ევოლუციური გენეტიკა
მომსახურების უპირატესობები
ტაკაგი და სხვ.,მცენარეთა ჟურნალი, 2013
●ყოვლისმომცველი ბიოინფორმატიული ანალიზი:გენეტიკური მრავალფეროვნების შეფასების შესაძლებლობა, რაც ასახავს სახეობების ევოლუციურ პოტენციალს და სახეობებს შორის საიმედო ფილოგენეტიკური კავშირის გამოვლენას კონვერგენტული და პარალელური ევოლუციის მინიმიზებული გავლენით.
●სურვილისამებრ მორგებული ანალიზი: როგორიცაა დივერგენციის დროისა და სიჩქარის შეფასება ნუკლეოტიდებისა და ამინომჟავების დონეზე არსებული ვარიაციების საფუძველზე.
●ვრცელი ექსპერტიზისა და პუბლიკაციების ჩანაწერებიBMKGene-მ 15 წელზე მეტი ხნის განმავლობაში დააგროვა უზარმაზარი გამოცდილება პოპულაციური და ევოლუციური გენეტიკის პროექტებში, რომელიც მოიცავს ათასობით სახეობას და ა.შ. და წვლილი შეიტანა 1000-ზე მეტ მაღალი დონის პროექტში, რომლებიც გამოქვეყნდა Nature Communications-ში, Molecular Plants-ში, Plant Biotechnology Journal-ში და ა.შ.
● მაღალკვალიფიციური ბიოინფორმატიკის გუნდი და მოკლე ანალიზის ციკლიმოწინავე გენომიკის ანალიზში დიდი გამოცდილებით, BMKGene-ის გუნდი ყოვლისმომცველ ანალიზებს მოკლე დროში ახორციელებს.
● გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერა:ჩვენი ვალდებულება პროექტის დასრულების შემდეგაც ვრცელდება და 3-თვიან გაყიდვის შემდგომ მომსახურებას გთავაზობთ. ამ პერიოდის განმავლობაში, ჩვენ გთავაზობთ პროექტის შემდგომ შემოწმებას, პრობლემების მოგვარებაში დახმარებას და კითხვა-პასუხის სესიებს შედეგებთან დაკავშირებული ნებისმიერი შეკითხვის გასაცემად.
მომსახურების სპეციფიკაციები და მოთხოვნები
| თანმიმდევრობის ტიპი | რეკომენდებული პოპულაციის მასშტაბი | სეკვენირების სტრატეგია | ნუკლეოტიდის მოთხოვნები |
| მთელი გენომის სეკვენირება | ≥ 30 ინდივიდი, თითოეული ქვეჯგუფიდან ≥ 10 ინდივიდი
| 10x | კონცენტრაცია: ≥ 1 ნგ/µლ საერთო რაოდენობა ≥ 30 ნგ შეზღუდული ან საერთოდ არ არის დეგრადაცია ან დაბინძურება |
| სპეციფიკური ლოკუსის გაძლიერებული ფრაგმენტი (SLAF) | ტეგის სიღრმე: 10x თეგების რაოდენობა: <400 მბ: რეკომენდებულია WGS <1 გბ: 100 ათასი თეგი 1 გბ >2 გბ: 300 ათასი თეგი მაქს. 500 ათასი თეგი | კონცენტრაცია ≥ 5 ნგ/მკლ საერთო რაოდენობა ≥ 80 ნგ ნანოწვეთი OD260/280=1.6-2.5 აგაროზის გელი: დეგრადაცია ან დაბინძურება არ არის ან შეზღუდულია
|
მომსახურების სამუშაო ნაკადი
ექსპერიმენტის დიზაინი
ნიმუშის მიწოდება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
სეკვენირება
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
სერვისი მოიცავს პოპულაციის სტრუქტურის ანალიზს (ფილოგენეტიკური ხე, PCA, პოპულაციის სტრატიფიკაციის დიაგრამა), პოპულაციის მრავალფეროვნებას და პოპულაციის შერჩევას (კავშირების დისბალანსი, ხელსაყრელი ადგილების შერჩევითი შერჩევა). სერვისი ასევე შეიძლება მოიცავდეს მორგებულ ანალიზს (მაგ. დივერგენციის დრო, გენების ნაკადი).
