მეტატრანსკრიპტომის თანმიმდევრობა
სერვისის მახასიათებლები
● rRNA დაქვეითება, რასაც მოჰყვება მიმართული mRNA ბიბლიოთეკის მომზადება.
● თანმიმდევრობა Illumina NovaSeq-ზე.
სერვისის უპირატესობები
●შეისწავლეთ კომპლექსური მიკრობული თემების ცვლილებები:ეს ხდება ტრანსკრიპციის დონეზე და იკვლევს პოტენციურ ახალ გენებს.
●მიკრობული საზოგადოების ურთიერთქმედების ახსნა მასპინძელთან ან გარემოსთან.
●ყოვლისმომცველი ბიოინფორმატიული ანალიზი: ეს გვაწვდის შეხედულებებს საზოგადოების ტაქსონომიურ და ფუნქციურ კომპოზიციებზე, ასევე გენის დიფერენციალური ექსპრესიის ანალიზზე.
●ვრცელი გენის ანოტაცია:გენის ფუნქციების განახლებული მონაცემთა ბაზების გამოყენება მიკრობული თემების გენის გამოხატვის ინფორმაციული ინფორმაციისთვის.
●გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერა:ჩვენი ვალდებულება ვრცელდება პროექტის დასრულების ფარგლებს გარეთ 3 თვიანი გაყიდვის შემდგომი მომსახურების პერიოდით. ამ დროის განმავლობაში, ჩვენ ვთავაზობთ პროექტის შემდგომ დაკვირვებას, პრობლემების მოგვარების დახმარებას და კითხვა-პასუხის სესიებს, რათა მივმართოთ შედეგებთან დაკავშირებულ ნებისმიერ შეკითხვას.
სერვისის სპეციფიკაციები
| თანმიმდევრობის პლატფორმა | თანმიმდევრობის სტრატეგია | რეკომენდირებულია მონაცემები | მონაცემთა ხარისხის კონტროლი |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 12 გბ | Q30≥85% |
ნიმუშის მოთხოვნები
| კონცენტრაცია (ნგ/მკლ) | მთლიანი რაოდენობა (მკგ) | მოცულობა (μL) | OD260/280 | OD260/230 | RIN |
| ≥50 | ≥1.0 | ≥20 | 1.8-2.0 | 1.0-2.5 | ≥6.5 |
სერვისის სამუშაო ნაკადი
ნიმუშის მიწოდება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
● მონაცემთა ხარისხის კონტროლის თანმიმდევრობა
● ტრანსკრიპტის შეკრება
● ტაქსონომიური ანოტაცია და სიმრავლე
● ფუნქციური ანოტაცია და სიმრავლე
● გამოხატვის რაოდენობრივი და დიფერენციალური ანალიზი
თითოეული ნიმუშის ტაქსონომიური განაწილება:
ბეტა მრავალფეროვნების ანალიზი: UPGMA
ფუნქციური ანოტაცია - GO სიმრავლე
დიფერენციალური ტაქსონომიის სიმრავლე – LEFSE
გამოიკვლიეთ მიღწევები, რაც ხელს უწყობს BMKGene-ის მეტატრანსკრიპტომიკის თანმიმდევრობის სერვისებს პუბლიკაციების კურირებული კოლექციის მეშვეობით.
ლუ, ზ და სხვ. (2023) 'ლაქტატის მოხმარების ბაქტერიების მიმართ მჟავა ტოლერანტობა Bacteroidales-ის რიგის ხელს უწყობს ღორღის აციდოზის პრევენციას თხებში, რომლებიც ადაპტირებულია მაღალი კონცენტრატის დიეტაზე',ცხოველთა კვება, 14, გვ 130–140. doi: 10.1016/J.ANINU.2023.05.006.
სიმღერა, ზ. და სხვ. (2017) "ძირითადი ფუნქციური მიკრობიოტის ამოხსნა ტრადიციულ მყარ მდგომარეობაში დუღილში მაღალი გამტარუნარიანობის ამპლიკონებით და მეტატრანსკრიპტომიური თანმიმდევრობით",საზღვრები მიკრობიოლოგიაში, 8 (ივლისი). doi: 10.3389/FMICB.2017.01294/FULL.
Wang, W. და სხვ. (2022) "ახალი მიკოვირუსები აღმოჩენილი ფიტოპათოგენური ალტერნარია სოკოს მეტატრანსკრიპტომიური კვლევის შედეგად",ვირუსები, 14(11), გვ. 2552. დოი: 10.3390/V14112552/S1.
Wei, J. და სხვ. (2022) 'პარალელური მეტატრანსკრიპტომის ანალიზი ავლენს მცენარეთა მეორადი მეტაბოლიტების დეგრადაციას ხოჭოებისა და მათი ნაწლავის სიმბიონების მიერ',მოლეკულური ეკოლოგია, 31(15), გვ.3999–4016. doi: 10.1111/MEC.16557.
