პროდუქტები

ევოლუციური გენეტიკა

ევოლუციური გენეტიკა არის შეფუთული თანმიმდევრობის სერვისი, რომელიც შექმნილია მოცემული მასალების ევოლუციური ინფორმაციის ყოვლისმომცველი ინტერპრეტაციისთვის, გენეტიკური ვარიაციების საფუძველზე, მათ შორის SNP, InDels, SVs და CNV.ის უზრუნველყოფს ყველა ფუნდამენტურ ანალიზს, რომელიც საჭიროა პოპულაციების ევოლუციური ცვლილებებისა და გენეტიკური მახასიათებლების აღსაწერად, როგორიცაა პოპულაციის სტრუქტურა, გენეტიკური მრავალფეროვნება, ფილოგენური ურთიერთობები და ა.შ.

Დაგვიკავშირდით

სერვისის დეტალები

დემო შედეგები

საქმის შესწავლა

სერვისის უპირატესობები

ტაკაგი და სხვ.მცენარეთა ჟურნალი, 2013 წ

● სახეობების დივერგენციის დროისა და სიჩქარის შეფასება ნუკლეოტიდისა და ამინომჟავების დონის ცვალებადობაზე დაყრდნობით
● სახეობებს შორის უფრო სანდო ფილოგენეტიკური კავშირის გამოვლენა კონვერგენტული ევოლუციისა და პარალელური ევოლუციის მინიმალური გავლენით
● გენეტიკურ ცვლილებებსა და ფენოტიპებს შორის კავშირების დამყარება მახასიათებლებთან დაკავშირებული გენების გამოსავლენად
● გენეტიკური მრავალფეროვნების შეფასება, რომელიც ასახავს სახეობების ევოლუციურ პოტენციალს
● უფრო სწრაფი შემობრუნების დრო
● დიდი გამოცდილება: BMK-მა დააგროვა უზარმაზარი გამოცდილება პოპულაციასა და ევოლუციურ პროექტებში 12 წელზე მეტი ხნის განმავლობაში, რომელიც მოიცავს ასობით სახეობას და ა.შ.

სერვისის სპეციფიკაციები

მასალები:

ჩვეულებრივ, რეკომენდებულია მინიმუმ სამი ქვეპოპულაცია (მაგ. ქვესახეობა ან შტამი).თითოეული ქვეპოპულაცია უნდა შეიცავდეს არანაკლებ 10 ინდივიდს (მცენარეები ＞15, შეიძლება შემცირდეს იშვიათი სახეობებისთვის).

თანმიმდევრობის სტრატეგია:

* WGS შეიძლება გამოყენებულ იქნას მაღალი ხარისხის საცნობარო გენომის მქონე სახეობებისთვის, ხოლო SLAF-Seq გამოიყენება სახეობებზე, როგორც საცნობარო გენომით, ასევე მის გარეშე, ან დაბალი ხარისხის საცნობარო გენომით.

გამოიყენება გენომის ზომაზე	WGS	SLAF-ტეგები (×10000)
≤ 500 Mb	10×/ინდივიდუალური	WGS უფრო რეკომენდებულია
500 Mb - 1 Gb		10
1 გბ - 2 გბ		20
≥2 გბ		30

ბიოინფორმატიკის ანალიზები

● ევოლუციური ანალიზი

● შერჩევითი წმენდა

● გენის ნაკადი

● დემოგრაფიული ისტორია

● დივერგენციის დრო

ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება

ნიმუშის მოთხოვნები:

სახეობა	ქსოვილის	WGS-NGS	SLAF
ცხოველი	ვისცერული ქსოვილი	0,5-1 გ	0,5გრ
	Კუნთების ქსოვილი
	ძუძუმწოვრების სისხლი	1.5 მლ	1.5 მლ
	ფრინველის/თევზის სისხლი
მცენარე	ახალი ფოთოლი	1~2გრ	0,5-1 გ
	ფურცელი/ღერო
	ფესვი/თესლი
უჯრედები	კულტივირებული უჯრედი

გდნმ

კონცენტრაცია
(ng/ul)

თანხა

(ug)

OD260/OD280

SLAF

≥35

≥1.6

1.6-2.5

WGS-NGS

≥1

≥0.1

სერვისის სამუშაო ნაკადი

ექსპერიმენტის დიზაინი

ნიმუშის მიწოდება

ბიბლიოთეკის მშენებლობა

თანმიმდევრობა

Მონაცემთა ანალიზი

გაყიდვის შემდგომი მომსახურება

წინა: ნაყარი სეგრეგანტული ანალიზი

შემდეგი: მეტაბოლომიკა

*აქ ნაჩვენები დემო შედეგები ყველა არის BMKGENE-ით გამოქვეყნებული გენომებიდან

1. ევოლუციის ანალიზი შეიცავს ფილოგენეტიკური ხის, პოპულაციის სტრუქტურისა და PCA-ს აგებას გენეტიკურ ვარიაციებზე დაყრდნობით.

