-
PacBio-ს სრული სიგრძის 16S/18S/ITS ამპლიკონების სეკვენირება
Amplicon (16S/18S/ITS) პლატფორმა შემუშავებულია მიკრობული მრავალფეროვნების პროექტის ანალიზში მრავალწლიანი გამოცდილების საფუძველზე, რომელიც მოიცავს სტანდარტიზებულ საბაზისო ანალიზს და პერსონალიზებულ ანალიზს: საბაზისო ანალიზი მოიცავს მიმდინარე მიკრობული კვლევის ძირითად ანალიზის შინაარსს, ანალიზის შინაარსი მდიდარი და ყოვლისმომცველია, ხოლო ანალიზის შედეგები წარმოდგენილია პროექტის ანგარიშების სახით; პერსონალიზებული ანალიზის შინაარსი მრავალფეროვანია. ნიმუშების შერჩევა და პარამეტრების მოქნილად დაყენება შესაძლებელია ძირითადი ანალიზის ანგარიშისა და კვლევის მიზნის შესაბამისად, პერსონალიზებული მოთხოვნების რეალიზებისთვის. Windows ოპერაციული სისტემა, მარტივი და სწრაფი.
-
PacBio-ს სრული სიგრძის ტრანსკრიპტომი (არარეფერენციული)
Pacific Biosciences-ის (PacBio) იზოფორმების სეკვენირების მონაცემების შეყვანის შედეგად, ამ აპლიკაციას შეუძლია სრული სიგრძის ტრანსკრიპტის თანმიმდევრობების იდენტიფიცირება (აწყობის გარეშე). სრული სიგრძის თანმიმდევრობების საცნობარო გენომთან შესაბამისობაში მოყვანით, ტრანსკრიპტების ოპტიმიზაცია შესაძლებელია ცნობილი გენებით, ტრანსკრიპტებით, კოდირების რეგიონებით და ა.შ. ამ შემთხვევაში, შესაძლებელია mRNA სტრუქტურების უფრო ზუსტი იდენტიფიცირება, როგორიცაა ალტერნატიული სპლაისინგი და ა.შ. NGS ტრანსკრიპტომის თანმიმდევრობის მონაცემებთან ერთობლივი ანალიზი საშუალებას იძლევა უფრო ყოვლისმომცველი ანოტაციისა და ექსპრესიის უფრო ზუსტი რაოდენობრივი განსაზღვრის ტრანსკრიპტის დონეზე, რაც დიდწილად სასარგებლოა დიფერენციალური ექსპრესიისა და ფუნქციური ანალიზისთვის.
-
ინსტრუმენტების ნაკრები
BMKCloud წამყვანი ბიოინფორმატიული პლატფორმაა, რომელიც გენომური პროგრამებისთვის ერთიან გადაწყვეტას სთავაზობს და რომელსაც ფართოდ ენდობიან მკვლევარები სხვადასხვა სფეროში, მათ შორის მედიცინაში, სოფლის მეურნეობაში, გარემოსდაცვით და ა.შ. BMKCloud-ი ვალდებულია უზრუნველყოს ინტეგრირებული, საიმედო და ეფექტური სერვისები, მათ შორის ბიოინფორმატიული ანალიზის პლატფორმები და ინსტრუმენტები, გამოთვლითი რესურსები, საჯარო მონაცემთა ბაზა, ბიოინფორმატიული ონლაინ კურსები და ა.შ. BMKCloud-ს აქვს სხვადასხვა ხშირად გამოყენებადი ბიოინფორმატიული ინსტრუმენტები, მათ შორის გენების ანოტაცია, ევოლუციური გენეტიკური ინსტრუმენტები, ncRNA, მონაცემთა ხარისხის კონტროლი, აწყობა, გასწორება, მონაცემთა ამოღება, მუტაციები, სტატისტიკა, ფიგურების გენერატორი, თანმიმდევრობის ანალიზი და ა.შ.
