მთელი ტრანსკრიპტომის თანმიმდევრობა - Illumina
მახასიათებლები
● ორმაგი ბიბლიოთეკა სრული ტრანსკრიპტომის თანმიმდევრობისთვის: rRNA დეპლეცია, რასაც მოჰყვება PE150 ბიბლიოთეკის მომზადება და ზომის შერჩევა, რასაც მოჰყვება SE50 ბიბლიოთეკის მომზადება
● სრული ბიოინფორმატიკის ანალიზი mRNA, lncRNA, circRNA და miRNA ცალკე ბიოინფორმატიკის ანგარიშებში
● ყველა რნმ-ის გამოხატვის ერთობლივი ანალიზი კომბინირებულ ანგარიშში, მათ შორის ceRNA ქსელების ანალიზში.
სერვისის უპირატესობები
●მარეგულირებელი ქსელების სიღრმისეული ანალიზი: ceRNA ქსელის ანალიზი ჩართულია mRNA, lncRNA, circRNA და miRNA ერთობლივი თანმიმდევრობით და ამომწურავი ბიოინფორმატიული სამუშაო ნაკადით.
●ყოვლისმომცველი ანოტაცია: ჩვენ ვიყენებთ მრავალ მონაცემთა ბაზას დიფერენციალურად გამოხატული გენების (DEGs) ფუნქციური ანოტაციისთვის და შესაბამისი გამდიდრების ანალიზის ჩასატარებლად, რაც გვაწვდის ინფორმაციას ტრანსკრიპტომის პასუხის საფუძველში არსებულ უჯრედულ და მოლეკულურ პროცესებზე.
●ვრცელი ექსპერტიზა: 2000-ზე მეტი სრული ტრანსკრიპტომული პროექტის წარმატებით დახურვის გამოცდილება სხვადასხვა კვლევით დომენში, ჩვენს გუნდს მოაქვს მდიდარი გამოცდილება ყველა პროექტში.
●მკაცრი ხარისხის კონტროლი: ჩვენ ვახორციელებთ ძირითად საკონტროლო წერტილებს ყველა ეტაპზე, ნიმუშისა და ბიბლიოთეკის მომზადებიდან დაწყებული თანმიმდევრობით და ბიოინფორმატიკით დამთავრებული.ეს ზედმიწევნითი მონიტორინგი უზრუნველყოფს თანმიმდევრულად მაღალი ხარისხის შედეგების მიწოდებას.
● ყოვლისმომცველი ანოტაცია: ჩვენ ვიყენებთ მრავალ მონაცემთა ბაზას დიფერენციალურად გამოხატული გენების (DEGs) ფუნქციური ანოტაციისთვის და შესაბამისი გამდიდრების ანალიზის ჩასატარებლად, რაც გვაწვდის ინფორმაციას ტრანსკრიპტომის პასუხის საფუძველში არსებულ უჯრედულ და მოლეკულურ პროცესებზე.
●გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერა: ჩვენი ვალდებულება ვრცელდება პროექტის დასრულების ფარგლებს გარეთ 3 თვიანი გაყიდვის შემდგომი მომსახურების პერიოდით.ამ დროის განმავლობაში, ჩვენ ვთავაზობთ პროექტის შემდგომ დაკვირვებას, პრობლემების მოგვარების დახმარებას და კითხვა-პასუხის სესიებს შედეგებთან დაკავშირებული ნებისმიერი შეკითხვის მოსაგვარებლად.
ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება
| ბიბლიოთეკა | თანმიმდევრობის სტრატეგია | რეკომენდირებულია მონაცემები | Ხარისხის კონტროლი |
| rRNA ამოწურულია | ილუმინა PE150 | 16 გბ | Q30≥85% |
| ზომა არჩეულია | ილუმინა SE50 | 10-20 მ იკითხება |
ნიმუშის მოთხოვნები:
ნუკლეოტიდები:
| კონს.(ნგ/მკლ) | რაოდენობა (მკგ) | სიწმინდე | მთლიანობა |
| ≥ 100 | ≥ 1 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 გელზე ნაჩვენებია შეზღუდული ცილის ან დნმ-ის დაბინძურება ან არა. | მცენარეები: RIN≥6.5 ცხოველი: RIN≥7.0 5.0≥28S/18S≥1.0; შეზღუდული ან არ არის საბაზისო სიმაღლე |
რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება
კონტეინერი:
2 მლ ცენტრიფუგის მილაკი (თუნუქის ფოლგა არ არის რეკომენდებული)
ნიმუშის მარკირება: ჯგუფი+რეპლიკა, მაგ. A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
გადაზიდვა:
1. მშრალი ყინული: ნიმუშები უნდა იყოს შეფუთული ჩანთებში და დამარხული მშრალ ყინულში.
2. რნმ სტაბილური მილები: რნმ-ის ნიმუშები შეიძლება გაშრეს რნმ-ის სტაბილიზაციის მილში (მაგ. RNAstable®) და გაიგზავნოს ოთახის ტემპერატურაზე.
სერვისის სამუშაო ნაკადი
ექსპერიმენტის დიზაინი
ნიმუშის მიწოდება
რნმ-ის ექსტრაქცია
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
Მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
ბიოინფორმატიკა
რნმ-ის გამოხატვის მიმოხილვა
დიფერენციალურად გამოხატული გენები
ceRNA ანალიზი
დიფერენციალურად გამოხატული miRNA და მასთან დაკავშირებული რნმ
გამოიკვლიეთ კვლევის წინსვლა, რომელსაც ხელი შეუწყო BMKGene-ის მთელი ტრანსკრიპტომის თანმიმდევრობის სერვისებით, პუბლიკაციების კურირებული კოლექციის მეშვეობით.
დაი, ი. და სხვ.(2022) 'mRNAs, lncRNAs და miRNAs-ის ყოვლისმომცველი გამოხატვის პროფილები კაშინ-ბეკის დაავადებაში, გამოვლენილი რნმ-სეკვევენირებით', Molecular Omics, 18(2), გვ. 154-166.doi: 10.1039/D1MO00370D.
ლიუ, ნ.ნანი და სხვ.(2022) 'Apis cerana-ს სიცივის წინააღმდეგობის სრული სიგრძის ტრანსკრიპტომების ანალიზი ჩანგბაის მთაზე გამოზამთრების პერიოდში', გენი, 830, გვ. 146503–146503.doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ და სხვ.(2022) 'მულტი-ომიკების ინტეგრაციაზე დაფუძნებული პრიორიტეტიზაცია კონკურენტი ენდოგენური რნმ-ის რეგულირების ქსელების მცირეუჯრედოვანი ფილტვის კიბოში: მოლეკულური მახასიათებლები და წამლების კანდიდატები', საზღვრები ონკოლოგიაში, 12, გვ.904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al.(2022) 'lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA გამოხატვის პროფილების ინტეგრირებული ანალიზი ავლენს ახალ შეხედულებებს პოტენციურ მექანიზმებზე არაქისის ფესვის კვანძის ნემატოდების საპასუხოდ', BMC Genomics, 23(1), გვ. 1–12.doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/ფიგურები/7.
Yan, Z. და სხვ.(2022) "მთლიანი ტრანსკრიპტომური რნმ-ის თანმიმდევრობა ხაზს უსვამს მოლეკულურ მექანიზმებს, რომლებიც დაკავშირებულია ბროკოლში მოსავლის შემდგომი ხარისხის შენარჩუნებასთან წითელი LED დასხივებით", Postharvest Biology and Technology, 188, გვ.111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
