მცენარის/ცხოველის მთლიანი გენომის სეკვენირება
სერვისის მახასიათებლები
დე ნოვო
ეს ტექნიკა განსაკუთრებით სასარგებლოა რთული გენომებისთვის, როგორიცაა მაღალი ხარისხის ჰეტეროზიგოტობის, განმეორებადი რეგიონების, პოლიპოლოიდური გენომების, CG პათოლოგიური შემცველობის მქონე გენომები და ა.შ.
ჩვენი ერთიანი გადაწყვეტა უზრუნველყოფს ინტეგრირებულ სეკვენირების სერვისებსა და ბიოინფორმატიულ ანალიზს, რომელიც უზრუნველყოფს მაღალი ხარისხის de novo აწყობილ გენომს. Illumina-ს გამოყენებით გენომის საწყისი კვლევა იძლევა გენომის ზომისა და სირთულის შეფასების საშუალებას და ეს ინფორმაცია გამოიყენება PacBio HiFi-ის გამოყენებით ხანგრძლივი წაკითხვის სეკვენირების შემდეგი ეტაპის წარმართვისთვის, რასაც მოჰყვება...დე ნოვოკონტიგების აწყობა. HiC აწყობის შემდგომი გამოყენება კონტიგების გენომთან მიმაგრების საშუალებას იძლევა, რაც ქრომოსომის დონის აწყობას იძლევა. და ბოლოს, გენომი ანოტირდება გენების პროგნოზირებით და ექსპრესირებული გენების სეკვენირებით, მოკლე და გრძელი წაკითხვის ტრანსკრიპტომების გამოყენებით.
-- მრავალი სეკვენირებისა და ბიოინფორმატიკული სერვისების ინტეგრაცია ერთიან გადაწყვეტაშირომანის შექმნისთვის შესაფერისი სერვისი
-- საინტერესო სახეობების გენომები ან არსებული საცნობარო გენომების გაუმჯობესება.
რესექვენირება
-- ბიბლიოთეკის მომზადება შეიძლება იყოს სტანდარტული ან PCR-ის გარეშე
-- ხელმისაწვდომია 4 სეკვენირების პლატფორმაზე: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 ან PacBio Revio.
-- ბიოინფორმატიული ანალიზი, რომელიც ფოკუსირებულია ვარიანტების გამოძახებაზე: SNP, InDel, SV და CNV
მომსახურების უპირატესობები
●ვრცელი ექსპერტიზა და პუბლიკაციების ჩანაწერი: ამისთვისდე ნოვოსერვისების ფარგლებში, ჩვენ დაგვიგროვდა უზარმაზარი გამოცდილება მრავალფეროვანი სახეობების მაღალი ხარისხის გენომის აწყობაში, მათ შორის დიპლოიდური გენომებისა და პოლიპლოიდური და ალოპოლიპლოიდური სახეობების უაღრესად რთული გენომების ჩათვლით. 2018 წლიდან მოყოლებული, ჩვენ წვლილი შევიტანეთ 300-ზე მეტ მაღალი გავლენიან პუბლიკაციაში, რომელთაგან 20+ გამოქვეყნებულია Nature Genetics-ში. გენომის ხელახალი სეკვენირებისას, ჩვენ დავაგროვეთ 1000-ზე მეტი სახეობა, რამაც გამოიწვია 1000-ზე მეტი გამოქვეყნებული შემთხვევა 5000-ზე მეტი კუმულაციური გავლენის ფაქტორით.
●ერთიანი გადაწყვეტა: ჩართულიადე ნოვოსეკვენირების ჩვენი ინტეგრირებული მიდგომა აერთიანებს სეკვენირების მრავალ ტექნოლოგიას და ბიოინფორმატიულ ანალიზს ერთიან სამუშაო პროცესში, რაც უზრუნველყოფს მაღალი ხარისხის აწყობილ გენომს.