-
მცირე რნმ
მცირე რნმ-ები წარმოადგენს მოკლე, არაკოდირებული რნმ-ის ტიპს, საშუალო სიგრძით 18-30 ნტ, მათ შორის miRNA, siRNA და piRNA. ეს მცირე რნმ-ები მასობრივად მონაწილეობენ სხვადასხვა ბიოლოგიურ პროცესებში, როგორიცაა mRNA-ს დეგრადაცია, ტრანსლაციის ინჰიბირება, ჰეტეროქრომატინის წარმოქმნა და ა.შ. მცირე რნმ-ის სეკვენირების ანალიზი ფართოდ გამოიყენება ცხოველების/მცენარეების განვითარების, დაავადებების, ვირუსების და ა.შ. კვლევებში. მცირე რნმ-ის სეკვენირების ანალიზის პლატფორმა შედგება სტანდარტული ანალიზისა და მოწინავე მონაცემთა მოპოვებისგან. RNA-seq მონაცემების საფუძველზე, სტანდარტული ანალიზით შესაძლებელია miRNA-ს იდენტიფიკაცია და პროგნოზირება, miRNA სამიზნე გენის პროგნოზირება, ანოტაცია და ექსპრესიის ანალიზი. მოწინავე ანალიზი საშუალებას იძლევა მორგებული miRNA-ს ძიებისა და ექსტრაქციის, ვენის დიაგრამის გენერირების, miRNA-ს და სამიზნე გენების ქსელის შექმნის.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS არის მთელი გენომის ხელახალი სეკვენირების ანალიზის პლატფორმა, რომელიც შემუშავებულია ბიომარკერების ტექნოლოგიებში მდიდარი გამოცდილების საფუძველზე. ეს მარტივი გამოსაყენებელი პლატფორმა საშუალებას იძლევა სწრაფად წარადგინოთ ინტეგრირებული ანალიზის სამუშაო პროცესი რამდენიმე ძირითადი პარამეტრის დაყენებით, რომელიც შეესაბამება როგორც Illumina პლატფორმიდან, ასევე BGI სეკვენირების პლატფორმიდან გენერირებულ დნმ-ის სეკვენირების მონაცემებს. ეს პლატფორმა განლაგებულია მაღალი წარმადობის გამოთვლით სერვერზე, რაც უზრუნველყოფს მონაცემთა მაღალეფექტურ ანალიზს ძალიან შეზღუდულ დროში. პერსონალიზებული მონაცემთა მოპოვება ხელმისაწვდომია სტანდარტული ანალიზის საფუძველზე, მათ შორის მუტირებული გენის მოთხოვნა, PCR პრაიმერის დიზაინი და ა.შ.
-
mRNA (რეფერენსი)
ტრანსკრიპტომი წარმოადგენს კავშირს გენომურ გენეტიკურ ინფორმაციასა და ბიოლოგიური ფუნქციის პროტეომას შორის. ტრანსკრიპციული დონის რეგულირება ორგანიზმების ყველაზე მნიშვნელოვანი და ყველაზე ფართოდ შესწავლილი რეგულირების რეჟიმია. ტრანსკრიპტომის სეკვენირებას შეუძლია ტრანსკრიპტომის სეკვენირება ნებისმიერ დროს ან ნებისმიერ პირობებში, ერთი ნუკლეოტიდის სიზუსტით. მას შეუძლია დინამიურად ასახოს გენის ტრანსკრიფციის დონე, ერთდროულად ამოიცნოს და რაოდენობრივად განსაზღვროს იშვიათი და ნორმალური ტრანსკრიპტები და მოგვაწოდოს ნიმუშის სპეციფიკური ტრანსკრიპტების სტრუქტურული ინფორმაცია.
ამჟამად, ტრანსკრიპტომების სეკვენირების ტექნოლოგია ფართოდ გამოიყენება აგრონომიაში, მედიცინასა და სხვა კვლევით სფეროებში, მათ შორის ცხოველთა და მცენარეთა განვითარების რეგულირებაში, გარემოსთან ადაპტაციაში, იმუნურ ურთიერთქმედებაში, გენების ლოკალიზაციაში, სახეობების გენეტიკურ ევოლუციასა და სიმსივნეებისა და გენეტიკური დაავადებების გამოვლენაში.
