სოკოს გენომის დე ნოვო ასამბლეა
BMKGENE სოკოვანი გენომებისთვის მრავალმხრივ გადაწყვეტილებებს გვთავაზობს, რომლებიც აკმაყოფილებს მრავალფეროვან კვლევით საჭიროებებს და გენომის სასურველ სისრულეს. მხოლოდ მოკლე წაკითხვის Illumina სეკვენირების გამოყენება გენომის დრაფტის გენერირების საშუალებას იძლევა. Nanopore-ის ან Pacbio-ს გამოყენებით მოკლე და ხანგრძლივი წაკითხვის სეკვენირება გაერთიანებულია უფრო დახვეწილი სოკოვანი გენომის მისაღებად უფრო გრძელი კონტიგებით.
სერვისის მახასიათებლები
გენომის სისრულის სასურველი ხარისხის მიხედვით, არჩევანის გაკეთების ორი შესაძლო ვარიანტი არსებობს:
● გენომის დრაფტის ვარიანტი: მოკლე წაკითხვის სეკვენირება Illumina NovaSeq PE150-ით.
● სოკოვანი წვრილი გენომის ვარიანტი:
გენომის კვლევა: Illumina NovaSeq PE150.
გენომის ასამბლეა: PacBio Revio (HiFi წაკითხვის სისტემა) ან Nanopore PromethION 48.
მომსახურების უპირატესობები
●ხელმისაწვდომია სეკვენირების მრავალი სტრატეგიაგენომის სისრულის სხვადასხვა კვლევითი მიზნებისა და მოთხოვნებისთვის
●ბიოინფორმატიკის სრული სამუშაო პროცესი:ეს მოიცავს გენომის აწყობას და მრავალი გენომური ელემენტის პროგნოზირებას, ფუნქციურ გენების ანოტაციას და კონტიგ-მიმაგრებას.
●ფართო ექსპერტიზა12 000-ზე მეტი აწყობილი მიკრობული გენომით, ჩვენ გთავაზობთ ათწლეულზე მეტ გამოცდილებას, მაღალკვალიფიციურ ანალიტიკურ გუნდს, ყოვლისმომცველ კონტენტს და შესანიშნავ გაყიდვის შემდგომ მხარდაჭერას.
●გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერა:ჩვენი ვალდებულება პროექტის დასრულების შემდეგაც ვრცელდება და 3-თვიან გაყიდვის შემდგომ მომსახურებას გთავაზობთ. ამ პერიოდის განმავლობაში, ჩვენ გთავაზობთ პროექტის შემდგომ შემოწმებას, პრობლემების მოგვარებაში დახმარებას და კითხვა-პასუხის სესიებს შედეგებთან დაკავშირებული ნებისმიერი შეკითხვის გასაცემად.
სერვისის სპეციფიკაციები
| სერვისი | სეკვენირების სტრატეგია | ხარისხის კონტროლი |
| გენომის პროექტი | ილუმინა PE150 100x | Q30≥85% |
| დახვეწილი გენომი | გენომის კვლევა: Illumina PE150 50 x აწყობა: PacBio HiFi 30x ან Nanopore 100x | კონტიგ N50 ≥1Mb (Pacbio Unicellular) კონტიგ N50 ≥2Mb (ONT ერთუჯრედიანი) კონტიგ N50 ≥500 კბ (სხვა) |
მომსახურების მოთხოვნები
| კონცენტრაცია (ნგ/µლ) | საერთო რაოდენობა (მკგ) | მოცულობა (µლ) | OD260/280 | OD260/230 | |
| პაკბიო | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| ნანოფორი | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| ილუმინა | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
ერთუჯრედიანი სოკო: ≥3.5x1010 უჯრედები
მაკრო სოკო: ≥10 გ
მომსახურების სამუშაო ნაკადი
ნიმუშის მიწოდება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
სეკვენირება
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
გენომის კვლევა:
- მონაცემთა ხარისხის კონტროლი თანმიმდევრობით
- გენომის შეფასება: ზომა, ჰეტეროზიგოტობა, განმეორებადი ელემენტები
გენომის დახვეწილი ასამბლეა:
- მონაცემთა ხარისხის კონტროლი
- დე ნოვოასამბლეა
- გენომის კომპონენტების ანალიზი: CDS-ის და მრავალი გენომური ელემენტის პროგნოზირება
- ფუნქციური ანოტაცია მრავალი ზოგადი მონაცემთა ბაზით (GO, KEGG და ა.შ.) და გაფართოებული მონაცემთა ბაზებით (CARD, CAZy და ა.შ.)
გენომის კვლევა: k-mer-ის განაწილება
გენომის ასამბლეა: გენის ჰომოლოგიური ანოტაცია (NR მონაცემთა ბაზა)
გენომის ასამბლეა: ფუნქციური გენის ანოტაცია (GO)
გაეცანით BMKGene-ის სოკოვანი გენომის აწყობის სერვისების მიერ ხელშეწყობულ მიღწევებს პუბლიკაციების შერჩეული კოლექციის მეშვეობით.
ჰაო, ჯ. და სხვ. (2023) „სამკურნალო სოკოს (Inonotus obliquus) ინტეგრირებული ომიკური პროფილირება წყალქვეშა პირობებში“,BMC გენომიკა, 24(1), გვ. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
ლუ, ლ. და სხვ. (2023) „გენომის სეკვენირება ავლენს ხორბლის ბასრი ლაქის პათოგენის, Rhizoctonia cerealis-ის, ევოლუციას და პათოგენურ მექანიზმებს“.მოსავლის ჟურნალი, 11(2), გვ.405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
ჟანგი, ჰ. და სხვ. (2023) „კლარირედიის ოთხი სახეობის გენომური რესურსები, რომლებიც იწვევენ დოლარის ლაქებს მრავალფეროვან ბალახოვან მასალებზე“,მცენარეთა დაავადება, 107(3), გვ. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
ჟანგი, ს.ს. და სხვ. (2023) „საკვები სოკოს, Grifola frondosa-ს, ტეტრაპოლარული შეჯვარების სისტემის გენეტიკური და მოლეკულური მტკიცებულება“,სოკოების ჟურნალი, 9(10), გვ. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
