PacBio 2+3 სრული სიგრძის mRNA ხსნარი
მახასიათებლები
● კვლევის დიზაინი:
ტრანსკრიპტის იზოფორმების იდენტიფიცირებისთვის PacBio-ს გამოყენებით სეკვენირებული იქნა გაერთიანებული ნიმუში
ცალკეული ნიმუშები (რეპლიკატები და შესამოწმებელი პირობები), რომლებიც თანმიმდევრობით არის განსაზღვრულიNGS ტრანსკრიპტის ექსპრესიის რაოდენობრივი განსაზღვრისთვის
● PacBio-ს სეკვენირება CCS რეჟიმში, HiFi წაკითხვის გენერირება
● სრული სიგრძის ტრანსკრიპტების თანმიმდევრობა
● ანალიზი არ საჭიროებს საცნობარო გენომს; თუმცა, მისი გამოყენება შესაძლებელია
● ბიოინფორმატიული ანალიზი მოიცავს არა მხოლოდ გენისა და იზოფორმის დონეზე ექსპრესიას, არამედ lncRNA-ს, გენების შერწყმის, პოლიადენილაციისა და გენის სტრუქტურის ანალიზსაც.
უპირატესობები
● მაღალი სიზუსტეHiFi-ს წაკითხვა >99.9%-იანი სიზუსტით (Q30), NGS-თან შედარებით
● ალტერნატიული შეერთების ანალიზიყველა ტრანსკრიპტის სეკვენირება იზოფორმის იდენტიფიცირებისა და დახასიათების საშუალებას იძლევა.
● PacBio-სა და NGS-ის ძლიერი მხარეების კომბინაციაის საშუალებას იძლევა ექსპრესიის რაოდენობრივი განსაზღვრისა იზოფორმის დონეზე, რაც ავლენს ცვლილებებს, რომლებიც შეიძლება შენიღბული იყოს მთელი გენის ექსპრესიის ანალიზისას.
● ფართო ექსპერტიზაჩვენ დავამუშავეთ 2300-ზე მეტი ნიმუში, ჩვენი გუნდი თითოეულ პროექტში დიდ გამოცდილებას იყენებს.
● გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერაჩვენი ვალდებულება პროექტის დასრულების შემდეგაც ვრცელდება და 3-თვიან გაყიდვის შემდგომ მომსახურებას გთავაზობთ. ამ პერიოდის განმავლობაში, ჩვენ გთავაზობთ პროექტის შემდგომ შემოწმებას, პრობლემების მოგვარებაში დახმარებას და კითხვა-პასუხის სესიებს შედეგებთან დაკავშირებული ნებისმიერი შეკითხვის გასაცემად.
ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება
| ბიბლიოთეკა | სეკვენირების სტრატეგია | რეკომენდებული მონაცემები | ხარისხის კონტროლი |
| PolyA-თი გამდიდრებული mRNA CCS ბიბლიოთეკა | PacBio-ს გაგრძელება II PacBio Revio | 20/40 გბ 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| პოლი A-თი გამდიდრებული | ილუმინა PE150 | 6-10 გბ | Q30≥85% |
ნუკლეოტიდები
|
| კონცენტრაცია (ნგ/მკლ) | რაოდენობა (მკგ) | სიწმინდე | მთლიანობა |
| ილუმინას ბიბლიოთეკა | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 გელზე ცილის ან დნმ-ის დაბინძურება შეზღუდულია ან საერთოდ არ ჩანს. | მცენარეებისთვის: RIN≥4.0; ცხოველებისთვის: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; შეზღუდული ან საერთოდ არ არის საბაზისო დონის ამაღლება |
| PacBio ბიბლიოთეკა | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 გელზე ცილის ან დნმ-ის დაბინძურება შეზღუდულია ან საერთოდ არ ჩანს. | მცენარეები: RIN≥7.5 ცხოველები: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; შეზღუდული ან საერთოდ არ არის საბაზისო დონის ამაღლება |
რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება
კონტეინერი: 2 მლ ცენტრიფუგის მილი (თუნის ფოლგა არ არის რეკომენდებული)
ნიმუშის მარკირება: დაჯგუფება+გამეორება მაგ. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
გადაზიდვა:
1. მშრალი ყინული:ნიმუშები უნდა შეიფუთოს პარკებში და ჩამარხოს მშრალ ყინულში.
