შედარებითი გენომიკა
სერვისის უპირატესობები
● ყოვლისმომცველი ანალიზების პაკეტი, რომელიც შეიცავს რვა ყველაზე ხშირად საჭირო ანალიზს
● ანალიზის მაღალი სანდოობა შედეგების დეტალური და ადვილად გასაგები ინტერპრეტაციით
● კარგად შემუშავებული მზა ფიგურები გამოსაქვეყნებლად
● მაღალკვალიფიციური ბიოინფორმატიკის გუნდი ასრულებს სხვადასხვა პერსონალიზებული ანალიზის მოთხოვნებს
● შემობრუნების მოკლე დრო ანალიზის უფრო მაღალი სიზუსტით
● უხვი გამოცდილება 90-ზე მეტ წარმატებულ შემთხვევებთან დაკავშირებით დაგროვებითი გამოქვეყნებული ზემოქმედების ფაქტორით 900-ზე მეტი
სერვისის სპეციფიკაციები
| შემობრუნების სავარაუდო დრო | სახეობების რაოდენობა | აანალიზებს |
| 30 სამუშაო დღე | 6-12 | გენის ოჯახის კლასტერირება გენის ოჯახის გაფართოება და შეკუმშვა ფილოგენეტიკური ხის აგება დივერგენციის დროის შეფასება (საჭიროა ნამარხი კალიბრაცია) LTR ჩასმის დრო (მცენარეებისთვის) მთლიანი გენომის დუბლირება (მცენარეებისთვის) შერჩევითი წნევა სინტენიის ანალიზი |
ბიოინფორმატიკის ანალიზები
● გენის ოჯახი
● ფილოგენეტიკა
● დივერგენციის დრო
● შერჩევითი წნევა
● სინტენიის ანალიზი
ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება
ნიმუშის მოთხოვნები:
ქსოვილი ან დნმ გენომის თანმიმდევრობისა და შეკრებისთვის
ქსოვილისთვის
| სახეობა | ქსოვილის | გამოკითხვა | PacBio CCS |
| ცხოველი | ვისცერული ქსოვილი | 0,5-1გრ | ≥ 3.5გრ |
| Კუნთების ქსოვილი | |||
| ≥ 5.0გრ | |||
| ≥ 5.0 მლ | |||
| ძუძუმწოვრების სისხლი | |||
| ≥ 0.5მლ | |||
| ფრინველის/თევზის სისხლი | |||
| მცენარე | ახალი ფოთოლი | 1-2 გ | ≥ 5.0გრ |
| ფურცელი/ღერო | 1-2 გ | ≥ 10.0გრ | |
| ფესვი/თესლი | 1-2 გ | ≥ 20.0გრ | |
| უჯრედები | კულტივირებული უჯრედი | - | ≥ 1 x 108 |
მონაცემები
გენომის თანმიმდევრობის ფაილები (.fasta) და ანოტაციის ფაილები (.gff3) მჭიდროდ დაკავშირებული სახეობების
სერვისის სამუშაო ნაკადი
ექსპერიმენტის დიზაინი
ნიმუშის მიწოდება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
Მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
*აქ ნაჩვენები დემო შედეგები არის Biomarker Technologies-ით გამოქვეყნებული გენომებიდან
1.LTR ჩასმის დროის შეფასება: ფიგურაში ნაჩვენებია უნიკალური ბიმოდალური განაწილება LTR-RT-ების ჩასმის დროში Weining ჭვავის გენომში, სხვა სახეობებთან შედარებით.უახლესი მწვერვალი დაახლოებით 0,5 მილიონი წლის წინ გამოჩნდა.
ლი გუანგი და სხვ.ბუნების გენეტიკა2021 წელი
2. ფილოგენური და გენის ოჯახის ანალიზი ქაიოტზე (Sechium edule): ჩაიოტის და გენთა ოჯახის სხვა 13 მონათესავე სახეობის ანალიზით აღმოჩნდა, რომ ჩაიოტე ყველაზე მჭიდროდ იყო დაკავშირებული გველის გოგრასთან (Trichosanthes anguina).გველის გოგრისგან მიღებული ჩაიოტი დაახლოებით 27-45 მიას პერიოდში და მთელი გენომის დუბლირება (WGD) დაფიქსირდა ჩაიოტში 25±4 მიას, რაც არის მესამე WGD მოვლენა cucuibitaceae-ში.
