-
ქრომატინის იმუნოპრეციპიტაციის თანმიმდევრობა (ChIP-seq)
ChIP-Seq უზრუნველყოფს დნმ-ის სამიზნეების გენომის მასშტაბურ პროფილს ჰისტონის მოდიფიკაციისთვის, ტრანსკრიფციის ფაქტორებისა და დნმ-თან დაკავშირებული სხვა პროტეინებისთვის.იგი აერთიანებს ქრომატინის იმუნო-ნალექის (ChIP) სელექციურობას ცილოვან-დნმ-ის სპეციფიკური კომპლექსების აღსადგენად, შემდეგი თაობის თანმიმდევრობის (NGS) სიმძლავრესთან ერთად აღდგენილი დნმ-ის მაღალი გამტარუნარიანობის თანმიმდევრობისთვის.გარდა ამისა, იმის გამო, რომ ცილა-დნმ კომპლექსები აღდგება ცოცხალი უჯრედებიდან, შემაკავშირებელი ადგილები შეიძლება შევადაროთ სხვადასხვა ტიპის უჯრედებსა და ქსოვილებში, ან სხვადასხვა პირობებში.აპლიკაციები მერყეობს ტრანსკრიპციული რეგულირებიდან განვითარების გზებიდან დაავადების მექანიზმებამდე და მის ფარგლებს გარეთ.
პლატფორმა: Illumina NovaSeq პლატფორმა
-
მეტაგენომიური თანმიმდევრობა -NGS
მეტაგენომი გულისხმობს ორგანიზმების შერეული საზოგადოების მთლიანი გენეტიკური მასალის კრებულს, როგორიცაა გარემოს მეტაგენომი, ადამიანის მეტაგენომი და ა.შ. იგი შეიცავს როგორც კულტივირებადი, ასევე დაუმუშავებელი მიკროორგანიზმების გენომებს.მეტაგენომიური თანმიმდევრობა არის მოლეკულური ინსტრუმენტი, რომელიც გამოიყენება გარემოს ნიმუშებიდან ამოღებული შერეული გენომის მასალების გასაანალიზებლად, რომელიც იძლევა დეტალურ ინფორმაციას სახეობების მრავალფეროვნებისა და სიმრავლის, პოპულაციის სტრუქტურის, ფილოგენეტიკური ურთიერთობის, ფუნქციური გენების და გარემო ფაქტორებთან კორელაციის ქსელის შესახებ.
Პლატფორმა:Illumina NovaSeq პლატფორმა
-
მეტაგენომიური თანმიმდევრობა-ნანოპორი
მეტაგენომიკა არის მოლეკულური ინსტრუმენტი, რომელიც გამოიყენება გარემოს ნიმუშებიდან ამოღებული შერეული გენომის მასალების გასაანალიზებლად, რომელიც გვაწვდის დეტალურ ინფორმაციას სახეობების მრავალფეროვნებისა და სიმრავლის, პოპულაციის სტრუქტურის, ფილოგენეტიკური ურთიერთობის, ფუნქციური გენების და გარემო ფაქტორებთან კორელაციის ქსელის შესახებ და ა.შ. მეტაგენომიკურ კვლევებამდე.მისი გამორჩეული შესრულება წაკითხვის სიგრძეში დიდწილად აძლიერებს ქვედა ნაკადის მეტაგენომიურ ანალიზს, განსაკუთრებით მეტაგენომის შეკრებას.წაკითხვის სიგრძის უპირატესობების გათვალისწინებით, ნანოპორზე დაფუძნებული მეტაგენომიური კვლევა შეუძლია მიაღწიოს უფრო უწყვეტ აწყობას თოფის მეტაგენომიკასთან შედარებით.გამოქვეყნებულია, რომ ნანოპორზე დაფუძნებული მეტაგენომიკა წარმატებით წარმოქმნის სრულ და დახურულ ბაქტერიულ გენომებს მიკრობიომებიდან (Moss, EL, et. al.,ბუნების ბიოტექნიკა, 2020)
Პლატფორმა:Nanopore PromethION P48
-
მთელი გენომის ბისულფიტის თანმიმდევრობა
ციტოზინში (5-mC) მეხუთე პოზიციაზე დნმ-ის მეთილაცია ფუნდამენტურ გავლენას ახდენს გენის ექსპრესიასა და უჯრედულ აქტივობაზე.მეთილაციის არანორმალური ნიმუშები დაკავშირებულია რამდენიმე მდგომარეობასთან და დაავადებასთან, როგორიცაა კიბო.WGBS გახდა ოქროს სტანდარტი გენომის ფართო მეთილაციის შესასწავლად ერთი ბაზის გარჩევადობით.
