ეუკარიოტული mRNA სეკვენირება-NGS
მახასიათებლები
● მიმართულების მქონე mRNA ბიბლიოთეკის მომზადება ჯაჭვის სპეციფიკური სეკვენირების მონაცემების მისაღებად
● სხვადასხვა BI ანალიზი მოიცავს ჩვენი კლიენტების ყველა საჭიროებას
უპირატესობები
●ფართო ექსპერტიზაჩვენ დავამუშავეთ 600 000-ზე მეტი ნიმუში, რომლებიც მოიცავდა სხვადასხვა ტიპის ნიმუშებს, როგორიცაა უჯრედული კულტურები, ქსოვილები და სხეულის სითხეები. ჩვენ ყველა პროექტში ვიყენებთ ჩვენს ექსპერტიზას.
●მკაცრი ხარისხის კონტროლიჩვენ ვახორციელებთ ძირითად საკონტროლო პუნქტებს ყველა ეტაპზე, ნიმუშის მომზადებიდან ბიბლიოთეკის მომზადებამდე, სეკვენირებამდე და ბიოინფორმატიკამდე. ჩვენი საგულდაგულო მონიტორინგი უზრუნველყოფს მუდმივად მაღალი ხარისხის შედეგების მიწოდებას.
●ყოვლისმომცველი ანოტაციაჩვენ ვიყენებთ მრავალ მონაცემთა ბაზას დიფერენცირებულად გამოხატული გენების (DEG) ფუნქციურად ანოტირებისთვის და შესაბამისი გამდიდრების ანალიზების ჩასატარებლად. ეს ყოვლისმომცველი მიდგომა იძლევა ინფორმაციას ტრანსკრიპტომური პასუხის საფუძვლად მყოფი უჯრედული და მოლეკულური პროცესების შესახებ, რაც უზრუნველყოფს თქვენი ექსპერიმენტის მონაცემების შესახებ ყველა შესაძლო ინფორმაციის მიღებას.
●გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერაჩვენ გვესმის, რამდენად მნიშვნელოვანია ადგილზე ყოფნა, სწორედ ამიტომ ჩვენი ვალდებულება პროექტის დასრულების შემდეგაც ვრცელდება და 3-თვიან გაყიდვის შემდგომ მომსახურებას გთავაზობთ. ამ პერიოდის განმავლობაში, ჩვენ გთავაზობთ პროექტის შემდგომ შემოწმებას, პრობლემების მოგვარებაში დახმარებას და კითხვა-პასუხის სესიებს შედეგებთან დაკავშირებული ნებისმიერი შეკითხვის გასაცემად.
ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება
| ბიბლიოთეკა | სეკვენირების სტრატეგია | რეკომენდებული მონაცემები | ხარისხის კონტროლი |
| პოლი A-თი გამდიდრებული | ილუმინა PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 გბ | Q30≥85% |
ნიმუშის მოთხოვნები:
ნუკლეოტიდები:
მინიმალური ნიმუშის მოთხოვნები:
| კონცენტრაცია (ნგ/მკლ) | რაოდენობა (მკგ) | სიწმინდე | მთლიანობა | |
| სტანდარტული ბიბლიოთეკა | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 გელზე ცილის ან დნმ-ის დაბინძურება შეზღუდულია ან საერთოდ არ ჩანს. | მცენარეებისთვის: RIN≥4.0; ცხოველებისთვის: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; შეზღუდული ან საერთოდ არ არის საბაზისო დონის ამაღლება |
| მიმართულების ბიბლიოთეკა | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 გელზე ცილის ან დნმ-ის დაბინძურება შეზღუდულია ან საერთოდ არ ჩანს. | მცენარეებისთვის: RIN≥4.0; ცხოველებისთვის: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; შეზღუდული ან საერთოდ არ არის საბაზისო დონის ამაღლება |
| მცენარეები | ცხოველი | ართროპოდები | მთლიანი სისხლი | უჯრედები |
| ფესვი, ღერო ან ფურცელი: 450 მგ ფოთოლი ან თესლი: 300 მგ ხილი: 1.2 გ | გული ან ნაწლავები: 300 მგ შინაგანი ორგანოები ან ტვინი: 240 მგ კუნთები: 450 მგ ძვლები, თმა ან კანი: 1 გ | მწერები: 6 გ კიბოსნაირნი: 300 მგ | 1 მილი | 106 უჯრედი |
რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება
კონტეინერი: 2 მლ ცენტრიფუგის მილი (თუნის ფოლგა არ არის რეკომენდებული)
ნიმუშის მარკირება: დაჯგუფება+გამეორება მაგ. A1, A2, A3; B1, B2, B3... ...
