შედარებითი გენომიკა
მომსახურების უპირატესობები
●ვრცელი ექსპერტიზისა და პუბლიკაციების ჩანაწერებიდაგროვილი თანხებით, BMKGene-მა დაასრულა 90-ზე მეტი შედარებითი გენომიკის პროექტი, კუმულაციური გავლენის ფაქტორით 900-ს მიაღწია.
●ყოვლისმომცველი ბიოინფორმატიკური ანალიზიანალიზის პაკეტი შეიცავს რვა ყველაზე ხშირად საჭირო ანალიზს, რომელიც უზრუნველყოფს კარგად შემუშავებულ, გამოსაქვეყნებლად მზა ციფრებს და შედეგების მარტივ ინტერპრეტაციას.
●მაღალკვალიფიციური ბიოინფორმატიკის გუნდი და მოკლე ანალიზის ციკლიშედარებითი გენომიკის ანალიზში დიდი გამოცდილებით, BMKGene-ის გუნდი მოკლე დროში აკმაყოფილებს პერსონალიზებული ანალიზის მრავალფეროვან მოთხოვნებს.
●გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერა:ჩვენი ვალდებულება პროექტის დასრულების შემდეგაც ვრცელდება და 3-თვიან გაყიდვის შემდგომ მომსახურებას გთავაზობთ. ამ პერიოდის განმავლობაში, ჩვენ გთავაზობთ პროექტის შემდგომ შემოწმებას, პრობლემების მოგვარებაში დახმარებას და კითხვა-პასუხის სესიებს შედეგებთან დაკავშირებული ნებისმიერი შეკითხვის გასაცემად.
სერვისის სპეციფიკაციები
| სავარაუდო შესრულების დრო | სახეობების რაოდენობა | ანალიზები |
| 30 სამუშაო დღე | 6 - 12 | გენების ოჯახის კლასტერიზაცია გენის ოჯახის გაფართოება და შეკუმშვა ფილოგენეტიკური ხის აგება დივერგენციის დროის შეფასება (საჭიროა ნამარხი კალიბრაცია) LTR ჩასმის დრო (მცენარეებისთვის) მთელი გენომის დუბლირება (მცენარეებისთვის) შერჩევითი წნევა სინტენის ანალიზი |
ბიოინფორმატიკული ანალიზები
● გენების ოჯახი
● ფილოგენეტიკა
● დივერგენციის დრო
● შერჩევითი წნევა
● სინტენის ანალიზი
ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება
ნიმუშის მოთხოვნები:
ქსოვილი ან დნმ გენომის სეკვენირებისა და აწყობისთვის
ქსოვილისთვის
| სახეობები | ქსოვილი | გამოკითხვა | PacBio CCS |
| ცხოველი | ვისცერული ქსოვილი | 0.5 ~ 1 გ | ≥ 3.5 გ |
| კუნთოვანი ქსოვილი | |||
| ≥ 5.0 გ | |||
| ≥ 5.0 მლ | |||
| ძუძუმწოვრების სისხლი | |||
| ≥ 0.5 მლ | |||
| ფრინველის/თევზის სისხლი | |||
| მცენარე | ახალი ფოთოლი | 1 ~ 2 გ | ≥ 5.0 გ |
| ფურცელი/ღერო | 1 ~ 2 გ | ≥ 10.0 გ | |
| ფესვი/თესლი | 1 ~ 2 გ | ≥ 20.0 გ | |
| უჯრედები | კულტივირებული უჯრედი | - | ≥ 1 x 108 |
მონაცემები
ახლომდებარე სახეობების გენომის თანმიმდევრობის ფაილები (.fasta) და ანოტაციის ფაილები (.gff3)
მომსახურების სამუშაო ნაკადი
ექსპერიმენტის დიზაინი
ნიმუშის მიწოდება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
სეკვენირება
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
*აქ წარმოდგენილი დემო შედეგები აღებულია Biomarker Technologies-ის მიერ გამოქვეყნებული გენომებიდან.
1. LTR ჩასმის დროის შეფასება: ნახაზზე ნაჩვენებია ვეინინგის ჭვავის გენომში LTR-RT ჩასმის დროის უნიკალური ბიმოდალური განაწილება, სხვა სახეობებთან შედარებით. უახლესი პიკი დაახლოებით 0.5 მილიონი წლის წინ გამოჩნდა.
ლი გუანგი და სხვ.,ბუნების გენეტიკა, 2021
2. ჩაიოტის (Sechium edule) ფილოგენია და გენის ოჯახის ანალიზი: ჩაიოტისა და გენის ოჯახის სხვა 13 მონათესავე სახეობის ანალიზით, ჩაიოტი ყველაზე მჭიდროდ დაკავშირებული აღმოჩნდა გველის გოგრასთან (Trichosanthes anguina). ჩაიოტი წარმოიქმნა გველის გოგრისგან დაახლოებით 27-45 მილიონი წლის წინ და მთელი გენომის დუბლირება (WGD) დაფიქსირდა ჩაიოტში 25±4 მილიონი წლის წინ, რაც WGD-ის მესამე შემთხვევაა cucuibitaceae-ში.
