პროკარიოტული რნმ-ის სეკვენირება
მახასიათებლები
● რნმ-ის ნიმუშის დამუშავება მოიცავდა rRNA-ს გამოფიტვას, რასაც მოჰყვებოდა მიმართულების რნმ ბიბლიოთეკის მომზადება.
● ბიოინფორმატიული ანალიზი, რომელიც დაფუძნებულია საცნობარო გენომთან შესაბამისობაზე
● ანალიზი მოიცავს გენის ექსპრესიას და DEG-ებს, ასევე ტრანსკრიპტის სტრუქტურისა და sRNA-ს ანალიზს
მომსახურების უპირატესობები
●მკაცრი ხარისხის კონტროლიჩვენ ვახორციელებთ ძირითად საკონტროლო პუნქტებს ყველა ეტაპზე, ნიმუშისა და ბიბლიოთეკის მომზადებიდან დაწყებული, სეკვენირებითა და ბიოინფორმატიკით დამთავრებული. ეს საგულდაგულო მონიტორინგი უზრუნველყოფს მუდმივად მაღალი ხარისხის შედეგების მიწოდებას.
●ჯაჭვის სპეციფიკური სეკვენირების მონაცემები: იმის გამო, რომ რნმ ბიბლიოთეკის მომზადება მიმართულებითია, რაც ანტისენს ტრანსკრიპტების იდენტიფიკაციის საშუალებას იძლევა.
●პროკარიოტული ტრანსკრიპტომებისთვის მორგებული სრული ანალიზიბიოინფორმატიული პროცესი მოიცავს არა მხოლოდ გენის ექსპრესიის ანალიზს, არამედ ტრანსკრიპტის სტრუქტურის ანალიზსაც, მათ შორის ოპერონების, UTR-ების და პრომოტორების იდენტიფიცირებას. ის ასევე მოიცავს sRNA-ების ანალიზს, კერძოდ, მეორადი სტრუქტურისა და სამიზნეების ანოტაციას და პროგნოზირებას.
●გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერაჩვენი ვალდებულება პროექტის დასრულების შემდეგაც ვრცელდება და 3-თვიან გაყიდვის შემდგომ მომსახურებას გთავაზობთ. ამ პერიოდის განმავლობაში, ჩვენ გთავაზობთ პროექტის შემდგომ შემოწმებას, პრობლემების მოგვარებაში დახმარებას და კითხვა-პასუხის სესიებს შედეგებთან დაკავშირებული ნებისმიერი შეკითხვის გასაცემად.
ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება
| ბიბლიოთეკა | სეკვენირების სტრატეგია | რეკომენდებული მონაცემები | ხარისხის კონტროლი |
| rRNA-ს ამოწურვის მიმართულებითი ბიბლიოთეკა | ილუმინა PE150 | 1-2 გბ | Q30≥85% |
ნიმუშის მოთხოვნები:
| კონცენტრაცია (ნგ/მკლ) | რაოდენობა (მკგ) | სიწმინდე | მთლიანობა |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 გელზე ცილის ან დნმ-ის დაბინძურება შეზღუდულია ან საერთოდ არ ჩანს. | RIN≥6.5 |
რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება
კონტეინერი: 2 მლ ცენტრიფუგის მილი (თუნის ფოლგა არ არის რეკომენდებული)
ნიმუშის მარკირება: დაჯგუფება+გამეორება მაგ. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
გადაზიდვა:
1. მშრალი ყინული: ნიმუშები უნდა შეიფუთოს პარკებში და ჩამარხოს მშრალ ყინულში.
2. რნმ-სტაბილური მილები: რნმ-ის ნიმუშების გაშრობა შესაძლებელია რნმ-ის სტაბილიზაციის მილში (მაგ. RNAstable®) და ოთახის ტემპერატურაზე გადაზიდვა.
მომსახურების სამუშაო ნაკადი
ნიმუშის მიწოდება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
სეკვენირება
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
ბიოინფორმატიული ანალიზის სამუშაო პროცესი
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
● ნედლი მონაცემების ხარისხის კონტროლი
● საცნობარო გენომთან შესაბამისობა
● ბიბლიოთეკის ხარისხის შეფასება: რნმ-ის შემთხვევითი ფრაგმენტაცია, ჩანართის ზომა და სეკვენირების გაჯერება
● პროგნოზირებული კოდირების გენების ფუნქციური ანოტაცია
● გამოხატვის ანალიზი: კორელაცია და მთავარი კომპონენტების ანალიზი (PCA)
● გენის დიფერენციალური ექსპრესია (DEG)
● DEG-ების ფუნქციური ანოტაცია და გამდიდრება
● sRNA ანალიზი: პროგნოზირება, ანოტაცია, სამიზნის და მეორადი სტრუქტურის პროგნოზირება
● ტრანსკრიპტის სტრუქტურის ანალიზი: ოპერონები, საწყისი და საბოლოო პოზიციები, არატრანსლირებული რეგიონი (UTS), პრომოტორი და SNP/InDel ანალიზი
სეკვენირების გაჯერება
კოდირების გენების ფუნქციური ანოტაცია
ნიმუშებს შორის კორელაცია
დიფერენცირებულად გამოხატული გენების (DEG) ანალიზი
ფუნქციური გამდიდრების ანალიზი
sRNA ანოტაცია
ამ რჩეულ პუბლიკაციაში გაეცანით BMKGene-ის Nanopore სრულმეტრაჟიანი mRNA სეკვენირების სერვისების მიერ ხელშეწყობილ მიღწევებს.
გუანი, CP და სხვ. (2018) „ბიოაპკის წარმომქმნელი Staphylococcus epidermidis-ის გლობალური ტრანსკრიპტომული ცვლილებები Sophorea alopecuroides-ის ალკალოიდების სრულ ეფექტზე რეაგირებისას“,პოლონური მიკრობიოლოგიის ჟურნალი, 67(2), გვ. 223. დოი: 10.21307/PJM-2018-024.