გადაზიდვა:
1. მშრალი ყინული: ნიმუშები უნდა შეიფუთოს პარკებში და ჩამარხოს მშრალ ყინულში.
2. რნმ-ის ცხრილის მილები: რნმ-ის ნიმუშების გაშრობა შესაძლებელია რნმ-ის სტაბილიზაციის მილში (მაგ. RNAstable®) და ოთახის ტემპერატურაზე გადაზიდვა.
ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება
ექსპერიმენტის დიზაინი
ნიმუშის მიწოდება
რნმ-ის ექსტრაქცია
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
სეკვენირება
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
ბიოინფორმატიკა
ხელმისაწვდომი საცნობარო გენომის მქონე ნიმუშებისთვის, BI ანალიზი შემდეგია:
Øნედლი მონაცემების ხარისხის კონტროლი
Øსაცნობარო გენომის გასწორება
Øტრანსკრიპტის სტრუქტურის ანალიზი
Øგამოხატვის რაოდენობრივი განსაზღვრა
Øდიფერენციალური გამოხატვის ანალიზი
Øფუნქციის ანოტაცია და გამდიდრება
საცნობარო გენომის გარეშე ნიმუშებისთვის, ხელმისაწვდომია შემდეგი ვარიანტი:
• ნედლი მონაცემების ხარისხის კონტროლი
•სტრუქტურის ოპტიმიზაციის გამოყენებით აწყობა
•დიფერენციალური გამოხატვის ანალიზი
•ფუნქციის ანოტაცია და გამდიდრება
საცნობარო გენომის გასწორება
მონაცემთა გაჯერება
ნიმუშების კორელაცია და ბიოლოგიური რეპლიკების შეფასება
დიფერენცირებულად გამოხატული გენები (DEG)
DEG-ების ფუნქციური ანოტაცია
DEG-ების ფუნქციური გამდიდრება
გაეცანით BMKGene-ის ეუკარიოტული NGS mRNA სეკვენირების სერვისების მიერ ხელშეწყობილ მიღწევებს პუბლიკაციების შერჩეული კოლექციის მეშვეობით.
ჰუანგი, ლ. და სხვ. (2023) „ტრიკლოზანი და ტრიკლოკარბანი ასუსტებენ ოქროს თევზის ყნოსვით უნარს სუნის ამოცნობის შეზღუდვით, ყნოსვითი სიგნალის გადაცემის დარღვევით და ყნოსვითი ინფორმაციის დამუშავების დარღვევით“.წყლის კვლევა, 233, გვ. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
ჯია, ლ.ჯ. და სხვ. (2023) „Aspergillus fumigatus იტაცებს ადამიანის p11-ს, რათა სოკოს შემცველი ფაგოსომები არადეგრადირებად გზაზე გადაამისამართოს“.უჯრედი მასპინძელი და მიკრობი, 31(3), გვ.373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
ჯინი, კ. და სხვ. (2022) „TCP ტრანსკრიფციის ფაქტორები, რომლებიც მონაწილეობენ Ma ბამბუკის (Dendrocalamus latiflorus Munro) ყლორტების განვითარებაში“,მცენარეთა მეცნიერების საზღვრები, 13, გვ. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
ვენი, X. და სხვ. (2022) „Chrysanthemum lavandulifolium-ის გენომი და მოლეკულური მექანიზმი, რომელიც საფუძვლად უდევს სხვადასხვა ტიპის კაპიტულუმს“,მებაღეობის კვლევა, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
ჟანგი, იუჯიე და სხვ. (2023) „კასკადური ნანორეაქტორი კოლორექტალური კიბოს დროს სონოდინამიკური თერაპიის გასაძლიერებლად სინერგიული ROS-ის გაზრდისა და აუტოფაგიის ბლოკირების გზით“.ნანო დღეს, 49, გვ. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