პლატფორმა: Illumina NovaSeq პლატფორმა
-
ანალიზი ტრანსპოაზაზე ხელმისაწვდომ ქრომატინზე მაღალი გამტარუნარიანობის თანმიმდევრობით (ATAC-seq)
ATAC-seq არის მაღალი გამტარუნარიანობის სეკვევენირების მეთოდი გენომის მასშტაბით ქრომატინის ხელმისაწვდომობის ანალიზისთვის, რაც მნიშვნელოვანია გენის ექსპრესიის გლობალური ეპიგენეტიკური კონტროლისთვის.თანმიმდევრობის გადამყვანები ჩასმულია ღია ქრომატინის რეგიონებში ჰიპერაქტიური Tn5 ტრანსპოზაზას საშუალებით.PCR-ის გაძლიერების შემდეგ, იქმნება თანმიმდევრობის ბიბლიოთეკა.ყველა ღია ქრომატინის რეგიონი შეიძლება მიღებულ იქნეს კონკრეტული სივრცე-დროის პირობებში, არა მხოლოდ შემოიფარგლება ტრანსკრიფციის ფაქტორის შემაკავშირებელ ადგილებში, ან ჰისტონებით შეცვლილი რეგიონით.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
ქვედანაყოფი 16S და 18S rRNA-ზე, რომელიც შეიცავს როგორც უაღრესად კონსერვაციულ, ისე ჰიპერცვლადი რეგიონებს, არის სრულყოფილი მოლეკულური თითის ანაბეჭდი პროკარიოტული და ევკარიოტული ორგანიზმების იდენტიფიკაციისთვის.თანმიმდევრობის უპირატესობით, ამ ამპლიკონების დამიზნება შესაძლებელია კონსერვაციულ ნაწილებზე დაყრდნობით და ჰიპერცვლადი რეგიონები შეიძლება სრულად დახასიათდეს მიკრობული იდენტიფიკაციისთვის, რაც ხელს უწყობს კვლევებს, რომლებიც მოიცავს მიკრობული მრავალფეროვნების ანალიზს, ტაქსონომიას, ფილოგენეზიას და ა.შ. ერთმოლეკულური რეალურ დროში (SMRT ) PacBio პლატფორმის თანმიმდევრობა საშუალებას გაძლევთ მიიღოთ მაღალი სიზუსტით გრძელი წაკითხვები, რომლებიც შეიძლება დაფარონ სრულმეტრაჟიანი ამპლიკონები (დაახლოებით 1,5 კბ).გენეტიკური ველის გაფართოებულმა ხედვამ მნიშვნელოვნად გაზარდა ბაქტერიების ან სოკოების საზოგადოებაში სახეობების ანოტაციის გარჩევადობა.
Პლატფორმა:PacBio გაგრძელება II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS ამპლიკონის თანმიმდევრობა მიზნად ისახავს ფილოგენიის, ტაქსონომიისა და სახეობების სიმრავლის გამოვლენას მიკრობულ საზოგადოებაში, დიასახლისობის გენეტიკური მარკერების PCR პროდუქტების გამოკვლევით, რომლებიც შეიცავს როგორც მაღალცვალებად, ისე ჰიპერცვლადი ნაწილებს.Woeses et al-ის მიერ (1977) ამ სრულყოფილი მოლეკულური თითის ანაბეჭდის დანერგვა აძლიერებს იზოლაციისგან თავისუფალი მიკრობიომის პროფილირებას.16S (ბაქტერიები), 18S (სოკოები) და შიდა ტრანსკრიბირებული სპაზერის (ITS, სოკოების) თანმიმდევრობა იძლევა როგორც უხვი სახეობების, ასევე იშვიათი და ამოუცნობი სახეობების იდენტიფიცირების საშუალებას.ეს ტექნოლოგია გახდა ფართოდ გამოყენებული და ძირითადი ინსტრუმენტი სხვადასხვა გარემოში დიფერენციალური მიკრობული შემადგენლობის იდენტიფიცირებისთვის, როგორიცაა ადამიანის პირი, ნაწლავები, განავალი და ა.შ.
Პლატფორმა:Illumina NovaSeq პლატფორმა
-
ბაქტერიული და სოკოვანი მთლიანი გენომის ხელახალი თანმიმდევრობა
ბაქტერიული და სოკოვანი მთლიანი გენომის ხელახალი თანმიმდევრობა არის კრიტიკული ინსტრუმენტი ცნობილი ბაქტერიებისა და სოკოების გენომის დასასრულებლად, ასევე მრავალი გენომის შესადარებლად ან ახალი ორგანიზმების გენომის გამოსათვლელად.დიდი მნიშვნელობა აქვს ბაქტერიებისა და სოკოების მთელი გენომის თანმიმდევრობას, რათა შეიქმნას ზუსტი საცნობარო გენომები, ჩატარდეს მიკრობული იდენტიფიკაცია და გენომის სხვა შედარებითი კვლევები.
