სრული სიგრძის mRNA სეკვენირება - PacBio
მახასიათებლები
● პოლი-A mRNA-დან cDNA სინთეზი, რასაც მოჰყვება ბიბლიოთეკის მომზადება
● CCS რეჟიმში სეკვენირება, HiFi წაკითხვის გენერირება
● სრული სიგრძის ტრანსკრიპტების თანმიმდევრობა
● ანალიზი არ საჭიროებს საცნობარო გენომს; თუმცა, მისი გამოყენება შესაძლებელია
● ბიოინფორმატიული ანალიზი საშუალებას იძლევა გაანალიზდეს ტრანსკრიპტების იზოფორმის lncRNA, გენების შერწყმა, პოლიადენილაცია და გენის სტრუქტურა
მომსახურების უპირატესობები
●მაღალი სიზუსტეHiFi-ს წაკითხვა >99.9%-იანი სიზუსტით (Q30), NGS-თან შედარებით
● ალტერნატიული შეერთების ანალიზი: მთელი ტრანსკრიპტების სეკვენირება იზოფორმების იდენტიფიცირებისა და დახასიათების საშუალებას იძლევა
●ფართო ექსპერტიზაPacBio-ს 1100-ზე მეტი სრულმეტრაჟიანი ტრანსკრიპტომული პროექტის დასრულებისა და 2300-ზე მეტი ნიმუშის დამუშავების გამოცდილებით, ჩვენი გუნდი ყველა პროექტში დიდ გამოცდილებას იყენებს.
●გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერაჩვენი ვალდებულება პროექტის დასრულების შემდეგაც ვრცელდება და 3-თვიან გაყიდვის შემდგომ მომსახურებას გთავაზობთ. ამ პერიოდის განმავლობაში, ჩვენ გთავაზობთ პროექტის შემდგომ შემოწმებას, პრობლემების მოგვარებაში დახმარებას და კითხვა-პასუხის სესიებს შედეგებთან დაკავშირებული ნებისმიერი შეკითხვის გასაცემად.
ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება
| ბიბლიოთეკა | სეკვენირების სტრატეგია | რეკომენდებული მონაცემები | ხარისხის კონტროლი |
| PolyA-თი გამდიდრებული mRNA CCS ბიბლიოთეკა | PacBio-ს გაგრძელება II PacBio Revio | 20/40 გბ 5/10 M CCS | Q30≥85% |
ნიმუშის მოთხოვნები:
ნუკლეოტიდები:
● მცენარეები:
ფესვი, ღერო ან ფურცელი: 450 მგ
ფოთოლი ან თესლი: 300 მგ
ხილი: 1.2 გ
● ცხოველი:
გული ან ნაწლავები: 300 მგ
შინაგანი ორგანოები ან ტვინი: 240 მგ
კუნთები: 450 მგ
ძვლები, თმა ან კანი: 1 გ
● ფეხსახსრიანები:
მწერები: 6 გ
კიბოსნაირნი: 300 მგ
● მთლიანი სისხლი: 1 მილი
● უჯრედები: 106 უჯრედები
| კონცენტრაცია (ნგ/მკლ) | რაოდენობა (მკგ) | სიწმინდე | მთლიანობა |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 გელზე ცილის ან დნმ-ის დაბინძურება შეზღუდულია ან საერთოდ არ ჩანს. | მცენარეებისთვის: RIN≥7.5; ცხოველებისთვის: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; შეზღუდული ან საერთოდ არ არის საბაზისო დონის ამაღლება |
რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება
კონტეინერი: 2 მლ ცენტრიფუგის მილი (თუნის ფოლგა არ არის რეკომენდებული)
ნიმუშის მარკირება: დაჯგუფება+გამეორება მაგ. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
გადაზიდვა:
1. მშრალი ყინული: ნიმუშები უნდა შეიფუთოს პარკებში და ჩამარხოს მშრალ ყინულში.
2. რნმ-სტაბილური მილები: რნმ-ის ნიმუშების გაშრობა შესაძლებელია რნმ-ის სტაბილიზაციის მილში (მაგ. RNAstable®) და ოთახის ტემპერატურაზე გადაზიდვა.
მომსახურების სამუშაო ნაკადი
ექსპერიმენტის დიზაინი
ნიმუშის მიწოდება
რნმ-ის ექსტრაქცია
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
სეკვენირება
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
● ნედლი მონაცემების ხარისხის კონტროლი
● ალტერნატიული პოლიადენილაციის ანალიზი (APA)
● შერწყმული ტრანსკრიპტის ანალიზი
● ალტერნატიული შეერთების ანალიზი
● უნივერსალური ერთასლიანი ორთოლოგების (BUSCO) ანალიზი
● ახალი ტრანსკრიპტის ანალიზი: კოდირების თანმიმდევრობების პროგნოზირება (CDS) და ფუნქციური ანოტაცია
● lncRNA ანალიზი: lncRNA-ს და სამიზნეების პროგნოზირება
● მიკროსატელიტური იდენტიფიკაცია (SSR)
BUSCO-ს ანალიზი
ალტერნატიული სპლაისინგის ანალიზი
ალტერნატიული პოლიადენილაციის ანალიზი (APA)
ახალი ტრანსკრიპტების ფუნქციური ანოტაცია
ამ რჩეულ პუბლიკაციაში გაეცანით BMKGene-ის Nanopore სრულმეტრაჟიანი mRNA სეკვენირების სერვისების მიერ ხელშეწყობილ მიღწევებს.
მა, ი. და სხვ. (2023) „PacBio-სა და ONT RNA-ს სეკვენირების მეთოდების შედარებითი ანალიზი ნემოპილემა ნომურაის შხამის იდენტიფიცირებისთვის“, გენომიკა, 115(6), გვ. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
ჩაო, ქ. და სხვ. (2019) „Populus-ის ღეროს ტრანსკრიპტომის განვითარების დინამიკა“, მცენარეთა ბიოტექნოლოგიის ჟურნალი, 17(1), გვ. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
დენგი, ჰ. და სხვ. (2022) „ასკორბინის მჟავას შემცველობის დინამიური ცვლილებები Actinidia latifolia-ს (ასკორბატით მდიდარი ხილის კულტურა) ნაყოფის განვითარებისა და დამწიფების დროს და მასთან დაკავშირებული მოლეკულური მექანიზმები“, მოლეკულური მეცნიერებების საერთაშორისო ჟურნალი, 23(10), გვ. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
ჰუა, X. და სხვ. (2022) „პარიზის პოლიფილის ბიოაქტიურ პოლიფილინებში ჩართული ბიოსინთეზური გზის გენების ეფექტური პროგნოზირება“, Communications Biology 2022 5:1, 5(1), გვ. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
ლიუ, მ. და სხვ. (2023) „Tuta absoluta (Meyrick) ტრანსკრიპტომისა და ციტოქრომ P450 გენების PacBio Iso-Seq და Illumina RNA-Seq კომბინირებული ანალიზი“, Insects, 14(4), გვ. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
ვანგი, ლიჯუნი და სხვ. (2019) „ტრანსკრიპტომის სირთულის კვლევა PacBio-ს ერთმოლეკულური რეალურ დროში ანალიზის გამოყენებით Illumina-ს რნმ-ის სეკვენირებასთან ერთად Ricinus communis-ში რიცინოლეინის მჟავას ბიოსინთეზის უკეთ გასაგებად“, BMC Genomics, 20(1), გვ. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
