ხანგრძლივი არაკოდირებადი სეკვენირება - Illumina
მომსახურების უპირატესობები
●mRNA-სა და lncRNA-ს ერთობლივი ანალიზიmRNA ტრანსკრიპტების რაოდენობრივი განსაზღვრისა და lncRNA-ს და მათი სამიზნეების შესწავლას შორის გაერთიანებით, შესაძლებელია უჯრედული პასუხის საფუძვლად არსებული მარეგულირებელი მექანიზმის სიღრმისეული მიმოხილვის მიღება.
●ფართო ექსპერტიზაჩვენ დავამუშავეთ 230 000-ზე მეტი ნიმუში, რომლებიც მოიცავდა სხვადასხვა ნიმუშსა და პროექტის მიზნებს. ჩვენ ყველა პროექტში ვიყენებთ ჩვენი ექსპერტიზის სიმდიდრეს.
●mRNA-სა და lncRNA-ს ერთობლივი ანალიზიჩვენ ვაერთიანებთ mRNA ტრანსკრიპტების რაოდენობრივ განსაზღვრას lncRNA-სა და მათი სამიზნეების შესწავლასთან, რაც შესაძლებელს ხდის უჯრედული პასუხის საფუძვლად არსებული მარეგულირებელი მექანიზმის სიღრმისეული მიმოხილვის მიღებას.
●მკაცრი ხარისხის კონტროლიჩვენ ვახორციელებთ ძირითად საკონტროლო პუნქტებს ყველა ეტაპზე, ნიმუშის მომზადებიდან დაწყებული, ბიბლიოთეკის მომზადებით, სეკვენირებითა და ბიოინფორმატიკით დამთავრებული. ჩვენი საგულდაგულო მონიტორინგი უზრუნველყოფს მუდმივად მაღალი ხარისხის შედეგების მიწოდებას.
●ყოვლისმომცველი ანოტაციაჩვენ ვიყენებთ მრავალ მონაცემთა ბაზას დიფერენცირებულად გამოხატული გენების (DEG) ფუნქციურად ანოტირებისთვის და შესაბამისი გამდიდრების ანალიზების ჩასატარებლად. ეს ყოვლისმომცველი მიდგომა იძლევა ინფორმაციას ტრანსკრიპტომური პასუხის საფუძვლად მყოფი უჯრედული და მოლეკულური პროცესების შესახებ, რაც უზრუნველყოფს თქვენი ექსპერიმენტის მონაცემების შესახებ ყველა შესაძლო ინფორმაციის მიღებას.
●გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერაჩვენ გვესმის, თუ რამდენად მნიშვნელოვანია ადგილზე ყოფნა, სწორედ ამიტომ ჩვენი ვალდებულება პროექტის დასრულების შემდეგაც ვრცელდება და 3-თვიან გაყიდვის შემდგომ მომსახურებას გთავაზობთ. ამ პერიოდის განმავლობაში, ჩვენ გთავაზობთ პროექტის შემდგომ შემოწმებას, პრობლემების მოგვარებაში დახმარებას და კითხვა-პასუხის სესიებს შედეგებთან დაკავშირებული ნებისმიერი შეკითხვის გასაცემად.
ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება
| ბიბლიოთეკა | პლატფორმა | რეკომენდებული მონაცემები | მონაცემთა ხარისხის კონტროლი |
| rRNA-ს ამოწურვის მიმართულებითი ბიბლიოთეკა | ილუმინა PE150 | 10-16 გბ | Q30≥85% |
ნუკლეოტიდები:
| კონცენტრაცია (ნგ/მკლ) | რაოდენობა (მკგ) | სიწმინდე | მთლიანობა |
| ≥ 80 | ≥ 0.8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 გელზე ცილის ან დნმ-ის დაბინძურება შეზღუდულია ან საერთოდ არ ჩანს. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; შეზღუდული ან საერთოდ არ არის საბაზისო დონის ამაღლება |
● მცენარეები:
ფესვი, ღერო ან ფურცელი: 450 მგ
ფოთოლი ან თესლი: 300 მგ
ხილი: 1.2 გ
● ცხოველი:
გული ან ნაწლავები: 450 მგ
შინაგანი ორგანოები ან ტვინი: 240 მგ
კუნთები: 600 მგ
ძვლები, თმა ან კანი: 1.5 გ
● ფეხსახსრიანები:
მწერები: 9 გ
კიბოსნაირნი: 450 მგ
● მთლიანი სისხლი:2 მილი
● უჯრედები: 106 უჯრედები
● შრატი და პლაზმა: 6 მლ
რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება
კონტეინერი: 2 მლ ცენტრიფუგის მილი (თუნის ფოლგა არ არის რეკომენდებული)
ნიმუშის მარკირება: დაჯგუფება+გამეორება მაგ. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
გადაზიდვა:
1. მშრალი ყინული: ნიმუშები უნდა შეიფუთოს პარკებში და ჩამარხოს მშრალ ყინულში.