2. რნმ-სტაბილური მილები: რნმ-ის ნიმუშების გაშრობა შესაძლებელია რნმ-ის სტაბილიზაციის მილში (მაგ. RNAstable®) და ოთახის ტემპერატურაზე გადაზიდვა.
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
- ნედლი მონაცემები
- ხარისხის კონტროლი
- ალტერნატიული პოლიადენილაციის ანალიზი (APA)
- შერწყმული ტრანსკრიპტის ანალიზი
- ალტერნატიული სპლაისინგის ანალიზი
- უნივერსალური ერთასლიანი ორთოლოგების (BUSCO) ანალიზის შედარება
- ახალი ტრანსკრიპტის ანალიზი: კოდირების თანმიმდევრობების პროგნოზირება (CDS) და ფუნქციური ანოტაცია
- lncRNA ანალიზი: lncRNA-ს და სამიზნეების პროგნოზირება
- მიკროსატელიტური იდენტიფიკაცია (SSR)
- დიფერენცირებულად გამოხატული ტრანსკრიპტების (DETs) ანალიზი
- დიფერენცირებულად ექსპრესირებული გენების (DEG) ანალიზი
- DEG-ებისა და DET-ების ფუნქციური ანოტაცია
BUSCO-ს ანალიზი
ალტერნატიული სპლაისინგის ანალიზი
ალტერნატიული პოლიადენილაციის ანალიზი (APA)
დიფერენცირებულად გამოხატული გენები (DEG) და ტრანსკრიპტები (DETs9 ანალიზი)
DET-ებისა და DEG-ების ცილა-ცილის ურთიერთქმედების ქსელები
გაეცანით BMKGene-ის PacBio 2+3 სრულმეტრაჟიანი mRNA სეკვენირების შედეგად მიღწეულ მიღწევებს პუბლიკაციების შერჩეული კოლექციის მეშვეობით.
ჩაო, კ. და სხვ. (2019) „Populus-ის ღეროს ტრანსკრიპტომის განვითარების დინამიკა“,მცენარეთა ბიოტექნოლოგიის ჟურნალი, 17(1), გვ. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
დენგი, ჰ. და სხვ. (2022) „ასკორბინის მჟავას შემცველობის დინამიური ცვლილებები Actinidia latifolia-ს (ასკორბატით მდიდარი ხილის კულტურა) ნაყოფის განვითარებისა და დამწიფების დროს და მასთან დაკავშირებული მოლეკულური მექანიზმები“,მოლეკულური მეცნიერებების საერთაშორისო ჟურნალი, 23(10), გვ. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
ჰუა, X. და სხვ. (2022) „პარიზის პოლიფილაში ბიოაქტიურ პოლიფილინებში ჩართული ბიოსინთეზური გზის გენების ეფექტური პროგნოზირება“.კომუნიკაციების ბიოლოგია2022 5:1, 5(1), გვ. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
ლიუ, მ. და სხვ. (2023) „Tuta absoluta (მეირიკის) ტრანსკრიპტომისა და ციტოქრომ P450 გენების კომბინირებული PacBio Iso-Seq და Illumina RNA-Seq ანალიზი“.მწერები, 14(4), გვ. 363. doi: 10.3390/INSETS14040363/S1.
ვანგი, ლიჯუნი და სხვ. (2019) „ტრანსკრიპტომის სირთულის კვლევა PacBio-ს ერთმოლეკულური რეალურ დროში ანალიზის გამოყენებით Illumina-ს რნმ-ის სეკვენირებასთან ერთად Ricinus communis-ში რიცინოლეინის მჟავას ბიოსინთეზის უკეთ გასაგებად“.BMC გენომიკა, 20(1), გვ. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
