მთლიანი ტრანსკრიპტომის სეკვენირება – Illumina
მახასიათებლები
● სრული ტრანსკრიპტომის სეკვენირებისთვის ორმაგი ბიბლიოთეკის გენერირება: rRNA-ს გამოფიტვის ბიბლიოთეკა და მცირე RNA ბიბლიოთეკის მომზადება.
● mRNA-ს, lncRNA-ს, circRNA-ს და miRNA-ს სრული ბიოინფორმატიული ანალიზი ცალკეულ ბიოინფორმატიკულ ანგარიშებში, პლუს ერთობლივი ანალიზი ყველა RNA ექსპრესიის გაერთიანებით, მათ შორის ceRNA ქსელების ანალიზით.
მომსახურების უპირატესობები
●ფართო ექსპერტიზაჩვენ დავამუშავეთ 2100-ზე მეტი მთლიანი ტრანსკრიპტომის პროექტი, რომლებიც მოიცავს სხვადასხვა ტიპის ნიმუშებს. ჩვენ ყველა პროექტში ვიყენებთ ჩვენი ექსპერტიზის სიმდიდრეს.
●მკაცრი ხარისხის კონტროლიჩვენ ვახორციელებთ ძირითად საკონტროლო პუნქტებს ყველა ეტაპზე, ნიმუშის მომზადებიდან ბიბლიოთეკის მომზადებამდე, სეკვენირებამდე და ბიოინფორმატიკამდე. ჩვენი საგულდაგულო მონიტორინგი უზრუნველყოფს მუდმივად მაღალი ხარისხის შედეგების მიწოდებას.
●ყოვლისმომცველი ანოტაციაჩვენ ვიყენებთ მრავალ მონაცემთა ბაზას დიფერენცირებულად გამოხატული გენების (DEG) ფუნქციურად ანოტირებისთვის და შესაბამისი გამდიდრების ანალიზების ჩასატარებლად. ეს ყოვლისმომცველი მიდგომა იძლევა ინფორმაციას ტრანსკრიპტომური პასუხის საფუძვლად მყოფი უჯრედული და მოლეკულური პროცესების შესახებ, რაც უზრუნველყოფს თქვენი ექსპერიმენტის მონაცემების შესახებ ყველა შესაძლო ინფორმაციის მიღებას.
●მარეგულირებელი ქსელების სიღრმისეული ანალიზიceRNA ქსელის ანალიზი შესაძლებელია mRNA-ს, lncRNA-ს, circRNA-ს და miRNA-ს ერთობლივი სეკვენირებით და ამომწურავი ბიოინფორმატიკური სამუშაო პროცესით.
●გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერაჩვენ გვესმის, რამდენად მნიშვნელოვანია ადგილზე ყოფნა, სწორედ ამიტომ ჩვენი ვალდებულება პროექტის დასრულების შემდეგაც ვრცელდება და 3-თვიან გაყიდვის შემდგომ მომსახურებას გთავაზობთ. ამ პერიოდის განმავლობაში, ჩვენ გთავაზობთ პროექტის შემდგომ შემოწმებას, პრობლემების მოგვარებაში დახმარებას და კითხვა-პასუხის სესიებს შედეგებთან დაკავშირებული ნებისმიერი შეკითხვის გასაცემად.
ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება
| ბიბლიოთეკა | სეკვენირების სტრატეგია | რეკომენდებული მონაცემები | ხარისხის კონტროლი |
| rRNA-ს ამოწურვა | ილუმინა PE150 | 16 გბ | Q30≥85% |
| ზომა არჩეულია | ილუმინა SE50 | 10-20 მილიონი წაკითხვა |
ნიმუშის მოთხოვნები:
ნუკლეოტიდები:
| კონცენტრაცია (ნგ/მკლ) | რაოდენობა (მკგ) | სიწმინდე | მთლიანობა |
| ≥ 80 | ≥ 1.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 გელზე ცილის ან დნმ-ის დაბინძურება შეზღუდულია ან საერთოდ არ ჩანს. | RIN≥6.0 5.0≥28S/18S≥1.0; შეზღუდული ან საერთოდ არ არის საბაზისო დონის ამაღლება |
რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება
კონტეინერი: 2 მლ ცენტრიფუგის მილი (თუნის ფოლგა არ არის რეკომენდებული)
ნიმუშის მარკირება: დაჯგუფება+გამეორება მაგ. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
გადაზიდვა:
1. მშრალი ყინული: ნიმუშები უნდა შეიფუთოს პარკებში და ჩამარხოს მშრალ ყინულში.