2. რნმ-სტაბილური მილები: რნმ-ის ნიმუშების გაშრობა შესაძლებელია რნმ-ის სტაბილიზაციის მილში (მაგ. RNAstable®) და ოთახის ტემპერატურაზე გადაზიდვა.
მომსახურების სამუშაო ნაკადი
ექსპერიმენტის დიზაინი
ნიმუშის მიწოდება
რნმ-ის ექსტრაქცია
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
სეკვენირება
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
ბიოინფორმატიკა
- ნედლი მონაცემები
- მონაცემთა ხარისხის კონტროლი
- გენომის განლაგება
- გენის სტრუქტურა (ალტერნატიული სპლაისინგი, გენის სტრუქტურის ოპტიმიზაცია და ახალი გენების პროგნოზირება)
- გენის ექსპრესიის რაოდენობრივი განსაზღვრა
- დიფერენციალური გამოხატვის ანალიზი
- DEG ანოტაცია და გამდიდრება + დიფერენცირებულად ექსპრესირებული lncRNA სამიზნე გენები
- ტრანსკრიპტის იდენტიფიკაცია
- lncRNA-ს იდენტიფიკაცია (lncRNA-ს კონსერვაცია და ცნობილი lncRNA)
- lncRNA სამიზნე გენების პროგნოზირება
- lncRNA ექსპრესიის რაოდენობრივი განსაზღვრა
- mRNA მონაცემებთან ერთობლივი ანალიზი
დიფერენციალური გენის ექსპრესიის (DEGs) ანალიზი
lncRNA ექსპრესიის რაოდენობრივი განსაზღვრა - კლასტერიზაცია
lncRNA სამიზნე გენების გამდიდრება
mRNA-სა და lncRNA-ს ერთობლივი პოზიციის ანალიზი – ცირკოს დიაგრამა (შუა წრე არის mRNA, ხოლო შიდა წრე არის lncRNA)
გაეცანით BMKGene-ის lncRNA ეკვენირების სერვისების მიერ ხელშეწყობილ მიღწევებს პუბლიკაციების შერჩეული კოლექციის მეშვეობით.
ჯი, ჰ. და სხვ. (2020) „ვირთხების ღვიძლში ცივი სტრესთან დაკავშირებული lncRNA-ების იდენტიფიკაცია, ფუნქციური პროგნოზირება და ძირითადი lncRNA ვერიფიკაცია“.სამეცნიერო ანგარიშები2020 10:1, 10(1), გვ. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
ჯია, ზ. და სხვ. (2021) „ინტეგრაციული ტრანსკრიპტომიული ანალიზი ავლენს CyHV-3-ის მიმართ რეზისტენტული კობრის შტამის იმუნურ მექანიზმს“,იმუნოლოგიის საზღვრები, 12, გვ. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
ვანგი, XJ და სხვ. (2022) „კონკურენტი ენდოგენური რნმ-ის რეგულაციის ქსელების მულტი-ომიკის ინტეგრაციაზე დაფუძნებული პრიორიტეტიზაცია მცირეუჯრედოვანი ფილტვის კიბოს დროს: მოლეკულური მახასიათებლები და წამლის კანდიდატები“,ონკოლოგიის საზღვრები, 12, გვ. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
სიაო, ლ. და სხვ. (2020) „Populus-ში ფოტოსინთეზის საფუძვლად მყოფი გენის თანაექსპრესიის ქსელის გენეტიკური დისექცია“,მცენარეთა ბიოტექნოლოგიის ჟურნალი, 18(4), გვ. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
ჟენგი, ჰ. და სხვ. (2022) „გრეივსის დაავადებისა და ჰაშიმოტოს თირეოიდიტის მიკროგარემოში იმუნურ უჯრედებში დისრეგულირებული გენის ექსპრესიისა და პათოლოგიური მეტაბოლური სიგნალიზაციის გლობალური მარეგულირებელი ქსელი“.იმუნოლოგიის საზღვრები, 13, გვ. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
