიკური ანალიზი და ანოტაცია.
1. ATAC-ის სითბური რუკა TSS-სა და მიმდებარე რეგიონებში (±3 კბ)
2. ღია ქრომატინის რეგიონის განაწილება გენომის სხვადასხვა კომპონენტში
3. ჯგუფებს შორის დიფერენციალური პიკური ზარი
გაეცანით BMKGene-ის ATAC სეკვენირების სერვისების მიერ ხელშეწყობილი კვლევის მიღწევებს პუბლიკაციების შერჩეული კოლექციის მეშვეობით.
ფუ, ა.და სხვ.(2023) „მწარე ნესვის (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) ტელომერებისა და ტელომერების გენომის შეკრება ნაყოფის განვითარებას, შემადგენლობას და დამწიფების გენეტიკურ მახასიათებლებს ავლენს“.მებაღეობის კვლევა, 10 (1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
გონგი, ბ.და სხვ.(2023) „გლიომაში სეკრეტორული კინაზა FAM20C-ის, როგორც ონკოგენის, ეპიგენეტიკური და ტრანსკრიფციული აქტივაცია“.გენეტიკისა და გენომიკის ჟურნალი, 50(6), გვ.422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
ის, ი.და სხვ.(2023) „ბუტირატი ცვლის ფეროპტოზისადმი რეზისტენტობას მსხვილი ნაწლავის კიბოს დროს c-Fos-დამოკიდებული xCT სუპრესიის გამოწვევით“,რედოქს ბიოლოგია, 65, გვ. 102822. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
