მცირე რნმ-ის სეკვენირება - Illumina
მახასიათებლები
● ზომის შერჩევის ბიბლიოთეკის მომზადება.
● ბიოინფორმატიული ანალიზი, რომელიც ორიენტირებულია miRNA-ს პროგნოზირებასა და სამიზნეებზე.
მომსახურების უპირატესობები
●ფართო ექსპერტიზაჩვენ დავამუშავეთ 300-ზე მეტი ნიმუში, რომლებიც მოიცავდა სხვადასხვა ტიპის ნიმუშებს. ჩვენ ყველა პროექტში ვიყენებთ ჩვენი ექსპერტიზის სიმდიდრეს.
●მკაცრი ხარისხის კონტროლიჩვენ ვახორციელებთ ძირითად საკონტროლო პუნქტებს ყველა ეტაპზე, ნიმუშის მომზადებიდან ბიბლიოთეკის მომზადებამდე, სეკვენირებამდე და ბიოინფორმატიკამდე. ჩვენი საგულდაგულო მონიტორინგი უზრუნველყოფს მუდმივად მაღალი ხარისხის შედეგების მიწოდებას.
●ყოვლისმომცველი ბიოინფორმატიკური ანალიზი:ის საშუალებას იძლევა როგორც ცნობილი, ასევე ახალი მიკრორნმ-ების იდენტიფიცირებისა, მიკრორნმ-ების სამიზნეების იდენტიფიცირებისა და შესაბამისი ფუნქციური ანოტაციებისა და გამდიდრების მრავალი მონაცემთა ბაზით (KEGG, GO).
●გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერაჩვენ გვესმის, რამდენად მნიშვნელოვანია ადგილზე ყოფნა, სწორედ ამიტომ ჩვენი ვალდებულება პროექტის დასრულების შემდეგაც ვრცელდება და 3-თვიან გაყიდვის შემდგომ მომსახურებას გთავაზობთ. ამ პერიოდის განმავლობაში, ჩვენ გთავაზობთ პროექტის შემდგომ შემოწმებას, პრობლემების მოგვარებაში დახმარებას და კითხვა-პასუხის სესიებს შედეგებთან დაკავშირებული ნებისმიერი შეკითხვის გასაცემად.
ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება
| ბიბლიოთეკა | პლატფორმა | რეკომენდებული მონაცემები | მონაცემთა ხარისხის კონტროლი |
| ზომა არჩეულია | ილუმინა SE50 | 10 მილიონი-20 მილიონი წაკითხვა | Q30≥85% |
ნიმუშის მოთხოვნები:
ნუკლეოტიდები:
| კონცენტრაცია (ნგ/მკლ) | რაოდენობა (მკგ) | სიწმინდე | მთლიანობა |
| ≥ 80 | ≥ 0.8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 გელზე ცილის ან დნმ-ის დაბინძურება შეზღუდულია ან საერთოდ არ ჩანს. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; შეზღუდული ან საერთოდ არ არის საბაზისო დონის ამაღლება |
● მცენარეები:
ფესვი, ღერო ან ფურცელი: 450 მგ
ფოთოლი ან თესლი: 300 მგ
ხილი: 1.2 გ
● ცხოველი:
გული ან ნაწლავები: 450 მგ
შინაგანი ორგანოები ან ტვინი: 240 მგ
კუნთები: 600 მგ
ძვლები, თმა ან კანი: 1.5 გ
● ფეხსახსრიანები:
მწერები: 9 გ
კიბოსნაირნი: 450 მგ
● მთლიანი სისხლი: 2 მილი
● უჯრედები: 106 უჯრედები
● შრატი და პლაზმა:6 მლ
რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება
კონტეინერი: 2 მლ ცენტრიფუგის მილი (თუნის ფოლგა არ არის რეკომენდებული)
ნიმუშის მარკირება: დაჯგუფება+გამეორება მაგ. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
გადაზიდვა:
1. მშრალი ყინული: ნიმუშები უნდა შეიფუთოს პარკებში და ჩამარხოს მშრალ ყინულში.
2. რნმ-სტაბილური მილები: რნმ-ის ნიმუშების გაშრობა შესაძლებელია რნმ-ის სტაბილიზაციის მილში (მაგ. RNAstable®) და ოთახის ტემპერატურაზე გადაზიდვა.
მომსახურების სამუშაო ნაკადი
ექსპერიმენტის დიზაინი
ნიმუშის მიწოდება
რნმ-ის ექსტრაქცია
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
სეკვენირება
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
ბიოინფორმატიკა
● ნედლი მონაცემების ხარისხის კონტროლი
● მცირე რნმ-ის კლასიფიკაცია
● miRNA-ს ექსპრესია და დიფერენციალური ექსპრესიის ანალიზი
● miRNA სამიზნე გენი და დიფერენცირებულად ექსპრესირებული miRNA სამიზნე გენის ანოტაცია
● სამიზნე გენის ანოტაცია და დიფერენცირებულად ექსპრესირებული miRNA გენის ფუნქციის გამდიდრება
miRNA-ს იდენტიფიკაცია: სტრუქტურა და სიღრმე
miRNA-ს დიფერენციალური ექსპრესია - იერარქიული კლასტერიზაცია
დიფერენცირებულად ექსპრესირებული მიკრორნმ-ების სამიზნის ფუნქციური ანოტაცია
გაეცანით BMKGene-ის sRNA სეკვენირების სერვისების მიერ ხელშეწყობილი კვლევის მიღწევებს პუბლიკაციების შერჩეული კოლექციის მეშვეობით.
ჩენი, ჰ. და სხვ. (2023) „ვირუსული ინფექციები აფერხებს საპონინის ბიოსინთეზს და ფოტოსინთეზს Panax notoginseng-ში“.მცენარეთა ფიზიოლოგია და ბიოქიმია, 203, გვ. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
ლი, ჰ. და სხვ. (2023) „მცენარეული FYVE დომენის შემცველი ცილა FREE1 უკავშირდება მიკროპროცესორის კომპონენტებს miRNA ბიოგენეზის დასათრგუნად“.EMBO-ს ანგარიშები, 24 (1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
იუ, ჯ. და სხვ. (2023) „მიკრორნმ Ame-Bantam-3p აკონტროლებს ლარვის ჭუპრის განვითარებას თაფლის ფუტკრის, Apis mellifera-ს, ეპიდერმული ზრდის ფაქტორის მსგავსი დომენების 8 გენის (megf8) დამიზნებით“.მოლეკულური მეცნიერებების საერთაშორისო ჟურნალი, 24(6), გვ. 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
ჟანგი, მ. და სხვ. (2018) „MiRNA-სა და ხორცის ხარისხთან დაკავშირებული გენების ინტეგრირებული ანალიზი აჩვენებს, რომ Gga-MiR-140-5p გავლენას ახდენს ქათმებში კუნთშიდა ცხიმის დეპონირებაზე“.უჯრედული ფიზიოლოგია და ბიოქიმია, 46 (6), გვ 2421–2433. დოი: 10.1159/000489649.
