ნანოფორის სრული სიგრძის ტრანსკრიპტომი

ნანოფორების ტრანსკრიპტომის სეკვენირება სრული სიგრძის cDNA-ების სეკვენირების ძლიერი მეთოდია, რომელიც ზუსტად იდენტიფიცირებს და რაოდენობრივად განსაზღვრავს ტრანსკრიპტის იზოფორმებს. BMKCloud Nanopore-ის სრული სიგრძის ტრანსკრიპტომის მილსადენი შექმნილია Nanopore პლატფორმაზე გენერირებული RNA-Seq მონაცემების ანალიზისთვის მაღალი ხარისხის, კარგად ანოტირებულ საცნობარო გენომთან მიმართებაში, რაც უზრუნველყოფს როგორც გენის, ასევე ტრანსკრიპტის დონეზე ხარისხობრივ, ასევე რაოდენობრივ ანალიზს. ხარისხის კონტროლის შემდეგ, მიიღება სრული სიგრძის არაქიმერული (FLNC) თანმიმდევრობები და კონსენსუსური თანმიმდევრობები მიმაგრებულია საცნობარო გენომზე ზედმეტი ტრანსკრიპტების მოსაშორებლად. ამ ტრანსკრიპტების ნაკრებიდან ხდება ექსპრესიის რაოდენობრივი განსაზღვრა და დიფერენციალურად ექსპრესირებული გენებისა და ტრანსკრიპტების იდენტიფიცირება და ფუნქციურად ანოტირება. მილსადენი ასევე მოიცავს ალტერნატიულ პოლიადენილაციის (APA) ანალიზს, ალტერნატიული სპლაისინგის ანალიზს, მარტივი თანმიმდევრობის გამეორების (SSR) ანალიზს, lncRNA-ს და შესაბამისი სამიზნეების პროგნოზირებას, კოდირების თანმიმდევრობების პროგნოზირებას (CDS), გენის ოჯახის ანალიზს, ტრანსკრიფციის ფაქტორების ანალიზს, ახალი გენების პროგნოზირებას და ტრანსკრიპტების ფუნქციურ ანოტაციას.