Hi-C-ზე დაფუძნებული ქრომატინის ურთიერთქმედება
სერვისის მახასიათებლები
● სეკვენირება Illumina NovaSeq-ზე PE150-ით.
● ფორმალდეჰიდთან ჯვარედინი შეკავშირებისა და დნმ-ცილის ურთიერთქმედების შესანარჩუნებლად, სერვისის დროს ექსტრაქტირებული ნუკლეინის მჟავების ნაცვლად ქსოვილის ნიმუშებია საჭირო.
● Hi-C ექსპერიმენტი მოიცავს წებოვანი ბოლოების შეზღუდვას და ბოლოების აღდგენას ბიოტინით, რასაც მოჰყვება მიღებული ბლაგვი ბოლოების ცირკულაცია ურთიერთქმედებების შენარჩუნებით. შემდეგ დნმ სტრეპტავიდინის მძივებით იკეცება და იწმინდება შემდგომი ბიბლიოთეკის მომზადებისთვის.
მომსახურების უპირატესობები
●ოპტიმალური შემზღუდველი ფერმენტის დიზაინისხვადასხვა სახეობაზე მაღალი Hi-C ეფექტურობის უზრუნველსაყოფად 93%-მდე ვალიდური ურთიერთქმედების წყვილებით.
●ვრცელი ექსპერტიზისა და პუბლიკაციების ჩანაწერები:BMKGene-ს აქვს 800 სხვადასხვა სახეობის 2000-ზე მეტი Hi-C სეკვენირების პროექტისა და სხვადასხვა პატენტის ფართო გამოცდილება. 100-ზე მეტი გამოქვეყნებული შემთხვევა 900-ზე მეტი კუმულაციური გავლენის ფაქტორით.
●მაღალკვალიფიციური ბიოინფორმატიკის გუნდი:კომპანიის შიდა პატენტებითა და Hi-C ექსპერიმენტებისა და მონაცემთა ანალიზისთვის განკუთვნილი პროგრამული უზრუნველყოფის საავტორო უფლებებით, ასევე საკუთარი ხელით შემუშავებული მონაცემთა ვიზუალიზაციის პროგრამული უზრუნველყოფით.
●გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერა:ჩვენი ვალდებულება პროექტის დასრულების შემდეგაც ვრცელდება და 3-თვიან გაყიდვის შემდგომ მომსახურებას გთავაზობთ. ამ პერიოდის განმავლობაში, ჩვენ გთავაზობთ პროექტის შემდგომ შემოწმებას, პრობლემების მოგვარებაში დახმარებას და კითხვა-პასუხის სესიებს შედეგებთან დაკავშირებული ნებისმიერი შეკითხვის გასაცემად.
●ყოვლისმომცველი ანოტაციაჩვენ ვიყენებთ მრავალ მონაცემთა ბაზას იდენტიფიცირებული ვარიაციების მქონე გენების ფუნქციურად ანოტირებისთვის და შესაბამისი გამდიდრების ანალიზის ჩასატარებლად, რაც მრავალ კვლევით პროექტზე ინფორმაციას გვაწვდის.
სერვისის სპეციფიკაციები
| ბიბლიოთეკა | სეკვენირების სტრატეგია | რეკომენდებული მონაცემების გამოტანა | Hi-C სიგნალის გარჩევადობა |
| Hi-C ბიბლიოთეკა | ილუმინა PE150 | ქრომატინის მარყუჟი: 150x TAD: 50x | ქრომატინის მარყუჟი: 10 კბ TAD: 40 კბ |
მომსახურების მოთხოვნები
| ნიმუშის ტიპი | საჭირო რაოდენობა |
| ცხოველური ქსოვილი | ≥2 გ |
| მთლიანი სისხლი | ≥2 მლ |
| სოკოები | ≥1 გ |
| მცენარე-ახალგაზრდა ქსოვილი | 1 გ/ალიკვოტი, რეკომენდებულია 2-4 ალიკვოტი |
| კულტივირებული უჯრედები | ≥1x107 |
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
● ნედლი მონაცემების ხარისხის კონტროლი;
● რუკების შედგენა და Hi-C ბიბლიოთეკის ხარისხის კონტროლი: ურთიერთქმედების ვალიდური წყვილები და ურთიერთქმედების დაშლის ექსპონენტები (IDE);
● გენომის მასშტაბით ურთიერთქმედების პროფილირება: ცის/ტრანს ანალიზი და Hi-C ურთიერთქმედების რუკა;
● A/B კომპარტმენტების განაწილების ანალიზი;
● TAD-ების და ქრომატინის მარყუჟების იდენტიფიკაცია;
● ნიმუშებს შორის 3D ქრომატინის სტრუქტურული ელემენტების დიფერენციალური ანალიზი და ასოცირებული გენების შესაბამისი ფუნქციური ანოტაცია.
ცის და ტრანს პროპორციული განაწილება
ნიმუშებს შორის ქრომოსომული ურთიერთქმედებების სითბური რუკა
A/B კომპარტმენტების გენომის მასშტაბით გავრცელება
ქრომატინის მარყუჟების გენომის მასშტაბით განაწილება
TAD-ების ვიზუალიზაცია
გაეცანით BMKGene-ის Hi-C სეკვენირების სერვისების მიერ ხელშეწყობილი კვლევის მიღწევებს პუბლიკაციების შერჩეული კოლექციის მეშვეობით.
მენგი, თ. და სხვ. (2021) „შედარებითი ინტეგრირებული მულტი-ომიკური ანალიზი CA2-ს ქორდომის ახალ სამიზნედ ასახელებს“.ნეირო-ონკოლოგია, 23(10), გვ 1709–1722 წ. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Xu, L. და სხვ. (2021) „გენომის 3D დისორგანიზაცია და გადალაგება NAFLD-ის პათოგენეზის შესახებ ინფორმაციას იძლევა ინტეგრირებული Hi-C, ნანოფორების და RNA სეკვენირების გზით“.აქტა ფარმაცეუტიკა სინიკა B, 11(10), გვ.3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
