მთელი გენომის ბისულფიტის სეკვენირება (WGBS)
ეს ტექნიკა, რომელიც დაფუძნებულია დნმ-ის ბისულფიტით დამუშავებაზე, რათა გამოიწვიოს არამეთილირებული ციტოზინების ურაცილად გარდაქმნა (C-დან U-მდე), მეთილირებული ციტოზინების უცვლელად დატოვების პარალელურად, წარმოადგენს ოქროს სტანდარტს დნმ-ის მეთილირების, კერძოდ, ციტოზინის მეხუთე პოზიციის (5-mC) სიღრმისეული შესწავლისთვის, რომელიც გენის ექსპრესიისა და უჯრედული აქტივობის მნიშვნელოვან რეგულატორს წარმოადგენს.
ეს ტექნიკა გვთავაზობს ერთბაზიან გარჩევადობას, რაც მკვლევრებს საშუალებას აძლევს, ყოვლისმომცველად შეისწავლონ მეთილომი და აღმოაჩინონ ნიმუშებში მეთილირების პათოლოგიური ნიმუშები. WGBS-ის გამოყენებით, მეცნიერებს შეუძლიათ მიიღონ შეუდარებელი ინფორმაცია გენომის მასშტაბით მეთილირების ლანდშაფტების შესახებ, რაც უზრუნველყოფს ეპიგენეტიკური მექანიზმების ნიუანსირებულ გაგებას, რომლებიც საფუძვლად უდევს მრავალფეროვან ბიოლოგიურ პროცესებსა და დაავადებებს.
სერვისის მახასიათებლები
● სეკვენირება Illumina NovaSeq-ზე.
● საჭიროებს საცნობარო გენომი.
● ბისულფიტის გარდაქმნის ეფექტურობის მონიტორინგისთვის დამატებულია ლამბდა დნმ.
მომსახურების უპირატესობები
●დნმ-ის მეთილაციის კვლევის ოქროს სტანდარტიამ მოწიფულ ტექნოლოგიას აქვს მაღალი სიზუსტე და კარგი რეპროდუცირებადობა.
●ფართო დაფარვა და ერთბაზიანი გარჩევადობა:მეთილირების ადგილების აღმოჩენა გენომის მასშტაბით ხდება.
●სრული პლატფორმა:ჩვენ გთავაზობთ ერთიან მომსახურებას ნიმუშების დამუშავებიდან დაწყებული, ბიბლიოთეკის შექმნით, სეკვენირებით დამთავრებული ბიოინფორმატიკულ ანალიზამდე.
●ფართო ექსპერტიზაჩვენ გვაქვს პროექტების ფართო სპექტრი, რომლებიც შესრულებულია სხვადასხვა სახეობებში. BMKGENE-ს გააჩნია ათწლეულზე მეტი გამოცდილება, მაღალკვალიფიციური ანალიტიკური გუნდი, ყოვლისმომცველი კონტენტი და შესანიშნავი გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერა.
●ტრანსკრიპტომიკის ანალიზთან შეერთების შესაძლებლობა: რაც საშუალებას იძლევა WGBS-ის ინტეგრირებული ანალიზის განხორციელდეს სხვა ომიკურ მონაცემებთან, როგორიცაა RNA-seq.
ნიმუშის სპეციფიკაციები
| ბიბლიოთეკა | სეკვენირების სტრატეგია | რეკომენდებული მონაცემების გამოტანა | ხარისხის კონტროლი |
| ბისულფიტით დამუშავებული | ილუმინა PE150 | 30-ჯერ მეტი სიღრმე | Q30 ≥ 85% ბისულფიტის გარდაქმნა > 99% |
ნიმუშის მოთხოვნები
| კონცენტრაცია (ნგ/µლ) | საერთო რაოდენობა (მკგ) | დამატებითი მოთხოვნები | |
| გენომური დნმ | ≥ 5 | ≥ 400 ნგ | შეზღუდული დეგრადაცია ან დაბინძურება |
მომსახურების სამუშაო ნაკადი
ნიმუშის მიწოდება
დნმ-ის ექსტრაქცია
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
სეკვენირება
მონაცემთა ანალიზი
მონაცემთა მიწოდება
მომსახურება მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
● ნედლი სეკვენირების ხარისხის კონტროლი;
● საცნობარო გენომთან შესაბამისობა;
● 5mC მეთილირებული ფუძეების აღმოჩენა;
● მეთილირების განაწილების ანალიზი და ანოტაცია;
● დიფერენცირებულად მეთილირებული რეგიონების (DMR) ანალიზი;
● DMR-ებთან დაკავშირებული გენების ფუნქციური ანოტაცია.
5mC მეთილირების აღმოჩენა: მეთილირებული უბნების ტიპები
მეთილირების რუკა. 5mC მეთილირების გენომის მასშტაბით გავრცელება
მაღალმეთილირებული რეგიონების ანოტაცია
დიფერენცირებულად მეთილირებული რეგიონები: ასოცირებული გენები
დიფერენცირებულად მეთილირებული რეგიონები: ასოცირებული გენების ანოტაცია (გენური ონტოლოგია)
გაეცანით BMKGene-ის მთელი გენომის ბისულფიტის სეკვენირების სერვისების მიერ ხელშეწყობილი კვლევის მიღწევებს პუბლიკაციების შერჩეული კოლექციის მეშვეობით.
ფანი, ი. და სხვ. (2020) „ცხვრის ჩონჩხის კუნთების განვითარების დროს დნმ-ის მეთილირების პროფილების ანალიზი მთელი გენომის ბისულფიტის სეკვენირების გამოყენებით“,BMC გენომიკა, 21 (1), გვ. 1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
ჟაო, X. და სხვ. (2022) „დეზოქსირიბონუკლეინის მჟავის მეთილირების ახალი დარღვევები ვინილის ქლორიდის ზემოქმედების ქვეშ მყოფ მუშაკებში“,ტოქსიკოლოგია და სამრეწველო ჯანმრთელობა, 38(7), გვ.377–388. დოი: 10.1177/07482337221098600
ზუო, ჯ. და სხვ. (2020) „გენომის მეთილაციას, არაკოდირებული რნმ-ების დონეებს, mRNA-ებს და მეტაბოლიტებს შორის ურთიერთკავშირი პომიდვრის ნაყოფის მომწიფებაში“,მცენარეთა ჟურნალი, 103 (3), გვ 980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
