გრძელი არაკოდირების თანმიმდევრობა-Illumina
სერვისის უპირატესობები
● სერვისის უპირატესობები
● უჯრედული და ქსოვილოვანი სპეციფიკური
● კონკრეტული ეტაპი გამოხატავს და წარმოადგენს დინამიური გამოხატვის ცვლილებას
● დროისა და სივრცის გამოხატვის ზუსტი ნიმუშები
● ერთობლივი ანალიზი mRNA მონაცემებთან.
● BMKCloud-ზე დაფუძნებული შედეგების მიწოდება: მორგებული მონაცემთა მოპოვება ხელმისაწვდომია პლატფორმაზე.
● გაყიდვის შემდგომი მომსახურება მოქმედებს 3 თვის განმავლობაში პროექტის დასრულებიდან
ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება
| ბიბლიოთეკა | Პლატფორმა | რეკომენდებული მონაცემები | მონაცემთა QC |
| rRNA დაქვეითება | ილუმინა PE150 | 10 გბ | Q30≥85% |
| კონს.(ნგ/მკლ) | რაოდენობა (მკგ) | სიწმინდე | მთლიანობა |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 გელზე ნაჩვენებია შეზღუდული ცილის ან დნმ-ის დაბინძურება ან არა. | მცენარეებისთვის: RIN≥6.5; ცხოველებისთვის: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; შეზღუდული ან არ არის საბაზისო სიმაღლე |
ნუკლეოტიდები:
ქსოვილი: წონა (მშრალი): ≥1 გ
*5 მგ-ზე ნაკლები ქსოვილისთვის, ჩვენ გირჩევთ გააგზავნოთ გაყინული (თხევადი აზოტით) ქსოვილის ნიმუში.
უჯრედის სუსპენზია: უჯრედების რაოდენობა = 3×107
*ჩვენ გირჩევთ გაგზავნოთ გაყინული უჯრედის ლიზატი.თუ ეს უჯრედი ითვლის 5×10-ზე ნაკლები5რეკომენდირებულია თხევადი აზოტის გაყინვა.
სისხლის ნიმუშები:
PA×geneBloodRNATube;
6 მლტრიზოლი და 2 მლ სისხლი (ტრიზოლი: სისხლი = 3: 1)
რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება
კონტეინერი: 2 მლ ცენტრიფუგის მილაკი (თუნუქის ფოლგა არ არის რეკომენდებული)
ნიმუშის მარკირება: ჯგუფი+რეპლიკა, მაგ. A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
გადაზიდვა:
1. მშრალი ყინული: ნიმუშები უნდა იყოს შეფუთული ჩანთებში და დამარხული მშრალ ყინულში.
2. რნმ სტაბილური მილები: რნმ-ის ნიმუშები შეიძლება გაშრეს რნმ-ის სტაბილიზაციის მილში (მაგ. RNAstable®) და გაიგზავნოს ოთახის ტემპერატურაზე.
სერვისის სამუშაო ნაკადი
ექსპერიმენტის დიზაინი
ნიმუშის მიწოდება
რნმ-ის ექსტრაქცია
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
Მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
ბიოინფორმატიკა
1.LncRNA კლასიფიკაცია
ზემოთ მოყვანილი ოთხი პროგრამული უზრუნველყოფის მიერ პროგნოზირებული LncRNA იყო კლასიფიცირებული 4 კატეგორიად: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;გრძნობა-LncRNA.LncRNA კლასიფიკაცია ნაჩვენები იყო ქვემოთ მოცემულ ჰისტოგრამაში.
LncRNA კლასიფიკაცია
2. DE-lncRNA გამდიდრების ანალიზის ცის-მიზნობრივი გენები
ClusterProfiler გამოიყენებოდა GO გამდიდრების ანალიზში დიფერენციალურად გამოხატული lncRNA (DE-lncRNA) ცის-მიზნობრივ გენებზე, ბიოლოგიური პროცესების, მოლეკულური ფუნქციების და უჯრედული კომპონენტების თვალსაზრისით.GO გამდიდრების ანალიზი არის პროცესი DEG-ზე მიმართული მნიშვნელოვნად გამდიდრებული GO ტერმინების იდენტიფიცირებისთვის მთელ გენომთან შედარებით.გამდიდრებული ტერმინები წარმოდგენილი იყო ჰისტოგრამაში, ბუშტების სქემაში და ა.შ., როგორც ეს ნაჩვენებია ქვემოთ.
DE-lncRNA გამდიდრების ანალიზის Cis-მიზნობრივი გენები -ბუშტუკების სქემა
3. mRNA-ისა და lncRNA-ს სიგრძის, ეგზონის რიცხვის, ORF-ის და გამოხატვის ოდენობის შედარებით, ჩვენ შეგვიძლია გავიგოთ განსხვავებები მათ შორის სტრუქტურაში, თანმიმდევრობასა და ა.
BMK საქმე
დერეგულირებული lncRNA გამოხატვის პროფილი თაგვის ფილტვის ადენოკარცინომაში KRAS-G12D მუტაციით და P53 ნოკაუტით
გამოქვეყნებულია:ფიჭური და მოლეკულური მედიცინის ჟურნალი,2019 წელი
თანმიმდევრობის სტრატეგია
ილუმინა
ნიმუშების კოლექცია
NONMMUT015812-კოკდაუნის KP (shRNA-2) უჯრედები და უარყოფითი საკონტროლო (sh-Scr) უჯრედები მიღებულ იქნა კონკრეტული ვირუსული ინფექციის მე-6 დღეს.
ძირითადი შედეგები
ეს კვლევა იკვლევს არასწორად გამოხატულ lncRNA-ებს თაგვის ფილტვის ადენოკარცინომაში P53 ნოკაუტით და KrasG12D მუტაციით.
1.6424 lncRNA იყო დიფერენციალურად გამოხატული (≥ 2-ჯერ ცვლილება, P <0.05).
2. ყველა 210 lncRNA-ს შორის (FC≥8), 11 lncRNA-ს ექსპრესია რეგულირდება P53-ით, 33 lncRNA-ით KRAS და 13 lncRNA-ს ჰიპოქსიით პირველად KP უჯრედებში, შესაბამისად.
3.NONMMUT015812, რომელიც საოცრად რეგულირდება თაგვის ფილტვის ადენოკარცინომაში და უარყოფითად რეგულირდება P53 ხელახალი ექსპრესიით, გამოვლინდა მისი უჯრედული ფუნქციის გასაანალიზებლად.
4. NONMMUT015812-ის დაცემამ shRNA-ებით შეამცირა KP უჯრედების პროლიფერაციისა და მიგრაციის შესაძლებლობები.NONMMUT015812 იყო პოტენციური ონკოგენი.
 დიფერენციალურად გამოხატული გენების KEGG ბილიკის ანალიზი NONMMUT015812-კოკდაუნის KP უჯრედებში |  გენის ონტოლოგიის ანალიზი დიფერენციალურად გამოხატული გენების NONMMUT015812-დანგრეული KP უჯრედებში |
მითითება
დერეგულირებული lncRNA გამოხატვის პროფილი თაგვის ფილტვის ადენოკარცინომაში KRAS-G12D მუტაციით და P53 ნოკაუტით[J].Journal of Cellular and Molecular Medicine, 2019, 23 (10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