-
მეტაგენომიკა (NGS)
ეს ანალიტიკური პლატფორმა შექმნილია მრავალწლიანი გამოცდილების საფუძველზე მეტაგენომიკური მონაცემების სწრაფი ანალიზისთვის. ის შედგება ინტეგრირებული სამუშაო პროცესისგან, რომელიც შეიცავს სხვადასხვა ხშირად საჭირო მეტაგენომიკურ ანალიზს, მათ შორის მონაცემთა დამუშავებას, სახეობის დონის კვლევებს, გენის ფუნქციის დონის კვლევებს, მეტაგენომის დაჯგუფებას და ა.შ. გარდა ამისა, სტანდარტული ანალიზის სამუშაო პროცესის ფარგლებში ხელმისაწვდომია მონაცემთა მოპოვების მორგებული ინსტრუმენტები, მათ შორის გენისა და სახეობის მოთხოვნა, პარამეტრების დაყენება, პერსონალიზებული ფიგურების გენერირება და ა.შ.
-
LncRNA
გრძელი არაკოდირებული რნმ (lncRNA) წარმოადგენს 200 ნტ-ზე მეტი სიგრძის ტრანსკრიპტების ტიპს, რომლებსაც არ შეუძლიათ ცილების კოდირება. დაგროვილი მტკიცებულებები მიუთითებს, რომ lncRNA-ების უმეტესობა, სავარაუდოდ, ფუნქციონალურია. მაღალი გამტარუნარიანობის სეკვენირების ტექნოლოგიები და ბიოინფორმატიული ანალიზის ინსტრუმენტები საშუალებას გვაძლევს უფრო ეფექტურად გამოვავლინოთ lncRNA თანმიმდევრობები და პოზიციონირების ინფორმაცია და მივყავართ lncRNA-ების აღმოჩენამდე, რომლებსაც აქვთ მნიშვნელოვანი მარეგულირებელი ფუნქციები. BMKCloud ამაყობს, რომ სთავაზობს ჩვენს მომხმარებლებს lncRNA სეკვენირების ანალიზის პლატფორმას სწრაფი, საიმედო და მოქნილი lncRNA ანალიზის მისაღწევად.
-
GWAS
გენომის მასშტაბით ასოციაციის კვლევის (GWAS) მიზანია გენეტიკური ვარიანტების (გენოტიპის) იდენტიფიცირება, რომლებიც დაკავშირებულია სპეციფიკურ მახასიათებლებთან (ფენოტიპთან). GWA კვლევები იკვლევს გენეტიკურ მარკერებს დიდი რაოდენობის ინდივიდების მთელ გენომში და პროგნოზირებს გენოტიპ-ფენოტიპის ასოციაციებს სტატისტიკური ანალიზით პოპულაციის დონეზე. მთლიანი გენომის ხელახალი სეკვენირება პოტენციურად შეუძლია ყველა გენეტიკური ვარიანტის აღმოჩენა. ფენოტიპურ მონაცემებთან ერთად, GWAS-ის დამუშავება შესაძლებელია ფენოტიპთან დაკავშირებული SNP-ების, QTL-ების და კანდიდატი გენების იდენტიფიცირებისთვის, რაც მტკიცედ უჭერს მხარს თანამედროვე ცხოველთა/მცენარეთა სელექციას. SLAF არის თვითშემუშავებული გამარტივებული გენომის სეკვენირების სტრატეგია, რომელიც აღმოაჩენს გენომის მასშტაბით განაწილებულ მარკერებს, SNP-ებს. ეს SNP-ები, როგორც მოლეკულური გენეტიკური მარკერები, შეიძლება დამუშავდეს მიზნობრივ მახასიათებლებთან ასოციაციის კვლევებისთვის. ეს არის ეკონომიურად ეფექტური სტრატეგია გენეტიკური ვარიაციებით დაკავშირებული რთული მახასიათებლებთან იდენტიფიცირებისთვის.
-
ნანოფორების სრულმეტრაჟიანი ტრანსკრიპტომიკა
ორგანიზმებში რთული და ცვალებადი ალტერნატიული იზოფორმები გენების ექსპრესიისა და ცილების მრავალფეროვნების რეგულირების მნიშვნელოვან გენეტიკურ მექანიზმებს წარმოადგენს. ტრანსკრიპტის სტრუქტურების ზუსტი იდენტიფიკაცია გენების ექსპრესიის რეგულირების ნიმუშების სიღრმისეული შესწავლის საფუძველია. ნანოფორების სეკვენირების პლატფორმამ წარმატებით მიიყვანა ტრანსკრიპტომიური კვლევა იზოფორმის დონეზე. ეს ანალიზის პლატფორმა შექმნილია ნანოფორების პლატფორმაზე გენერირებული RNA-Seq მონაცემების გასაანალიზებლად საცნობარო გენომის საფუძველზე, რაც აღწევს როგორც გენის, ასევე ტრანსკრიპტების დონეზე თვისებრივ და რაოდენობრივ ანალიზს.