პლატფორმა: Illumina NovaSeq პლატფორმა
-
PacBio-სრული სიგრძის 16S/18S/ITS ამპლიკონის თანმიმდევრობა
Amplicon (16S/18S/ITS) პლატფორმა შემუშავებულია მიკრობული მრავალფეროვნების პროექტის ანალიზის მრავალწლიანი გამოცდილებით, რომელიც შეიცავს სტანდარტიზებულ საბაზისო ანალიზს და პერსონალიზებულ ანალიზს: ძირითადი ანალიზი მოიცავს მიმდინარე მიკრობული კვლევის ძირითადი ანალიზის შინაარსს, ანალიზის შინაარსი მდიდარი და ყოვლისმომცველია. და ანალიზის შედეგები წარმოდგენილია პროექტის ანგარიშების სახით;პერსონალიზებული ანალიზის შინაარსი მრავალფეროვანია.შესაძლებელია ნიმუშების შერჩევა და პარამეტრების მოქნილად დაყენება ძირითადი ანალიზის მოხსენებისა და კვლევის მიზნის შესაბამისად, პერსონალიზებული მოთხოვნების რეალიზაციისთვის.Windows ოპერაციული სისტემა, მარტივი და სწრაფი.
-
PacBio-სრული სიგრძის ტრანსკრიპტომა (არარეფერენციული)
Pacific Biosciences (PacBio) იზოფორმული თანმიმდევრობის მონაცემების შეყვანის სახით, ამ აპს შეუძლია სრულმეტრაჟიანი ტრანსკრიპტის თანმიმდევრობების იდენტიფიცირება (შეკრების გარეშე).საცნობარო გენომის მიმართ სრულმეტრაჟიანი თანმიმდევრობების რუკებით, ტრანსკრიპტების ოპტიმიზაცია შესაძლებელია ცნობილი გენების, ტრანსკრიპტების, კოდირების რეგიონების და ა.შ.ერთობლივი ანალიზი NGS ტრანსკრიპტომის თანმიმდევრობის მონაცემებთან ერთად იძლევა უფრო ყოვლისმომცველ ანოტაციას და გამოხატვის უფრო ზუსტ რაოდენობრივ განსაზღვრას ტრანსკრიპტის დონეზე, რაც დიდ სარგებელს მოაქვს ქვედა დიფერენციალური გამოხატვისა და ფუნქციური ანალიზის დროს.
-
შემცირებული წარმომადგენლობის ბისულფიტის თანმიმდევრობა (RRBS)
დნმ-ის მეთილაციის კვლევა ყოველთვის იყო მწვავე თემა დაავადების კვლევაში და მჭიდრო კავშირშია გენის ექსპრესიასთან და ფენოტიპურ მახასიათებლებთან.RRBS არის ზუსტი, ეფექტური და ეკონომიური მეთოდი დნმ-ის მეთილაციის კვლევისთვის.პრომოტორისა და CpG კუნძულის რეგიონების გამდიდრება ფერმენტული გაყოფით (Msp I), ბისულფიტის თანმიმდევრობით, უზრუნველყოფს მაღალი გარჩევადობის დნმ-ის მეთილაციის გამოვლენას.
პლატფორმა: Illumina NovaSeq პლატფორმა
-
პროკარიოტული mRNA თანმიმდევრობა
mRNA თანმიმდევრობა აძლიერებს უჯრედებში ყველა mRNA ტრანსკრიპტის ყოვლისმომცველ პროფილირებას სპეციფიკურ პირობებში.ეს უახლესი ტექნოლოგია ემსახურება როგორც ძლიერ იარაღს, რომელიც ავლენს რთულ გენის ექსპრესიის პროფილებს, გენის სტრუქტურებს და მოლეკულურ მექანიზმებს, რომლებიც დაკავშირებულია მრავალფეროვან ბიოლოგიურ პროცესებთან.ფართოდ მიღებული ფუნდამენტური კვლევების, კლინიკური დიაგნოსტიკისა და წამლების შემუშავებაში, mRNA თანმიმდევრობა გვთავაზობს წარმოდგენას უჯრედული დინამიკისა და გენეტიკური რეგულირების სირთულეების შესახებ.ჩვენი პროკარიოტული mRNA ნიმუშის დამუშავება მორგებულია პროკარიოტული ტრანსკრიპტომებისთვის, რაც მოიცავს rRNA-ს ამოწურვას და მიმართულების ბიბლიოთეკის მომზადებას.
პლატფორმა: Illumina NovaSeq X
