მცენარეთა/ცხოველთა დე ნოვო გენომის თანმიმდევრობა
სერვისის უპირატესობები
თანმიმდევრობის პლატფორმების და ბიოინფორმატიკის განვითარებადე ნოვოგენომის შეკრება
(Amarasinghe SL et al.,გენომის ბიოლოგია, 2020)
● ახალი გენომების აგება და არსებული საცნობარო გენომების გაუმჯობესება საინტერესო სახეობებისთვის.
● შეკრების უფრო მაღალი სიზუსტე, უწყვეტობა და სისრულე
● ფუნდამენტური რესურსის აგება მიმდევრობის პოლიმორფიზმის, QTL-ების, გენის რედაქტირების, გამრავლების და ა.შ.
● აღჭურვილია მესამე თაობის თანმიმდევრობის პლატფორმების სრული სპექტრით: გენომის შეკრების ერთჯერადი გადაწყვეტა
● მოქნილი თანმიმდევრობის და აწყობის სტრატეგიები, რომლებიც ასრულებენ სხვადასხვა გენომებს სხვადასხვა მახასიათებლებით
● მაღალკვალიფიციური ბიოინფორმატიკოსთა გუნდი დიდი გამოცდილებით კომპლექსური გენომის შეკრებების, მათ შორის პოლიპლოიდების, გიგანტური გენომების და ა.შ.
● 100-ზე მეტი წარმატებული შემთხვევა დაგროვებითი გამოქვეყნებული ზემოქმედების ფაქტორით 900-ზე მეტი
● ქრომოსომის დონეზე გენომის შეკრების დრო 3 თვეა.
● მყარი ტექნიკური მხარდაჭერა პატენტების სერიით და პროგრამული უზრუნველყოფის საავტორო უფლებებით, როგორც ექსპერიმენტულ მხარეში, ასევე ბიოინფორმატიკაში.
სერვისის სპეციფიკაციები
|
შინაარსი
|
Პლატფორმა
|
წაკითხვის სიგრძე
|
გაშუქება
|
| გენომის კვლევა
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| გენომის თანმიმდევრობა
| PacBio Revio
| 15 კბ HiFi კითხულობს
| ≥ 30X
|
| Hi-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
სამუშაო ნაკადი
ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება
ნიმუშის მოთხოვნები:
| სახეობა | ქსოვილის | PacBio-სთვის | ნანოპორისთვის |
| ცხოველები | ვისცერული ორგანოები (ღვიძლი, ელენთა და ა.შ.) | ≥ 1.0 გ | ≥ 3,5 გ |
| კუნთი | ≥ 1,5 გ | ≥ 5.0 გ | |
| ძუძუმწოვრების სისხლი | ≥ 1.5 მლ | ≥ 5.0 მლ | |
| თევზის ან ფრინველის სისხლი | ≥ 0.2 მლ | ≥ 0,5 მლ | |
| მცენარეები | ახალი ფოთლები | ≥ 1,5 გ | ≥ 5.0 გ |
| ფურცელი ან ღერო | ≥ 3,5 გ | ≥ 10.0 გ | |
| ფესვები ან თესლი | ≥ 7.0 გ | ≥ 20.0 გ | |
| უჯრედები | უჯრედის კულტურა | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება
კონტეინერი: 2 მლ ცენტრიფუგის მილაკი (თუნუქის ფოლგა არ არის რეკომენდებული)
ნიმუშების უმეტესობისთვის ჩვენ გირჩევთ არ შეინახოთ ეთანოლში.
ნიმუშის მარკირება: ნიმუშები უნდა იყოს მკაფიოდ დატანილი და იდენტური იყოს წარმოდგენილი ნიმუშის ინფორმაციის ფორმისა.
გადაზიდვა: მშრალი ყინული: ნიმუშები ჯერ უნდა შეიფუთოს ჩანთებში და დამარხონ მშრალ ყინულში.
