-
ქრომატინის იმუნოპრეციპიტაციის თანმიმდევრობა (ChIP-seq)
ChIP-Seq უზრუნველყოფს დნმ-ის სამიზნეების გენომის მასშტაბურ პროფილს ჰისტონის მოდიფიკაციისთვის, ტრანსკრიფციის ფაქტორებისთვის და დნმ-თან დაკავშირებული სხვა პროტეინებისთვის.იგი აერთიანებს ქრომატინის იმუნო-ნალექის (ChIP) სელექციურობას ცილოვან-დნმ-ის სპეციფიკური კომპლექსების აღსადგენად, შემდეგი თაობის თანმიმდევრობის (NGS) ძალა აღდგენილი დნმ-ის მაღალი გამტარუნარიანობის თანმიმდევრობისთვის.გარდა ამისა, იმის გამო, რომ ცილა-დნმ კომპლექსები აღდგება ცოცხალი უჯრედებიდან, შემაკავშირებელი ადგილები შეიძლება შევადაროთ სხვადასხვა ტიპის უჯრედებსა და ქსოვილებში, ან სხვადასხვა პირობებში.აპლიკაციები მერყეობს ტრანსკრიპციული რეგულირებიდან განვითარების გზებიდან დაავადების მექანიზმებამდე და მის ფარგლებს გარეთ.
პლატფორმა: Illumina NovaSeq 6000
-
მთელი გენომის ბისულფიტის თანმიმდევრობა
ციტოზინში (5-mC) მეხუთე პოზიციაზე დნმ-ის მეთილაცია ფუნდამენტურ გავლენას ახდენს გენის ექსპრესიასა და უჯრედულ აქტივობაზე.არანორმალური მეთილაციის ნიმუშები დაკავშირებულია რამდენიმე მდგომარეობასთან და დაავადებასთან, როგორიცაა კიბო.WGBS გახდა ოქროს სტანდარტი გენომის ფართო მეთილაციის შესასწავლად ერთი ბაზის გარჩევადობით.
პლატფორმა: Illumina NovaSeq6000
-
ანალიზი ტრანსპოზაზაზე ხელმისაწვდომ ქრომატინზე მაღალი გამტარუნარიანობის თანმიმდევრობით (ATAC-seq)
ATAC-seq არის მაღალი გამტარუნარიანობის სეკვევენირების მეთოდი გენომის მასშტაბით ქრომატინის ხელმისაწვდომობის ანალიზისთვის, რაც მნიშვნელოვანია გენის ექსპრესიის გლობალური ეპიგენეტიკური კონტროლისთვის.თანმიმდევრობის გადამყვანები ჩასმულია ღია ქრომატინის რეგიონებში ჰიპერაქტიური Tn5 ტრანსპოზაზას საშუალებით.PCR გაძლიერების შემდეგ აგებულია თანმიმდევრობის ბიბლიოთეკა.ყველა ღია ქრომატინის რეგიონი შეიძლება მიღებულ იქნეს კონკრეტული სივრცე-დროის პირობებში, არა მხოლოდ შემოიფარგლება ტრანსკრიფციის ფაქტორის შებოჭვის ადგილებით, ან გარკვეული ჰისტონებით შეცვლილი რეგიონით.
-
შემცირებული წარმომადგენლობის ბისულფიტის თანმიმდევრობა (RRBS)
დნმ-ის მეთილაციის კვლევა ყოველთვის იყო მწვავე თემა დაავადების კვლევაში და მჭიდრო კავშირშია გენის ექსპრესიასთან და ფენოტიპურ მახასიათებლებთან.RRBS არის ზუსტი, ეფექტური და ეკონომიური მეთოდი დნმ-ის მეთილაციის კვლევისთვის.პრომოტორის და CpG კუნძულის რეგიონების გამდიდრება ფერმენტული გაყოფით (Msp I), ბისულფიტის თანმიმდევრობით, უზრუნველყოფს მაღალი გარჩევადობის დნმ-ის მეთილაციის გამოვლენას.
პლატფორმა: Illumina NovaSeq 6000