●თქვენს საჭიროებებზე მორგებულიჩვენი სერვისის სამუშაო პროცესი მორგებადია, რაც საშუალებას იძლევა ადაპტირდეს მრავალფეროვანი მახასიათებლებისა და კონკრეტული კვლევითი საჭიროებების მქონე გენომებისთვის.
●მაღალკვალიფიციური ბიოინფორმატიკისა და ლაბორატორიის გუნდი: არის თუ არა ეს ამისთვისდე ნოვოსეკვენირების ან ხელახალი სეკვენირების შემთხვევაში, ჩვენს გუნდს გააჩნია კვალიფიციური ინსტრუმენტებისა და ცოდნის ნაკრები, რათა უზრუნველყოს პროექტის წარმატება. ეს დასტურდება მათ მიერ შემუშავებული პატენტებისა და პროგრამული უზრუნველყოფის საავტორო უფლებების სერიით.
● გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერა:ჩვენი ვალდებულება პროექტის დასრულების შემდეგაც ვრცელდება და 3-თვიან გაყიდვის შემდგომ მომსახურებას გთავაზობთ. ამ პერიოდის განმავლობაში, ჩვენ გთავაზობთ პროექტის შემდგომ შემოწმებას, პრობლემების მოგვარებაში დახმარებას და კითხვა-პასუხის სესიებს შედეგებთან დაკავშირებული ნებისმიერი შეკითხვის გასაცემად.
●ყოვლისმომცველი ბიოინფორმატიკური ანალიზი: მათ შორის ვარიაციის გამოძახება და ფუნქციის ანოტაცია.
●ყოვლისმომცველი ანოტაცია თანმიმდევრობისთვისჩვენ ვიყენებთ რამდენიმე მონაცემთა ბაზას, რათა ფუნქციურად შევადაროთ გენები იდენტიფიცირებული ვარიაციებით და ჩავატაროთ შესაბამისი გამდიდრების ანალიზი, რაც თქვენს კვლევით პროექტებზე ინფორმაციას მოგაწვდით.
სერვისის სპეციფიკაციები
| იდენტიფიცირებადი ვარიანტები | სეკვენირების სტრატეგია | რეკომენდებული სიღრმე |
| შოტლანდიის ეროვნული პარტია და InDel | Illumina NovaSeq PE150 ან MGI T7 | 10x |
| SV და CNV (ნაკლებად ზუსტი) | 30x | |
| SV და CNV (უფრო ზუსტი) | ნანოპორ პრომ P48 | 20x |
| SNP-ები, Indel-ები, SV და CNV | PacBio Revio | 10x |
ნიმუშის მოთხოვნები
| ქსოვილის ან ექსტრაქტირებული ნუკლეინის მჟავები | Illumina/MGI | ნანოფორი | პაკბიო
| ||
| ცხოველის შიგნეულობა | 0.5-1 გ | ≥ 3.5 გ
| ≥ 3.5 გ
| ||
| ცხოველური კუნთი | ≥ 5 გ
| ≥ 5 გ
| |||
| ძუძუმწოვრების სისხლი | 1.5 მლ | ≥ 0.5 მლ
| ≥ 5 მლ
| ||
| ფრინველის/თევზის სისხლი | ≥ 0.1 მლ
| ≥ 0.5 მლ
| |||
| მცენარე - ახალი ფოთოლი | 1-2 გ | ≥ 2 გ
| ≥ 5 გ
| ||
| კულტივირებული უჯრედები |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| მწერის რბილი ქსოვილი/ინდივიდი | 0.5-1 გ | ≥ 1 გ
| ≥ 3 გ
| ||
| ექსტრაგირებული დნმ
| კონცენტრაცია: ≥ 1 ნგ/µლ რაოდენობა: ≥ 30 ნგ შეზღუდული ან საერთოდ არ არის დეგრადაცია ან დაბინძურება
| კონცენტრაცია თანხა
OD260/280
OD260/230
შეზღუდული ან საერთოდ არ არის დეგრადაცია ან დაბინძურება
| ≥ 40 ნგ/მკლ 4 მკგ/ნაკადის უჯრედი/ნიმუში
1.7-2.2
≥1.5 | კონცენტრაცია თანხა
OD260/280
OD260/230
შეზღუდული ან საერთოდ არ არის დეგრადაცია ან დაბინძურება | ≥ 50 ნგ/µლ 10 მკგ/ფლოუ-უჯრედი/ნიმუში