სერვისის სამუშაო ნაკადი
ექსპერიმენტის დიზაინი
ნიმუშის მიწოდება
დნმ-ის ექსტრაქცია
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
Მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
*აქ ნაჩვენები დემო შედეგები ყველა არის Biomarker Technologies-ით გამოქვეყნებული გენომებიდან
1.ცირკები ქრომოსომის დონის გენომის შეკრებაზეG. rotundifoliumNanopore თანმიმდევრობის პლატფორმის მიერ
ვანგ მ და სხვ.მოლეკულური ბიოლოგია და ევოლუცია2021 წელი
2.ვეინინგის ჭვავის გენომის შეკრებისა და ანოტაციის სტატისტიკა
ლი ჯი და სხვ.ბუნების გენეტიკა2021 წელი
3.გენის პროგნოზირებასექიუმის ედულიგენომი, მიღებული პროგნოზირების სამი მეთოდიდან:ახალიპროგნოზირება, ჰომოლოგიაზე დაფუძნებული პროგნოზირება და RNA-Seq მონაცემების საფუძველზე პროგნოზირება
ფუ ა და სხვ.მებაღეობის კვლევა2021 წელი
4. ხელუხლებელი გრძელი ტერმინალის იდენტიფიკაცია ბამბის სამ გენომში
ვანგ მ და სხვ.მოლეკულური ბიოლოგია და ევოლუცია2021 წელი
5.Hi-C სითბოს რუკაC. acuminataგენომი, რომელიც გვიჩვენებს გენომის მასშტაბით ყველა-ერთზე ურთიერთქმედებებს.Hi-C ურთიერთქმედებების ინტენსივობა პროპორციულია კონტიგებს შორის წრფივი მანძილისა.სუფთა სწორი ხაზი ამ სითბოს რუკაზე მიუთითებს ქრომოსომებზე კონტიგების უაღრესად ზუსტ დამაგრებაზე.(გამაგრების კოეფიციენტი: 96.03%)
კანგ მ და სხვ.,ბუნების კომუნიკაციები,2021 წელი
BMK საქმე
მაღალი ხარისხის გენომის შეკრება ხაზს უსვამს ჭვავის გენომურ მახასიათებლებს და აგრონომიულად მნიშვნელოვან გენებს
გამოქვეყნებულია: ბუნების გენეტიკა2021 წელი
თანმიმდევრობის სტრატეგია:
გენომის ასამბლეა: PacBio CLR რეჟიმი 20 კბ ბიბლიოთეკით (497 გბ, დაახლ. 63×)
თანმიმდევრობის კორექტირება: NGS 270 bp დნმ ბიბლიოთეკით (430 გბ, დაახლოებით 54×) Illumina პლატფორმაზე
დამაგრება: Hi-C ბიბლიოთეკა (560 გბ, დაახლოებით 71×) Illumina პლატფორმაზე
ოპტიკური რუკა: (779,55 გბ, დაახლოებით 99×) Bionano Irys-ზე
ძირითადი შედეგები
1. გამოქვეყნდა ვეინინგის ჭვავის გენომის ერთობლიობა გენომის საერთო ზომით 7.74 გბ (98.74% გენომის სავარაუდო ზომის ნაკადის ციტომეტრიით).ამ ასამბლეის ხარაჩო N50 მიაღწია 1.04 გბ.კონტიგების 93,67% წარმატებით იყო დამაგრებული 7 ფსევდოქრომოსომაზე.ეს შეკრება შეფასდა კავშირის რუქით, LAI და BUSCO, რამაც გამოიწვია მაღალი ქულები ყველა შეფასებაში.
2. ამ გენომის ბაზაზე ჩატარდა შემდგომი კვლევები შედარებითი გენომიკის, გენეტიკური კავშირის რუკის, ტრანსკრიპტომიური კვლევების შესახებ.გამოვლინდა გენომური მახასიათებლების მთელი რიგი, მათ შორის გენომის მასშტაბით გენების დუბლირება და მათი გავლენა სახამებლის ბიოსინთეზის გენებზე;პროლამინის კომპლექსური ლოკების ფიზიკური ორგანიზაცია, გენის ექსპრესიის მახასიათებლები, რომლებიც საფუძვლად უდევს ადრეულ სათავე ნიშანს და სავარაუდო მოშინაურებასთან ასოცირებული ქრომოსომული რეგიონები და ლოკუსები ჭვავაში.
 ცირკის დიაგრამა ვეინინგის ჭვავის გენომის გენომიურ მახასიათებლებზე |  ჭვავის გენომის ევოლუციური და ქრომოსომის სინტენიის ანალიზი |
ლი, გ., ვანგი, ლ., იანგი, ჯ.და სხვ.მაღალი ხარისხის გენომის შეკრება ხაზს უსვამს ჭვავის გენომურ მახასიათებლებს და აგრონომიულად მნიშვნელოვან გენებს.ნატ ჟენეტი 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
