შემცირებული წარმომადგენლობის ბისულფიტის სეკვენირება (RRBS)
შემცირებული წარმომადგენლობის ბისულფიტის სეკვენირება (RRBS) ეფუძნება CpG კუნძულებით მდიდარი რეგიონების გამდიდრებას MspI დაშლით, რასაც მოჰყვება 200-500/600 bps ფრაგმენტების ზომის შერჩევა. შესაბამისად, სეკვენირდება მხოლოდ CpG კუნძულების პროქსიმალური რეგიონები, ხოლო ანალიზიდან გამოირიცხება ის რეგიონები, სადაც CpG კუნძულები შორეულია. ეს პროცესი, ბისულფიტის სეკვენირებასთან ერთად, საშუალებას იძლევა დნმ-ის მეთილირების მაღალი გარჩევადობით გამოვლენის, ხოლო სეკვენირების მიდგომა, PE150, კონკრეტულად ჩანართების ბოლოებზეა ორიენტირებული და არა შუა ნაწილზე, რაც ზრდის მეთილირების პროფილირების ეფექტურობას.
ეს ტექნიკა დნმ-ის მეთილირების კვლევაში მთელი გენომის ბისულფიტის სეკვენირების (WGBS) ეკონომიურად ეფექტური და ეფექტური ალტერნატივის სახით ჩამოყალიბდა. მიუხედავად იმისა, რომ WGBS მთელი გენომის ერთბაზიანი გარჩევადობით შესწავლით ყოვლისმომცველ ინფორმაციას გვაწვდის, მისი მაღალი ღირებულება შეიძლება შემზღუდველი ფაქტორი იყოს, რასაც RRBS სტრატეგიულად ამცირებს ამ გამოწვევას გენომის წარმომადგენლობითი ნაწილის შერჩევითი ანალიზით. ეს მეთოდოლოგია ფასდაუდებელი ინსტრუმენტია, რომელიც დნმ-ის მეთილირების ეკონომიურად ეფექტური კვლევის საშუალებას იძლევა და ეპიგენეტიკური მექანიზმების შესახებ ცოდნას აუმჯობესებს.
სერვისის მახასიათებლები
● სეკვენირება Illumina NovaSeq-ზე.
● საჭიროებს საცნობარო გენომი.
● ლამბდა დნმ გამოიყენება ბისულფიტის გარდაქმნის ეფექტურობის მონიტორინგისთვის.
● ასევე კონტროლდება MspI-ის მონელების ეფექტურობა.
● მცენარეული ნიმუშების ორმაგი ფერმენტული მონელება.
მომსახურების უპირატესობები
●WGBS-ის ეკონომიური და ეფექტური ალტერნატივაეს საშუალებას იძლევა ანალიზი ჩატარდეს უფრო დაბალ ფასად და უფრო დაბალი ნიმუშის მოთხოვნებით.
●სრული პლატფორმა:ჩვენ გთავაზობთ ერთიან შესანიშნავ მომსახურებას ნიმუშების დამუშავებიდან, ბიბლიოთეკის შექმნიდან და სეკვენირებიდან დაწყებული ბიოინფორმატიკულ ანალიზამდე.
●ფართო ექსპერტიზაჩვენ წარმატებებს ვაღწევთ სახეობების მრავალფეროვან სპექტრში. BMKGENE-ს ათწლეულზე მეტი გამოცდილება, მაღალკვალიფიციური ანალიტიკური გუნდი, ყოვლისმომცველი კონტენტი და შესანიშნავი გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერა აქვს.
სერვისის სპეციფიკაციები
| ბიბლიოთეკა | სეკვენირების სტრატეგია | რეკომენდებული მონაცემების გამოტანა | ხარისხის კონტროლი |
| MspI-ით მონელებული და ბისულფიტით დამუშავებული ბიბლიოთეკა | ილუმინა PE150 | 8 გბ | Q30 ≥ 85% ბისულფიტის გარდაქმნა > 99% MspI ჭრის ეფექტურობა > 95% |
ნიმუშის მოთხოვნები
| კონცენტრაცია (ნგ/µლ) | საერთო რაოდენობა (მკგ) |
| |
| გენომური დნმ | ≥ 30 | ≥ 1 | შეზღუდული დეგრადაცია ან დაბინძურება |
მომსახურების სამუშაო ნაკადი
ნიმუშის მიწოდება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
სეკვენირება
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
BI ანალიზი მოიცავს:
● ნედლი სეკვენირების ხარისხის კონტროლი;
● საცნობარო გენომთან შესაბამისობა;
● 5mC მეთილირებული ფუძეების აღმოჩენა და მოტივის იდენტიფიკაცია;
● მეთილირების განაწილების ანალიზი და ნიმუშების შედარება;
● დიფერენცირებულად მეთილირებული რეგიონების (DMR) ანალიზი;
● DMR-ებთან დაკავშირებული გენების ფუნქციური ანოტაცია.
ხარისხის კონტროლი: მონელების ეფექტურობა (გენომის რუკების შედგენაში)
ხარისხის კონტროლი: ბისულფიტის გარდაქმნა (მეთილირების ინფორმაციის ექსტრაქციაში)
მეთილირების რუკა: 5mC მეთილირების გენომის მასშტაბით გავრცელება
ნიმუშის შედარება: ძირითადი კომპონენტების ანალიზი
დიფერენციალურად მეთილირებული რეგიონების (DMRs) ანალიზი: სითბური რუკა
გაეცანით BMKGene-ის მთელი გენომის ბისულფიტის სეკვენირების სერვისების მიერ ხელშეწყობილი კვლევის მიღწევებს პუბლიკაციების შერჩეული კოლექციის მეშვეობით.
ლი, ზ. და სხვ. (2022) „მაღალი სიზუსტის რეპროგრამირება ლეიდიგის მსგავს უჯრედებში CRISPR აქტივაციისა და პარაკრინული ფაქტორების გამოყენებით“,PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
ტიანი, ჰ. და სხვ. (2023) „ჩინელი მონოზიგოტური ტყუპების სხეულის შემადგენლობის გენომის მასშტაბით დნმ-ის მეთილირების ანალიზი“,ევროპული კლინიკური კვლევების ჟურნალი, 53(11), გვ. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
ვუ, ი. და სხვ. (2022) „დნმ-ის მეთილაცია და წელისა და თეძოს თანაფარდობა: ეპიგენომის მასშტაბის ასოციაციის კვლევა ჩინელ მონოზიგოტურ ტყუპებში“.ენდოკრინოლოგიური კვლევის ჟურნალი, 45 (12), გვ 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
