სრული სიგრძის mRNA სეკვენირება - ნანოპორი
მახასიათებლები
● პოლი-A mRNA-ს დაჭერა, რასაც მოჰყვება cDNA-ს სინთეზი და ბიბლიოთეკის მომზადება
● სრული სიგრძის ტრანსკრიპტების თანმიმდევრობა
● ბიოინფორმატიული ანალიზი, რომელიც დაფუძნებულია საცნობარო გენომთან შესაბამისობაზე
● ბიოინფორმატიული ანალიზი მოიცავს არა მხოლოდ გენისა და იზოფორმის დონეზე ექსპრესიას, არამედ lncRNA-ს, გენების შერწყმის, პოლიადენილაციისა და გენის სტრუქტურის ანალიზსაც.
მომსახურების უპირატესობები
●ექსპრესიის რაოდენობრივი განსაზღვრა იზოფორმის დონეზე: დეტალური და ზუსტი ექსპრესიის ანალიზის შესაძლებლობა, რაც გამოავლენს ცვლილებებს, რომლებიც შეიძლება შენიღბული იყოს მთელი გენის ექსპრესიის ანალიზის დროს.
●შემცირებული მონაცემთა მოთხოვნები:ახალი თაობის სეკვენირებასთან (NGS) შედარებით, ნანოფორების სეკვენირება ნაკლებ მონაცემებს მოითხოვს, რაც უფრო მცირე მონაცემებით გენის ექსპრესიის რაოდენობრივი გაჯერების ექვივალენტური დონის საშუალებას იძლევა.
●გამოხატვის რაოდენობრივი განსაზღვრის უფრო მაღალი სიზუსტეროგორც გენის, ასევე იზოფორმის დონეზე
●დამატებითი ტრანსკრიპტომიური ინფორმაციის იდენტიფიკაციაალტერნატიული პოლიადენილაცია, შერწყმის გენები და lcnRNA და მათი სამიზნე გენები
●ფართო ექსპერტიზაჩვენი გუნდი ყველა პროექტში დიდ გამოცდილებას იყენებს, მათ მიერ დასრულებული ნანოფორების 850-ზე მეტი სრულმეტრაჟიანი ტრანსკრიპტომული პროექტი და დამუშავებული 8000-ზე მეტი ნიმუშის ჩათვლით.
●გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერაჩვენი ვალდებულება პროექტის დასრულების შემდეგაც ვრცელდება 3-თვიანი გაყიდვის შემდგომი მომსახურების პერიოდით. ამ პერიოდის განმავლობაში ჩვენ გთავაზობთ პროექტის შემდგომ შემოწმებას, პრობლემების მოგვარებაში დახმარებას და კითხვა-პასუხის სესიებს შედეგებთან დაკავშირებული ნებისმიერი შეკითხვის გასაცემად.
ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება
| ბიბლიოთეკა | სეკვენირების სტრატეგია | რეკომენდებული მონაცემები | ხარისხის კონტროლი |
| პოლი A-თი გამდიდრებული | ნანოფორების პრომეთიონი 48 | 6/12 გბ | საშუალო ხარისხის ქულა: Q10 |
ნიმუშის მოთხოვნები:
ნუკლეოტიდები:
| კონცენტრაცია (ნგ/მკლ) | რაოდენობა (მკგ) | სიწმინდე | მთლიანობა |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 გელზე ცილის ან დნმ-ის დაბინძურება შეზღუდულია ან საერთოდ არ ჩანს. | მცენარეებისთვის: RIN≥7.0; ცხოველებისთვის: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; შეზღუდული ან საერთოდ არ არის საბაზისო დონის ამაღლება |
● მცენარეები:
ფესვი, ღერო ან ფურცელი: 450 მგ
ფოთოლი ან თესლი: 300 მგ
ხილი: 1.2 გ
● ცხოველი:
გული ან ნაწლავები: 300 მგ
შინაგანი ორგანოები ან ტვინი: 240 მგ
კუნთები: 450 მგ
ძვლები, თმა ან კანი: 1 გ
● ფეხსახსრიანები:
მწერები: 6 გ
კიბოსნაირნი: 300 მგ
● მთლიანი სისხლი: 1 მილი
● უჯრედები: 106 უჯრედები
რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება
კონტეინერი: 2 მლ ცენტრიფუგის მილი (თუნის ფოლგა არ არის რეკომენდებული)
ნიმუშის მარკირება: დაჯგუფება+გამეორება მაგ. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
გადაზიდვა:
1. მშრალი ყინული: ნიმუშები უნდა შეიფუთოს პარკებში და ჩამარხოს მშრალ ყინულში.
2. რნმ-სტაბილური მილები: რნმ-ის ნიმუშების გაშრობა შესაძლებელია რნმ-ის სტაბილიზაციის მილში (მაგ. RNAstable®) და ოთახის ტემპერატურაზე გადაზიდვა.
მომსახურების სამუშაო ნაკადი
ნუკლეოტიდები:
ნიმუშის მიწოდება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
სეკვენირება
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
მომსახურების სამუშაო ნაკადი
ქსოვილი:
ექსპერიმენტის დიზაინი
ნიმუშის მიწოდება
რნმ-ის ექსტრაქცია
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
სეკვენირება
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
● ნედლი მონაცემების დამუშავება
● ტრანსკრიპტის იდენტიფიკაცია
● ალტერნატიული შეერთება
● ექსპრესიის რაოდენობრივი განსაზღვრა გენისა და იზოფორმის დონეზე
● დიფერენციალური გამოხატვის ანალიზი
● ფუნქციის ანოტაცია და გამდიდრება (DEG და DET)
ალტერნატიული სპლაისინგის ანალიზი
ალტერნატიული პოლიადენილაციის ანალიზი (APA)
lncRNA-ს პროგნოზირება
ახალი გენების ანოტაცია
DET-ების კლასტერიზაცია
ცილა-ცილის ქსელები DEG-ებში
გაეცანით BMKGene-ის Nanopore სრულმეტრაჟიანი mRNA სეკვენირების სერვისების მიერ ხელშეწყობილ მიღწევებს პუბლიკაციების შერჩეული კოლექციის მეშვეობით.
გონგი, ბ. და სხვ. (2023) „სეკრეტორული კინაზა FAM20C-ის ეპიგენეტიკური და ტრანსკრიფციული აქტივაცია, როგორც ონკოგენი გლიომაში“, გენეტიკისა და გენომიკის ჟურნალი, 50(6), გვ. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
ჰე, ზ. და სხვ. (2023) „ინტერფერონ-γ-ზე ლიმფოციტების სრული სიგრძის ტრანსკრიპტომის სეკვენირება ავლენს Th1-დახვეწილ იმუნურ პასუხს კამაყაში (Paralichthys olivaceus)“, თევზისა და მოლუსკების იმუნოლოგია, 134, გვ. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
მა, ი. და სხვ. (2023) „PacBio-სა და ONT RNA-ს სეკვენირების მეთოდების შედარებითი ანალიზი ნემოპილემა ნომურაის შხამის იდენტიფიცირებისთვის“, გენომიკა, 115(6), გვ. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
იუ, დ. და სხვ. (2023) „ნანო-სექ ანალიზი ავლენს განსხვავებულ ფუნქციურ ტენდენციას ეგზოსომებსა და hUMSC-დან მიღებულ მიკროვეზიკულებს შორის“, ღეროვანი უჯრედების კვლევა და თერაპია, 14(1), გვ. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