-
ცირკულატორ-რნმ
წრიული რნმ (circRNA) არის არაკოდირებადი რნმ-ის ტიპი, რომელიც ახლახან აღმოჩნდა, რომ სასიცოცხლო როლს ასრულებს მარეგულირებელ ქსელებში, რომლებიც ჩართულნი არიან განვითარებაში, გარემოსადმი რეზისტენტობაში და ა.შ. წრფივი რნმ მოლეკულებისგან განსხვავებით, მაგ. mRNA, lncRNA, circRNA-ს 3′ და 5′ ბოლოები ერთმანეთთან შეერთებულია წრიულ სტრუქტურაში, რაც იცავს მათ ეგზონუკლეაზას მონელებისგან და უფრო სტაბილურია, ვიდრე წრფივი რნმ-ს უმეტესობა. აღმოჩნდა, რომ CircRNA-ს აქვს მრავალფეროვანი ფუნქციები გენის ექსპრესიის რეგულირებაში. CircRNA-ს შეუძლია იმოქმედოს როგორც ceRNA, რომელიც კონკურენტულად უკავშირდება miRNA-ს, რომელიც ცნობილია როგორც miRNA ღრუბელი. CircRNA სეკვენირების ანალიზის პლატფორმა საშუალებას იძლევა circRNA სტრუქტურისა და ექსპრესიის ანალიზის, სამიზნის პროგნოზირების და რნმ მოლეკულების სხვა ტიპებთან ერთობლივი ანალიზის.
-
BSA
ჯგუფური სეგრეგანტული ანალიზის პლატფორმა შედგება ერთსაფეხურიანი სტანდარტული ანალიზისა და გაფართოებული ანალიზისგან, პარამეტრების მორგებული პარამეტრებით. BSA არის ტექნიკა, რომელიც გამოიყენება ფენოტიპთან ასოცირებული გენეტიკური მარკერების სწრაფად იდენტიფიცირებისთვის. BSA-ს ძირითადი სამუშაო პროცესი მოიცავს: 1. უკიდურესად საპირისპირო ფენოტიპების მქონე ინდივიდების ორი ჯგუფის შერჩევას; 2. ყველა ინდივიდის დნმ-ის, რნმ-ის ან SLAF-seq-ის (შემუშავებულია Biomarker-ის მიერ) გაერთიანებას დნმ-ის ორი მასის შესაქმნელად; 3. დიფერენციალური თანმიმდევრობების იდენტიფიცირებას საცნობარო გენომის ან მათ შორის, 4. კანდიდატთან დაკავშირებული რეგიონების პროგნოზირებას ED და SNP-ინდექსის ალგორითმით; 5. კანდიდატ რეგიონებში გენების ფუნქციური ანალიზი და გამდიდრება და ა.შ. ასევე ხელმისაწვდომია მონაცემთა უფრო მოწინავე მოპოვება, მათ შორის გენეტიკური მარკერების სკრინინგი და პრაიმერის დიზაინი.
-
ამპლიკონი (16S/18S/ITS)
Amplicon (16S/18S/ITS) პლატფორმა შემუშავებულია მიკრობული მრავალფეროვნების პროექტის ანალიზში მრავალწლიანი გამოცდილების საფუძველზე, რომელიც მოიცავს სტანდარტიზებულ საბაზისო ანალიზს და პერსონალიზებულ ანალიზს: საბაზისო ანალიზი მოიცავს მიმდინარე მიკრობული კვლევის ძირითად ანალიზის შინაარსს, ანალიზის შინაარსი მდიდარი და ყოვლისმომცველია, ხოლო ანალიზის შედეგები წარმოდგენილია პროექტის ანგარიშების სახით; პერსონალიზებული ანალიზის შინაარსი მრავალფეროვანია. ნიმუშების შერჩევა და პარამეტრების მოქნილად დაყენება შესაძლებელია ძირითადი ანალიზის ანგარიშისა და კვლევის მიზნის შესაბამისად, პერსონალიზებული მოთხოვნების რეალიზებისთვის. Windows ოპერაციული სისტემა, მარტივი და სწრაფი.