ფილოგენეტიკური ხე წარმოადგენს საერთო წინაპართან სახეობებს შორის ტაქსონომიურ და ევოლუციურ კავშირებს.
PCA მიზნად ისახავს ქვე-პოპულაციებს შორის სიახლოვის ვიზუალიზაციას.
პოპულაციის სტრუქტურა გვიჩვენებს გენეტიკურად განსხვავებული ქვეპოპულაციის არსებობას ალელური სიხშირეების მიხედვით.

3-1ფილოგენეტიკური-ხე 3-2PCA 3-3მოსახლე-სტრუქტურა

ჩენი და ა.ალ.,PNAS2020 წელი

2.შერჩევითი წმენდა

სელექციური წმენდა ეხება პროცესს, რომლის დროსაც ხდება ხელსაყრელი საიტის არჩევა და დაკავშირებული ნეიტრალური საიტების სიხშირეების გაზრდა და არამიბმული საიტების შემცირება, რაც იწვევს რეგიონალური რაოდენობის შემცირებას.

გენომის მასშტაბით გამოვლენა შერჩევითი გაწმენდის რეგიონებში მუშავდება პოპულაციის გენეტიკური ინდექსის (π，Fst, Tajima's D) ყველა SNP-ის გამოთვლით მოცურების ფანჯარაში (100 Kb) გარკვეულ საფეხურზე (10 Kb).

ნუკლეოტიდების მრავალფეროვნება (π)
4 ნუკლეოტიდური მრავალფეროვნება (π）

ტაჯიმას დ
5 ტაჯიმას-დ

ფიქსაციის ინდექსი (Fst)

6 ფიქსაციის ინდექსი (Fst)

ვუ, და.ალ.,მოლეკულური მცენარე, 2018 წელი

3. გენის ნაკადი

7 გენის ნაკადი

ვუ, და.ალ.,მოლეკულური მცენარე, 2018 წელი

4.დემოგრაფიული ისტორია

8 დემოგრაფიულ-ისტორია

ჟანგი და სხვ.ალ.,ბუნების ეკოლოგია და ევოლუცია2021 წელი

5.განსხვავების დრო

9 დივერგენციის დრო

ჟანგი და სხვ.ალ.,ბუნების ეკოლოგია და ევოლუცია2021 წელი

BMK საქმე

გენომიური ვარიაციის რუკა გვაწვდის ინფორმაციას გაზაფხულის ჩინური კომბოსტოს (Brassica rapa ssp. Pekinensis) შერჩევის გენეტიკურ საფუძვლებზე.

გამოქვეყნებულია: მოლეკულური მცენარე, 2018 წელი

თანმიმდევრობის სტრატეგია:

განმეორებითი: თანმიმდევრობის სიღრმე: 10×

ძირითადი შედეგები

ამ კვლევაში, 194 ჩინური კომბოსტო გადამუშავდა ხელახალი თანმიმდევრობისთვის 10× საშუალო სიღრმით, რამაც მიიღო 1,208,499 SNP და 416,070 InDels.ამ 194 ხაზის ფილოგენეტიკური ანალიზმა აჩვენა, რომ ეს ხაზები შეიძლება დაიყოს სამ ეკოტიპად, გაზაფხული, ზაფხული და შემოდგომა.გარდა ამისა, მოსახლეობის სტრუქტურამ და PCA ანალიზმა აჩვენა, რომ გაზაფხულის ჩინური კომბოსტო წარმოიშვა შემოდგომის კომბოსტოდან შანდონგში, ჩინეთი.შემდგომში ისინი შემოიტანეს კორეასა და იაპონიაში, გადაკვეთეს ადგილობრივ ხაზებს და მათი გვიანდელი ჯიშები კვლავ შემოიტანეს ჩინეთში და საბოლოოდ გახდა საგაზაფხულო ჩინური კომბოსტო.

გენომის მასშტაბური სკანირება გაზაფხულის ჩინურ კომბოსტოებზე და შემოდგომის კომბოსტოებზე შერჩევისას გამოავლინა 23 გენომიური ლოკუსი, რომლებმაც გაიარეს ძლიერი შერჩევა, რომელთაგან ორი გადახურული იყო დამაგრების დროის საკონტროლო რეგიონთან, რომელიც დაფუძნებულია QTL- რუკებზე.აღმოჩნდა, რომ ეს ორი რეგიონი შეიცავს ძირითად გენებს, რომლებიც არეგულირებენ ყვავილობას, BrVIN3.1 და BrFLC1.ეს ორი გენი შემდგომში დადასტურდა, რომ ჩართული იყო ბოლვის დროს ტრანსკრიპტომის შესწავლით და ტრანსგენური ექსპერიმენტებით.

PB-full-length-RNA-sequencing-case-study

პოპულაციის სტრუქტურის ანალიზი ჩინურ კომბოსტოზე

PB-სრული სიგრძის-რნმ-ალტერნატიული-სპლაისინგი

გენეტიკური ინფორმაცია ჩინური კომბოსტოს შერჩევის შესახებ

მითითება

ტონგბინგი და სხვ.„გენომიური ვარიაციების რუკა გთავაზობთ გაზაფხულის ჩინური კომბოსტოს (Brassica rapa ssp.pekinensis) შერჩევის გენეტიკურ საფუძველს“.მოლეკულური მცენარეები,11 (2018): 1360-1376 წ.