2. რნმ-სტაბილური მილები: რნმ-ის ნიმუშების გაშრობა შესაძლებელია რნმ-ის სტაბილიზაციის მილში (მაგ. RNAstable®) და ოთახის ტემპერატურაზე გადაზიდვა.
მომსახურების სამუშაო ნაკადი
ექსპერიმენტის დიზაინი
ნიმუშის მიწოდება
რნმ-ის ექსტრაქცია
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
სეკვენირება
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
ბიოინფორმატიკა
თითოეული განსხვავებული ტიპის ანალიზთან ერთად, ჩვენს ერთობლივ ანალიზში გაერთიანებულია რნმ-ის 4 ტიპი:
- რნმ მონაცემების ყველა სხვადასხვა ტიპს შორის თანაექსპრესიის ანალიზი
- რნმ-ის ექსპრესიის მიმოხილვა
- დიფერენციალური გამოხატვის მიმოხილვა
- CeRNA ქსელი
- გზაში ინტეგრირებული ძირითადი გენები
- კონსერვაციის ანალიზი
- ურთიერთობების დამიზნება
რნმ-ის ექსპრესიის მიმოხილვა
დიფერენცირებულად გამოხატული გენები
ceRNA ანალიზი
დიფერენცირებულად ექსპრესირებული მიკრო-რნმ-ები და მონათესავე რნმ-ები
გაეცანით BMKGene-ის მთლიანი ტრანსკრიპტომის სეკვენირების სერვისების მიერ ხელშეწყობილი კვლევის მიღწევებს პუბლიკაციების შერჩეული კოლექციის მეშვეობით.
დაი, ი. და სხვ. (2022) „კაშინ-ბეკის დაავადების დროს mRNA-ების, lncRNA-ების და miRNA-ების ყოვლისმომცველი ექსპრესიის პროფილები, რომლებიც იდენტიფიცირებულია RNA-სექვენირების მეთოდით“,მოლეკულური ომიკა, 18(2), გვ.154–166. doi: 10.1039/D1MO00370D.
ლიუ, ნ. ნანი და სხვ. (2022) „Apis cerana-ს სიცივისადმი მდგრადობის სრული სიგრძის ტრანსკრიპტომების ანალიზი ჩანგბაის მთაზე გამოზამთრების პერიოდში“.გენი, 830, გვ. 146503–146503. doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
ვანგი, XJ და სხვ. (2022) „კონკურენტი ენდოგენური რნმ-ის რეგულაციის ქსელების მულტი-ომიკის ინტეგრაციაზე დაფუძნებული პრიორიტეტიზაცია მცირეუჯრედოვანი ფილტვის კიბოს დროს: მოლეკულური მახასიათებლები და წამლის კანდიდატები“,ონკოლოგიის საზღვრები, 12, გვ. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. და სხვ. (2022) „lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA ექსპრესიის პროფილების ინტეგრირებული ანალიზი ავლენს ახალ ხედვას არაქისის ფესვის კვანძის ნემატოდების საპასუხო პოტენციური მექანიზმების შესახებ“.BMC გენომიკა, 23(1), გვ. 1–12. doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/სურათი/7.
იანი, ზ. და სხვ. (2022) „მთლიანი ტრანსკრიპტომის რნმ-ის სეკვენირება ხაზს უსვამს მოლეკულურ მექანიზმებს, რომლებიც დაკავშირებულია ბროკოლის მოსავლის აღების შემდგომი ხარისხის შენარჩუნებასთან წითელი LED დასხივებით“.მოსავლის აღების შემდგომი ბიოლოგია და ტექნოლოგია, 188, გვ. 111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