ფუ ა და სხვ.,მებაღეობის კვლევა, 2021
3. სინტენის ანალიზი: ჩაიოტში, გველის გოგრასა და გოგრაში აღმოაჩინეს ნაყოფის განვითარებაში ფიტოჰორმონებთან დაკავშირებული ზოგიერთი გენი. ჩაიოტსა და გოგრას შორის კორელაცია ოდნავ მაღალია, ვიდრე ჩაიოტსა და გველის გოგრას შორის.
ფუ ა და სხვ.,მებაღეობის კვლევა, 2021
4. გენის ოჯახის ანალიზი: G.thurberi-სა და G.davidsonii-ს გენომებში გენის ოჯახის გაფართოებისა და შეკუმშვის KEGG გამდიდრებამ აჩვენა, რომ სტეროიდული ბიოსინთეზისა და ბრასინოსტეროიდების ბიოსინთეზთან დაკავშირებული გენები გაფართოვდა.
იანგ ზ. და სხვ.,BMC ბიოლოგია, 2021
5. მთელი გენომის დუბლირების ანალიზი: 4DTV და Ks გავრცელების ანალიზმა აჩვენა მთელი გენომის დუბლირების მოვლენა. სახეობათაშორისი პიკები ავლენდა დუბლირების მოვლენებს. სახეობათაშორისი პიკები ავლენდა სახეობათწარმოქმნის მოვლენებს. ანალიზმა აჩვენა, რომ სხვა სამ მჭიდროდ მონათესავე სახეობასთან შედარებით, O. europaea-მ შედარებით ცოტა ხნის წინ განიცადა გენების მასშტაბური დუბლირება.
რაო გ. და სხვ.,მებაღეობის კვლევა, 2021
BMK-ის ქეისი
ვარდი ეკლიანი ღეროს გარეშე: გენომური მონაცემები, რომლებიც დაკავშირებულია ტენიანობასთან ადაპტაციასთან
გამოქვეყნებულია: ეროვნული სამეცნიერო მიმოხილვა, 2021
თანმიმდევრობის სტრატეგია:
ბასიესეკლებისგან თავისუფალი„(რ.)ვიჩურაინანი) გენომი:
დაახლოებით 93 X PacBio + დაახლოებით 90 X Nanopore + 267 X Illumina
ძირითადი შედეგები
1. მაღალი ხარისხის R.wichuraiana გენომი აგებული იქნა ხანგრძლივი წაკითხვის სეკვენირების ტექნიკის გამოყენებით, რამაც გამოიწვია 530.07 მბ-ის ასამბლეა (გენომის სავარაუდო ზომა იყო დაახლოებით 525.9 მბ ნაკადური ციტომეტრიით და 525.5 მბ გენომის გამოკვლევით; ჰეტეროზიგოტობა იყო დაახლოებით 1.03%). BUSCO-ს მიერ შეფასებული ქულა იყო 93.9%. „Old blush“-თან (haploOB) შედარებით, ამ გენომის ხარისხი და სისრულე დადასტურდა ერთბაზიანი სიზუსტით და LTR ასამბლეის ინდექსით (LAI=20.03). R.wichuraiana გენომი შეიცავს 32,674 ცილის კოდირების გენს.
2. მულტიომიკური ერთობლივი ანალიზით, რომელიც მოიცავდა შედარებით გენომიკას, ტრანსკრიპტომიკას და გენეტიკური პოპულაციის QTL ანალიზს, გამოვლინდა R. wichuraiana-სა და Rosa chinensis-ს შორის კრიტიკული სახეობათმიმართება. ასევე, QTL-ში მონათესავე გენების ექსპრესიის ვარიაცია, სავარაუდოდ, დაკავშირებული იყო ღეროს ეკლიანი ნიმუშების ფორმირებასთან.
Basye's Thornless-სა და Rosa chinensis-ს შორის შედარებითი გენომიკური ანალიზით, მათ შორის სინტენიის ანალიზით, გენების ოჯახის კლასტერით, გაფართოებისა და შეკუმშვის ანალიზით, გამოვლინდა ვარიაციების დიდი რაოდენობა, რაც ვარდებში მნიშვნელოვან მახასიათებლებს უკავშირდებოდა. NAC და FAR1/FRS გენების ოჯახის უნიკალური გაფართოება, სავარაუდოდ, შავი ლაქის მიმართ რეზისტენტობასთან იყო დაკავშირებული.
BT და haploOB გენომების შედარებითი გენომიკური ანალიზი.
ჟონგი, მ. და სხვ. „ვარდი ეკლიანი ღეროს გარეშე: გენომური დაკვირვებები ტენიანობასთან ადაპტაციასთან“ეროვნული სამეცნიერო მიმოხილვა, 2021;, nwab092.
