გენომის მასშტაბის ასოციაციის ანალიზი
სამუშაო პროცესი
მომსახურების უპირატესობები
●ვრცელი ექსპერტიზისა და პუბლიკაციების ჩანაწერებიGWAS-ში დაგროვილი გამოცდილებით, BMKGene-მ დაასრულა ასობით სახეობრივი პროექტი პოპულაციური GWAS კვლევის სფეროში, დაეხმარა მკვლევრებს 100-ზე მეტი სტატიის გამოქვეყნებაში და კუმულაციური გავლენის ფაქტორმა 500-ს მიაღწია.
● ყოვლისმომცველი ბიოინფორმატიკური ანალიზისამუშაო პროცესი მოიცავს SNP-თვისებების ასოციაციის ანალიზს, კანდიდატი გენების ნაკრების და მათი შესაბამისი ფუნქციური ანოტაციის მიწოდებას.
●მაღალკვალიფიციური ბიოინფორმატიკის გუნდი და მოკლე ანალიზის ციკლიმოწინავე გენომიკის ანალიზში დიდი გამოცდილებით, BMKGene-ის გუნდი ყოვლისმომცველ ანალიზებს მოკლე დროში ახორციელებს.
●გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერა:ჩვენი ვალდებულება პროექტის დასრულების შემდეგაც ვრცელდება და 3-თვიან გაყიდვის შემდგომ მომსახურებას გთავაზობთ. ამ პერიოდის განმავლობაში, ჩვენ გთავაზობთ პროექტის შემდგომ შემოწმებას, პრობლემების მოგვარებაში დახმარებას და კითხვა-პასუხის სესიებს შედეგებთან დაკავშირებული ნებისმიერი შეკითხვის გასაცემად.
მომსახურების სპეციფიკაციები და მოთხოვნები
| თანმიმდევრობის ტიპი | რეკომენდებული პოპულაციის მასშტაბი | სეკვენირების სტრატეგია | ნუკლეოტიდის მოთხოვნები |
| მთელი გენომის სეკვენირება | 200 ნიმუში | 10x | კონცენტრაცია: ≥ 1 ნგ/µლ საერთო რაოდენობა ≥ 30 ნგ შეზღუდული ან საერთოდ არ არის დეგრადაცია ან დაბინძურება |
| სპეციფიკური ლოკუსის გაძლიერებული ფრაგმენტი (SLAF) | ტეგის სიღრმე: 10x თეგების რაოდენობა: < 400 მბ: რეკომენდებულია WGS < 1 გბ: 100 ათასი თეგი 1 გბ > 2 გბ: 300 ათასი თეგი მაქს. 500 ათასი თეგი | კონცენტრაცია ≥ 5 ნგ/მკლ საერთო რაოდენობა ≥ 80 ნგ ნანოწვეთი OD260/280=1.6-2.5 აგაროზის გელი: დეგრადაცია ან დაბინძურება არ არის ან შეზღუდულია
|
მასალის შერჩევა
სხვადასხვა ჯიშები, ქვესახეობები, ადგილობრივი ჯიშები/გენობანკები/შერეული ოჯახები/ველური რესურსები
სხვადასხვა ჯიშები, ქვესახეობები, ადგილობრივი ჯიშები
ნახევარდა-ძმათა ოჯახი/სრულდა-და-ძმათა ოჯახი/ველური რესურსები
მომსახურების სამუშაო ნაკადი
ექსპერიმენტის დიზაინი
ნიმუშის მიწოდება
რნმ-ის ექსტრაქცია
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
სეკვენირება
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
- გენომის მასშტაბით ასოციაციური ანალიზი: LM, LMM, EMMAX, FASTLMM მოდელი
- კანდიდატი გენების ფუნქციური ანოტაცია
SNP-თვისებების ასოციაციის ანალიზი – მანჰეტენის დიაგრამა
SNP-თვისებების ასოციაციის ანალიზი – QQ დიაგრამა
გაეცანით BMKGene-ის de GWAS სერვისების მიერ ხელშეწყობულ მიღწევებს პუბლიკაციების შერჩეული კოლექციის მეშვეობით:
ლვ, ლ. და სხვ. (2023) „მომჭრელი მოლუსკის Sinonovacula constricta-ს ამიაკის ტოლერანტობის გენეტიკური საფუძვლის შესწავლა გენომის მასშტაბით ასოციაციური კვლევის გზით“.აკვაკულტურა, 569, გვ. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
ლი, X. და სხვ. (2022) „მელას კუდის ფეტვის 398 სახეობის მულტიომიკური ანალიზი ავლენს გენომურ რეგიონებს, რომლებიც დაკავშირებულია მოშინაურებასთან, მეტაბოლიტურ თვისებებთან და ანთების საწინააღმდეგო ეფექტებთან“.მოლეკულური ქარხანა, 15(8), გვ 1367–1383 წ. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
ლი, ჯ. და სხვ. (2022) „გვალვიან გარემოში ძლივს გლუვ გარემოში გლუვკანიან ფენოტიპებში გენომის მასშტაბით ასოციაციური რუკების შედგენა“.მცენარეთა მეცნიერების საზღვრები, 13, გვ. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
ჟაო, X. და სხვ. (2021) „GmST1, რომელიც აკოდირებს სულფოტრანსფერაზას, უზრუნველყოფს რეზისტენტობას სოიოს მოზაიკური ვირუსის შტამების G2 და G3 მიმართ“,მცენარე, უჯრედი და გარემო, 44(8), გვ.2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