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| PCR-ის გარეშე ბიბლიოთეკის მომზადება: კონცენტრაცია ≥ 40 ნგ/მლ რაოდენობა ≥ 500 ნგ | |||||
მომსახურების სამუშაო ნაკადი
ნიმუშის მიწოდება
დნმ-ის ექსტრაქცია
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
სეკვენირება
მონაცემთა ანალიზი
მონაცემთა მიწოდება
დე ნოვობიოინფორმატიკული მილსადენი
თუ გსურთ იხილოთ ჩვენი სხვადასხვა მილსადენების მიმოხილვა აწყობისთვის:
სრული ბიოინფორმატიკური ანალიზი, დაყოფილი 4 ეტაპად:
1. გენომის კვლევა, k-mer ანალიზის საფუძველზე NGS წაკითხვით.ის მოგაწვდით ინფორმაციას შემდეგის შესახებ:
- გენომის ზომის შეფასება
- ჰეტეროზიგოტურობის შეფასება
- განმეორებადი რეგიონების შეფასება
2. გენომის ასამბლეა PacBio HiFi-ის გამოყენებით.გრძელი წაკითხვის გამოყენება მოგვცემს:
- დე ნოვოშეკრება
- აწყობის შეფასება: მათ შორის BUSCO ანალიზი გენომის სისრულისთვის და NGS და PacBio HiFi წაკითხვის მონაცემების რუკების შედგენა.
3. Hi-C ასამბლეა.აწყობის შემდეგ, გენომის 3D სტრუქტურის შესახებ ინფორმაციის ქონა გააღრმავებს ცოდნას და გაამდიდრებს ჩვენს მიერ შექმნილ საცნობარო გენომს.
- Hi-C ბიბლიოთეკის ხარისხის კონტროლი Hi-C ურთიერთქმედებების ვალიდური შესაფასებლად.
- Hi-C აწყობა. ჩვენ გავაკეთებთ კონტიგების ჯგუფებად დაჯგუფებას, რასაც მოჰყვება კონტიგების დალაგება თითოეულ ჯგუფში და კონტიგების ორიენტაციის მინიჭება.
- Hi-C შეფასება
4. გენომის ანოტაცია:
- არაკოდირებული რნმ-ის პროგნოზირება
- განმეორებითი თანმიმდევრობების იდენტიფიკაცია (ტრანსპოზონები და ტანდემური გამეორებები)
- გენის პროგნოზირება
- დე ნოვო: ab initio ალგორითმები
- ჰომოლოგიაზე დაფუძნებული
- ტრანსკრიპტომზე დაფუძნებული, გრძელი და მოკლე წაკითხვებით: წაკითხვებიადე ნოვოაწყობილი ან მიმაგრებული გენომის პროექტზე
- პროგნოზირებული გენების ანოტაცია მრავალი მონაცემთა ბაზით
ხელახალი სეკვენირებაბიოინფორმატიკული მილსადენი
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
- ნედლი მონაცემების ხარისხის კონტროლი
- საცნობარო გენომთან შესაბამისობის სტატისტიკა
- ვარიანტის იდენტიფიკაცია: SNP, InDel, SV და CNV
- ვარიანტების ფუნქციური ანოტაცია
საცნობარო გენომთან შესაბამისობის სტატისტიკა - სეკვენირების სიღრმის განაწილება
SNP-ის გამოძახება მრავალ ნიმუშს შორის
InDel-ის იდენტიფიკაცია - InDel-ის სიგრძის სტატისტიკა CDS რეგიონში და გენომის მასშტაბით რეგიონში
ვარიანტული განაწილება გენომში – Circos დიაგრამა
იდენტიფიცირებული ვარიანტების მქონე გენების ფუნქციური ანოტაცია – გენის ონტოლოგია
ჩაი, ქ. და სხვ. (2023) „გლუტათიონ S-ტრანსფერაზა GhTT19 განსაზღვრავს ყვავილის ფურცლების პიგმენტაციას ბამბაში ანთოციანინების დაგროვების რეგულირების გზით“.მცენარეთა ბიოტექნოლოგიის ჟურნალი, 21(2), გვ. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