*აქ წარმოდგენილი დემო შედეგები აღებულია BMKGENE-ით გამოქვეყნებული გენომებიდან.
1. ევოლუციური ანალიზი მოიცავს ფილოგენეტიკური ხის, პოპულაციის სტრუქტურისა და გენეტიკური ვარიაციების საფუძველზე PCA-ს აგებას.
ფილოგენეტიკური ხე წარმოადგენს საერთო წინაპრის მქონე სახეობებს შორის ტაქსონომიურ და ევოლუციურ ურთიერთობებს.
PCA-ს მიზანია ქვეპოპულაციებს შორის სიახლოვის ვიზუალიზაცია.
პოპულაციის სტრუქტურა ალელური სიხშირეების თვალსაზრისით გენეტიკურად განსხვავებული ქვეპოპულაციის არსებობას აჩვენებს.
ჩენი და სხვ.PNAS, 2020
2. შერჩევითი სვია
შერჩევითი სქრინი გულისხმობს პროცესს, რომლის დროსაც შეირჩევა ხელსაყრელი ადგილი და იზრდება დაკავშირებული ნეიტრალური ადგილების სიხშირეები, ხოლო მცირდება დაუკავშირებელი ადგილების სიხშირე, რაც იწვევს რეგიონალურის შემცირებას.
სელექციური სრიალის რეგიონებში გენომის მასშტაბით აღმოჩენა დამუშავდება მოცურების ფანჯარაში (100 კბ) გარკვეული საფეხურით (10 კბ) ყველა SNP-ის პოპულაციის გენეტიკური ინდექსის (π, Fst, ტაჯიმას D) გამოთვლით.
ნუკლეოტიდური მრავალფეროვნება (π)
ტაჯიმას D
ფიქსაციის ინდექსი (Fst)
ვუ და სხვ.მოლეკულური ქარხანა, 2018
3. გენების ნაკადი
ვუ და სხვ.მოლეკულური ქარხანა, 2018
4. დემოგრაფიული ისტორია
ჟანგი და სხვ.ბუნების ეკოლოგია და ევოლუცია, 2021
5. დივერგენციის დრო
ჟანგი და სხვ.ბუნების ეკოლოგია და ევოლუცია, 2021
გაეცანით BMKGene-ის ევოლუციური გენეტიკის სერვისების მიერ ხელშეწყობულ მიღწევებს პუბლიკაციების შერჩეული კოლექციის მეშვეობით:
ჰასანიარი, ა.კ. და სხვ. (2023) „Apis cerana cerana-ს ლარვებში საკბროდის ვირუსის რეზისტენტობასთან დაკავშირებული SNP მოლეკულური მარკერების და კანდიდატი გენების აღმოჩენა მთელი გენომის რესექვენირების გზით“,მოლეკულური მეცნიერებების საერთაშორისო ჟურნალი, 24 (7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
ჩაი, ჯ. და სხვ. (2022) „ველური, გენეტიკურად სუფთა ჩინური გიგანტური სალამანდრის აღმოჩენა კონსერვაციის ახალ შესაძლებლობებს ქმნის“,ზოოლოგიური კვლევა, 2022, ტ. 43, გამოცემა 3, გვერდები: 469-480, 43(3), გვ. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
ჰანი, მ. და სხვ. (2022) „ცინხაი-ტიბეტის პლატოზე აბორიგენული Elymus sibiricus L.-ის ფილოგეოგრაფიული ნიმუში და პოპულაციის ევოლუციის ისტორია“,მცენარეთა მეცნიერების საზღვრები, 13, გვ. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
ვანგი, ჯ. და სხვ. (2022) „ლონგანის ევოლუციის გენომური ანალიზი ქრომოსომის დონის გენომის ასამბლეიდან და ლონგანის ადიუსების პოპულაციური გენომიკიდან“.მებაღეობის კვლევა, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
