მეტატრანსკრიპტომის სეკვენირება
სერვისის მახასიათებლები
● rRNA-ს გამოფიტვას, რასაც მოჰყვება მიმართულებითი mRNA ბიბლიოთეკის მომზადება.
● სეკვენირება Illumina NovaSeq-ზე.
მომსახურების უპირატესობები
●კომპლექსური მიკრობული საზოგადოებების ცვლილებების შესწავლა:ეს ტრანსკრიფციის დონეზე ხდება და პოტენციურ ახალ გენებს იკვლევს.
●მიკრობული საზოგადოების მასპინძელთან ან გარემოსთან ურთიერთქმედების ახსნა.
●ყოვლისმომცველი ბიოინფორმატიკური ანალიზიეს იძლევა ინფორმაციას საზოგადოების ტაქსონომიური და ფუნქციური შემადგენლობის, ასევე გენების დიფერენციალური ექსპრესიის ანალიზის შესახებ.
●ვრცელი გენის ანოტაცია:მიკრობული საზოგადოებების გენების ექსპრესიის შესახებ ინფორმაციული ინფორმაციის მისაღებად განახლებული გენების ფუნქციის მონაცემთა ბაზების გამოყენება.
●გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერა:ჩვენი ვალდებულება პროექტის დასრულების შემდეგაც ვრცელდება და 3-თვიან გაყიდვის შემდგომ მომსახურებას გთავაზობთ. ამ პერიოდის განმავლობაში, ჩვენ გთავაზობთ პროექტის შემდგომ შემოწმებას, პრობლემების მოგვარებაში დახმარებას და კითხვა-პასუხის სესიებს შედეგებთან დაკავშირებული ნებისმიერი შეკითხვის გასაცემად.
სერვისის სპეციფიკაციები
| სეკვენირების პლატფორმა | სეკვენირების სტრატეგია | რეკომენდებული მონაცემები | მონაცემთა ხარისხის კონტროლი |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 12 გბ | Q30≥85% |
ნიმუშის მოთხოვნები
| კონცენტრაცია (ნგ/µლ) | საერთო რაოდენობა (მკგ) | მოცულობა (µლ) | OD260/280 | OD260/230 | RIN |
| ≥50 | ≥1.0 | ≥20 | 1.8-2.0 | 1.0-2.5 | ≥6.5 |
მომსახურების სამუშაო ნაკადი
ნიმუშის მიწოდება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
სეკვენირება
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
● მონაცემთა ხარისხის კონტროლი თანმიმდევრობით
● ტრანსკრიპტის აწყობა
● ტაქსონომიური ანოტაცია და სიმრავლე
● ფუნქციური ანოტაცია და სიუხვე
● გამოხატვის რაოდენობრივი განსაზღვრა და დიფერენციალური ანალიზი
თითოეული ნიმუშის ტაქსონომიური განაწილება:
ბეტა მრავალფეროვნების ანალიზი: UPGMA
ფუნქციური ანოტაცია – GO სიუხვე
დიფერენციალური ტაქსონომიის სიმრავლე – LEFSE
გაეცანით BMKGene-ის მეტატრანსკრიპტომიკის სეკვენირების სერვისების მიერ ხელშეწყობილ მიღწევებს პუბლიკაციების შერჩეული კოლექციის მეშვეობით.
ლუ, ზ. და სხვ. (2023) „ბაქტეროიდების რიგის ლაქტატის მომხმარებელი ბაქტერიების მჟავას მიმართ ტოლერანტობა ხელს უწყობს მუცელში აციდოზის პრევენციას მაღალი კონცენტრაციის დიეტაზე ადაპტირებულ თხებში“.ცხოველთა კვება, 14, გვ 130–140. doi: 10.1016/J.ANINU.2023.05.006.
სონგ, ზ. და სხვ. (2017) „ძირითადი ფუნქციური მიკრობიოტის გაშიფვრა ტრადიციულ მყარ მდგომარეობაში დუღილის დროს მაღალი გამტარუნარიანობის ამპლიკონებისა და მეტატრანსკრიპტომიკის სეკვენირების გზით“,მიკრობიოლოგიის საზღვრები, 8 (ივლისი). doi: 10.3389/FMICB.2017.01294/FULL.
ვანგი, ვ. და სხვ. (2022) „ფიტოპათოგენური ალტერნარიოზის სოკოს მეტატრანსკრიპტომიური კვლევის შედეგად აღმოჩენილი ახალი მიკოვირუსები“,ვირუსები, 14(11), გვ. 2552. doi: 10.3390/V14112552/S1.
ვეი, ჯ. და სხვ. (2022) „პარალელური მეტატრანსკრიპტომის ანალიზი ავლენს მცენარეთა მეორადი მეტაბოლიტების დეგრადაციას ხოჭოებისა და მათი ნაწლავის სიმბიონტების მიერ“.მოლეკულური ეკოლოგია, 31(15), გვ.3999–4016. doi: 10.1111/MEC.16557.