ჩენგი, ჰ. და სხვ. (2023) „ქრომოსომის დონის ველური Hevea brasiliensis-ის გენომი უზრუნველყოფს ახალ ინსტრუმენტებს გენომური დახმარებით გამრავლებისთვის და ძვირფას ლოკუსებს კაუჩუკის მოსავლიანობის გასაზრდელად“,მცენარეთა ბიოტექნოლოგიის ჟურნალი, 21(5), გვ. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
ლი, ს. და სხვ. (2021) „გენომის თანმიმდევრობები ავლენს გლობალური გავრცელების გზებს და მიუთითებს ზღვის ცხენის ევოლუციაში კონვერგენტულ გენეტიკურ ადაპტაციებზე“.ბუნების კომუნიკაციები, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
ლი, ი. და სხვ. (2023) „მასშტაბური ქრომოსომული ცვლილებები იწვევს გენომის დონის ექსპრესიის ცვლილებებს, გარემოს ადაპტაციას და სახეობების წარმოქმნას გეიალის (Bos frontalis) შემთხვევაში“,მოლეკულური ბიოლოგია და ევოლუცია, 40 (1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
ტიანი, თ. და სხვ. (2023) „გვალვაგამძლე სიმინდის გერმპლაზმის გენომის ასამბლეა და გენეტიკური დისექცია“,ბუნების გენეტიკა 202355:3, 55(3), გვ. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
ჟანგი, ფ. და სხვ. (2023) „ტროპანის ალკალოიდის ბიოსინთეზის ევოლუციის გამოვლენა ზამბახისებრთა ოჯახის ორი გენომის ანალიზით“,ბუნების კომუნიკაციები2023 14:1, 14(1), გვ. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
ზენგი, თ. და სხვ. (2022) „ჩინელი ადგილობრივი ქათმების გენომისა და მეთილირების ცვლილებების ანალიზი დროთა განმავლობაში სახეობების კონსერვაციის შესახებ ინფორმაციას გვაწვდის“.კომუნიკაციების ბიოლოგია, 5(1), გვ. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
რთული შემთხვევების ანალიზი:
ტელომერებიდან ტელომერებამდე შეერთება:ფუ, ა. და სხვ. (2023) „მწარე ნესვის (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) ტელომერებისა და ტელომერების გენომის შეერთება ნაყოფის განვითარებას, შემადგენლობას და დამწიფების გენეტიკურ მახასიათებლებს ავლენს“.მებაღეობის კვლევა, 10 (1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
ჰაპლოტიპის ასამბლეა:ჰუ, ვ. და სხვ. (2021) „ალელით განსაზღვრული გენომი მანიჰოტის ევოლუციის დროს ბიალელური დიფერენციაციის გამოვლენას ახდენს“.მოლეკულური ქარხანა, 14(6), გვ.851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
გიგანტური გენომის ასამბლეა:იუანი, ჯ. და სხვ. (2022) „ხის პეონის, Paeonia ostii-ს გიგაქრომოსომებისა და გიგაგენომის გენომური საფუძველი“,ბუნების კომუნიკაციები2022 13:1, 13(1), გვ. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
პოლიპლოიდური გენომის ასამბლეა:ჟანგი, ქ. და სხვ. (2022) „აუტოპოლიპლოიდური შაქრის ლერწმის Saccharum spontaneum-ის ბოლოდროინდელი ქრომოსომული რედუქციის გენომური ანალიზი“.ბუნების გენეტიკა 202254:6, 54(6), გვ. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
