არარეფერენსზე დაფუძნებული mRNA სეკვენირება-NGS
მახასიათებლები
● პოლი mRNA-ს დაჭერა ბიბლიოთეკის მომზადებამდე
● ნებისმიერი საცნობარო გენომისგან დამოუკიდებელი: ტრანსკრიპტების de novo აწყობაზე დაყრდნობით, უნიგენების სიის გენერირება, რომლებიც ანოტირებულია მრავალ მონაცემთა ბაზაში (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● გენის ექსპრესიისა და ტრანსკრიპტის სტრუქტურის ყოვლისმომცველი ბიოინფორმატიული ანალიზი
მომსახურების უპირატესობები
●ფართო ექსპერტიზაBMKGENE-ში 600 000-ზე მეტი ნიმუშის დამუშავების გამოცდილებით, რომლებიც მოიცავს სხვადასხვა ტიპის ნიმუშებს, როგორიცაა უჯრედული კულტურები, ქსოვილები და სხეულის სითხეები, ჩვენი გუნდი ყველა პროექტში დიდ გამოცდილებას იყენებს. ჩვენ წარმატებით დავასრულეთ 100 000-ზე მეტი mRNA-Seq პროექტი სხვადასხვა კვლევით სფეროში.
●მკაცრი ხარისხის კონტროლიჩვენ ვახორციელებთ ძირითად საკონტროლო პუნქტებს ყველა ეტაპზე, ნიმუშისა და ბიბლიოთეკის მომზადებიდან დაწყებული, სეკვენირებითა და ბიოინფორმატიკით დამთავრებული. ეს საგულდაგულო მონიტორინგი უზრუნველყოფს მუდმივად მაღალი ხარისხის შედეგების მიწოდებას.
● ყოვლისმომცველი ანოტაციაჩვენ ვიყენებთ მრავალ მონაცემთა ბაზას დიფერენცირებულად გამოხატული გენების (DEG) ფუნქციურად ანოტირებისთვის და შესაბამისი გამდიდრების ანალიზის ჩასატარებლად, რაც იძლევა ინფორმაციას ტრანსკრიპტომური პასუხის საფუძვლად მყოფი უჯრედული და მოლეკულური პროცესების შესახებ.
●გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერაჩვენი ვალდებულება პროექტის დასრულების შემდეგაც ვრცელდება და 3-თვიან გაყიდვის შემდგომ მომსახურებას გთავაზობთ. ამ პერიოდის განმავლობაში, ჩვენ გთავაზობთ პროექტის შემდგომ შემოწმებას, პრობლემების მოგვარებაში დახმარებას და კითხვა-პასუხის სესიებს შედეგებთან დაკავშირებული ნებისმიერი შეკითხვის გასაცემად.
ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება
| ბიბლიოთეკა | სეკვენირების სტრატეგია | რეკომენდებული მონაცემები | ხარისხის კონტროლი |
| პოლი A-თი გამდიდრებული | ილუმინა PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 გბ | Q30≥85% |
ნიმუშის მოთხოვნები:
ნუკლეოტიდები:
| კონცენტრაცია (ნგ/მკლ) | რაოდენობა (მკგ) | სიწმინდე | მთლიანობა |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 გელზე ცილის ან დნმ-ის დაბინძურება შეზღუდულია ან საერთოდ არ ჩანს. | მცენარეებისთვის: RIN≥4.0; ცხოველებისთვის: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; შეზღუდული ან საერთოდ არ არის საბაზისო დონის ამაღლება |
● მცენარეები:
ფესვი, ღერო ან ფურცელი: 450 მგ
ფოთოლი ან თესლი: 300 მგ
ხილი: 1.2 გ
● ცხოველი:
გული ან ნაწლავები: 300 მგ
შინაგანი ორგანოები ან ტვინი: 240 მგ
კუნთები: 450 მგ
ძვლები, თმა ან კანი: 1 გ
● ფეხსახსრიანები:
მწერები: 6 გ
კიბოსნაირნი: 300 მგ
● მთლიანი სისხლი: 1 მილი
● უჯრედები: 106 უჯრედები
რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება
კონტეინერი: 2 მლ ცენტრიფუგის მილი (თუნის ფოლგა არ არის რეკომენდებული)
ნიმუშის მარკირება: დაჯგუფება+გამეორება მაგ. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
გადაზიდვა:
1. მშრალი ყინული: ნიმუშები უნდა შეიფუთოს პარკებში და ჩამარხოს მშრალ ყინულში.
2. რნმ-სტაბილური მილები: რნმ-ის ნიმუშების გაშრობა შესაძლებელია რნმ-ის სტაბილიზაციის მილში (მაგ. RNAstable®) და ოთახის ტემპერატურაზე გადაზიდვა.
მომსახურების სამუშაო ნაკადი
ექსპერიმენტის დიზაინი
ნიმუშის მიწოდება
რნმ-ის ექსტრაქცია
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
სეკვენირება
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
ბიოინფორმატიკა
ტრანსკრიპტომის აწყობა და უნიგენის შერჩევა
Unigene-ის ანოტაცია
ნიმუშების კორელაცია და ბიოლოგიური რეპლიკების შეფასება
დიფერენცირებულად გამოხატული გენები (DEG)
DEG-ების ფუნქციური ანოტაცია
DEG-ების ფუნქციური გამდიდრება
გაეცანით BMKGene-ის ეუკარიოტული NGS mRNA სეკვენირების სერვისების მიერ ხელშეწყობილ მიღწევებს პუბლიკაციების შერჩეული კოლექციის მეშვეობით.
შენი, ფ. და სხვ. (2020) „დე ნოვო ტრანსკრიპტომის აწყობა და სქესის მიხედვით მიკერძოებული გენის ექსპრესია ამურის ლოქოს (Silurus asotus) სასქესო ჯირკვლებში“, გენომიკა, 112(3), გვ. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
ჟანგი, ს. და სხვ. (2016) „საქაროზის მეტაბოლიზმის ტრანსკრიპტომული ანალიზი ხახვის (Allium cepa L.) ბოლქვის შეშუპებისა და განვითარების დროს“, Frontiers in Plant Science, 7 (სექტემბერი), გვ. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
ჟუ, ს. და სხვ. (2017) „Sarcocheilichthys sinensis-ის ტრანსკრიპტომის de novo აწყობა, დახასიათება და ანოტაცია“, PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
ზოუ, ლ. და სხვ. (2021) „დე ნოვო ტრანსკრიპტომის ანალიზი იძლევა ინფორმაციას Podocarpus macrophyllus-ის მარილისადმი ტოლერანტობის შესახებ მარილიანობის სტრესის დროს“, BMC Plant Biology, 21(1), გვ. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
