მეტაგენომიური სეკვენირება-TGS
მეტაგენომი არის ორგანიზმების შერეული საზოგადოების გენეტიკური მასალის ერთობლიობა, როგორიცაა გარემოს და ადამიანის მეტაგენომები. იგი შეიცავს როგორც კულტივირებადი, ასევე არაკულტივირებადი მიკროორგანიზმების გენომებს. მეტაგენომიკური სეკვენირება საშუალებას იძლევა შესწავლილ იქნას ეკოლოგიურ ნიმუშებში ჩადგმული ეს რთული გენომური ლანდშაფტები, რაც ტაქსონომიურ პროფილირებაზე მეტს გვთავაზობს. ის ასევე გვთავაზობს ფუნქციურ გენომიკურ პერსპექტივას კოდირებული გენების და მათი სავარაუდო როლების შესწავლით გარემოსდაცვით პროცესებში. მიუხედავად იმისა, რომ Illumina სეკვენირების ტრადიციული მიდგომები ფართოდ გამოიყენება მეტაგენომიკურ კვლევებში, Nanopore-ისა და PacBio-ს ხანგრძლივი წაკითხვის სეკვენირების გაჩენამ შეცვალა სფერო. Nanopore-ისა და PacBio-ს ტექნოლოგიები აძლიერებს ბიოინფორმატიკულ ანალიზებს, განსაკუთრებით მეტაგენომის აწყობას, რაც უზრუნველყოფს უფრო უწყვეტ აწყობას. ანგარიშები მიუთითებს, რომ Nanopore-სა და PacBio-ზე დაფუძნებულმა მეტაგენომიკამ წარმატებით წარმოქმნა სრული და დახურული ბაქტერიული გენომები რთული მიკრობიომებიდან (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Nanopore-ის Illumina-ს რეიდებთან ინტეგრირება შეცდომების კორექციის სტრატეგიულ მიდგომას უზრუნველყოფს, რაც ამცირებს Nanopore-ის თანდაყოლილ დაბალ სიზუსტეს. ეს სინერგიული კომბინაცია იყენებს თითოეული სეკვენირების პლატფორმის ძლიერ მხარეებს და გვთავაზობს საიმედო გადაწყვეტას პოტენციური შეზღუდვების დასაძლევად და მეტაგენომიკური ანალიზების სიზუსტისა და სანდოობის გასაუმჯობესებლად.
პლატფორმა: Nanopore PromethION 48, Illumia და PacBio Revio
სერვისის მახასიათებლები
● ხანგრძლივი წაკითხვის სეკვენირება Nanopore P48-ზე (10 კბ ბიბლიოთეკა); PacBio Revio-ზე (8 კბ ბიბლიოთეკა)
● შეცდომის კორექცია: სეკვენირება Illumina NovaSeq-ზე (PE150 ბიბლიოთეკა)
მომსახურების უპირატესობები
●მაღალი ხარისხის მეტაგენომის ასამბლეა:ნაკლები კონტიგებით, რომლებსაც უფრო მაღალი უწყვეტობა აქვთ.
●უფრო მაღალი სიზუსტე:სახეობების იდენტიფიკაცია და ფუნქციური გენების პროგნოზირება.
●გაუმჯობესებული აწყობაბაქტერიული გენომის იზოლაციისა და შედარებითი მეტაგენომის ანალიზის ხელშეწყობა.
●ყოვლისმომცველი ბიოინფორმატიკური ანალიზი:ჩვენი ანალიზი ფოკუსირებულია არა მხოლოდ ტაქსონომიურ მრავალფეროვნებაზე, არამედ საზოგადოების ფუნქციურ მრავალფეროვნებაზეც.
●ფართო გამოცდილებაჩვენი გუნდი ყველა პროექტში დიდ გამოცდილებას იყენებს, სხვადასხვა კვლევით სფეროში მეტაგენომიკის მრავალი პროექტის წარმატებით დასრულებისა და 200 000-ზე მეტი ნიმუშის დამუშავების გამოცდილებით, ჩვენი გუნდი ყველა პროექტში დიდ გამოცდილებას იყენებს.
სერვისის სპეციფიკაციები
| სეკვენირების პლატფორმა | სეკვენირების სტრატეგია | რეკომენდებული მონაცემები |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 6 გბ |
| ნანოფორი P48 | 10 კბ | 6 / 10 გბ |
| PacBio Revio | 8 კბ | 10 / 20 გბ |
ნიმუშის მოთხოვნები
| კონცენტრაცია (ნგ/µლ) | საერთო რაოდენობა (მკგ) | მოცულობა (µლ) | |
| Illumina PE150 ბიბლიოთეკა | ≥1 | ≥0.03 | ≥20 |
| ნანოპორის 10 კბ ბიბლიოთეკა | ≥40 | ≥2 | ≥20 |
| PacBio-ს 8 კბ ბიბლიოთეკა | ≥50 | 10 მკგ/უჯრედი | ≥20 |
მომსახურების სამუშაო ნაკადი
ნიმუშის მიწოდება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
სეკვენირება
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
● მონაცემთა ხარისხის კონტროლი თანმიმდევრობით
● მეტაგენომის ასამბლეა და გენების პროგნოზირება
● გენის ანოტაცია
● ტაქსონომიური ალფა მრავალფეროვნების ანალიზი
● საზოგადოების ფუნქციური ანალიზი: ბიოლოგიური ფუნქცია, მეტაბოლური, ანტიბიოტიკების მიმართ რეზისტენტობა
● ფუნქციური და ტაქსონომიური მრავალფეროვნების ანალიზი:
ბეტა მრავალფეროვნების ანალიზი
ჯგუფთაშორისი ანალიზი
კორელაციის ანალიზი: გარემო ფაქტორებსა და OUT-ის შემადგენლობასა და მრავალფეროვნებას შორის
არაზედმეტი გენების ნაკრების განაწილება:
გენის ანოტაცია: KEGG გზა
გენის ანოტაცია: eggNOG
გენის ანოტაცია: CAZY ნახშირწყლები
სახეობების კორელაციის ქსელი:
გაეცანით BMKGene-ის მეტაგენომიკის სეკვენირების სერვისის Nanopore + Illumina-ს მეშვეობით მიღწეულ მიღწევებს ამ რჩეული პუბლიკაციის მეშვეობით:
ჯინი, ჰ. და სხვ. (2023) „შიდა მონღოლების ადამიანის ნაწლავის მიკრობიომის მაღალი ხარისხის გენომის კრებული“, Nature Microbiology 2023 8:1, 8(1), გვ. 150–161. doi: 10.1038/s41564-022-01270-1.