ფუ ა და სხვ.მებაღეობის კვლევა2021 წელი
3. სინტენის ანალიზი: ზოგიერთი გენი, რომლებიც დაკავშირებულია ფიტოჰორმონებთან ხილის განვითარებაში, აღმოაჩინეს ჩაიოტაში, გველის გოგრაში და გოგრაში.კორელაცია ჩაიოტსა და გოგრას შორის ოდნავ უფრო მაღალია, ვიდრე ჩაიოტასა და გველის გოგრას შორის.
ფუ ა და სხვ.მებაღეობის კვლევა2021 წელი
4. გენების ოჯახის ანალიზი: KEGG გამდიდრებამ გენების ოჯახის გაფართოებასა და შეკუმშვაზე G.thurberi და G.davidsonii გენომებში აჩვენა, რომ გაფართოვდა სტეროიდების ბიოსინთეზი და ბრასინოსტეროიდების ბიოსინთეზთან დაკავშირებული გენები.
იანგ ზი და სხვ.BMC ბიოლოგია2021 წელი
5. მთელი გენომის დუბლირების ანალიზი: 4DTV და Ks განაწილების ანალიზმა აჩვენა მთელი გენომის დუბლირების მოვლენა.შიდასახეობების მწვერვალები ნაჩვენებია დუბლირების მოვლენები.სახეობათაშორისი მწვერვალები აჩვენებენ სახეობების მოვლენებს.ანალიზმა აჩვენა, რომ სხვა სამ მჭიდროდ მონათესავე სახეობასთან შედარებით, O. europaea ახლახან განიცადა გენების ფართომასშტაბიანი დუბლირება.
რაო ჯი და სხვ.მებაღეობის კვლევა2021 წელი
BMK საქმე
ვარდი ბუჩქის გარეშე: გენომიური შეხედულებები, რომლებიც დაკავშირებულია ტენიანობის ადაპტაციასთან
გამოქვეყნებულია: ეროვნული სამეცნიერო მიმოხილვა2021 წელი
თანმიმდევრობის სტრატეგია:
ბეისიეკლიანი“ (რ.ვიჩურაინანი) გენომი:
დაახლ.93 X PacBio + დაახლ.90 X Nanopore + 267 X Illumina
ძირითადი შედეგები
1.მაღალი ხარისხის R.wichraiana გენომი აშენდა დიდი ხნის წაკითხული თანმიმდევრობის ტექნიკის გამოყენებით, რომელიც იძლევა 530.07 Mb შეკრებას (გენომის სავარაუდო ზომა იყო დაახლოებით 525.9 Mb ნაკადის ციტომეტრიით და 525.5 გენომის კვლევის მიხედვით. ჰეტეროზიგოტურობა იყო დაახლოებით 1.03%).BUSCO-ს სავარაუდო ქულა იყო 93.9%.„ძველ რუჟასთან“ (haploOB) შედარებით, ამ გენომის ხარისხი და სისრულე დადასტურდა საბაზისო ერთბაზის სიზუსტით და LTR შეკრების ინდექსით (LAI=20.03).R.wichuraiana გენომი შეიცავს 32674 ცილის კოდირების გენს.
2. Multi-omics ერთობლივი ანალიზი, რომელიც შედგება გენეტიკური პოპულაციის შედარებითი გენომიკის, ტრანსკრიპტომიკის, QTL ანალიზისგან, გამოავლინა გადამწყვეტი სახეობა R. wichuraiana-სა და Rosa chinensis-ს შორის.ასევე, დაკავშირებული გენების გამოხატვის ცვალებადობა QTL-ში, სავარაუდოდ, ასოცირებული იყო ღეროს წვეტიან ფორმირებასთან.
შედარებითი გენომიკური ანალიზი Basye;s Thornless-სა და Rosa chinensis-ს შორის სინტენის ანალიზის, გენების ოჯახის კლასტერების, გაფართოებისა და შეკუმშვის ანალიზს შორის გამოავლინა ვარიაციების დიდი რაოდენობა, რომლებიც დაკავშირებულია ვარდების გადამწყვეტ მახასიათებლებთან.NAC და FAR1/FRS გენების ოჯახის უნიკალური გაფართოება დიდი ალბათობით ასოცირდებოდა შავი ლაქების წინააღმდეგობასთან.
შედარებითი გენომიკის ანალიზი BT და haploOB გენომებს შორის.
Zhong, M., et al."ვარდი წვერის გარეშე: გენომიური შეხედულებები დაკავშირებულია ტენიანობის ადაპტაციასთან"ეროვნული სამეცნიერო მიმოხილვა, 2021;, nwab092.
