16S/18S/ITS ампликонды секвенирлеу-PacBio
Қызмет көрсету мүмкіндіктері
● Секвенирлеу платформасы: PacBio Revio
● Реттік режим: CCS (HiFi оқулары)
● HiFi SMRT қоңырау кітапханасын дайындау алдында мақсатты аймақты күшейту және ампликондарды тандемдік байланыстыру
Қызмет көрсетудің артықшылықтары
●Жоғары таксономиялық ажыратымдылық: Than қысқа ампликонды секвенирлеу,түр деңгейінде OTU жіктеу деңгейінің жоғарылауына мүмкіндік береді.
●Жоғары дәлдіктегі базалық қоңырау шалуPacBio CCS режимін секвенирлеу (HiFi оқулары).
●ОқшауланбағанҚоршаған орта үлгілеріндегі микробтық құрамды жылдам анықтау.
●Кеңінен қолданыладыӘртүрлі микробтық қауымдастық зерттеулері.
●Кешенді биоинформатикалық талдауДеректер базасы, аннотация, OTU/ASV тұрғысынан әртүрлі талдаулары бар ең соңғы QIIME2 пакеті (микробтық экологияға сандық түсінік).
●Кең ауқымды сараптамаЖыл сайын мыңдаған ампликонды секвенирлеу жобалары жүргізілетін BMKGENE он жылдан астам тәжірибені, жоғары білікті талдау тобын, жан-жақты мазмұнды және сатудан кейінгі тамаша қолдауды ұсынады.
Қызмет көрсету сипаттамалары
| Кітапхана | Реттік стратегия | Ұсынылатын деректер |
| Ампликон | PacBio Revio | 10/30/50 мың тегтер (CCS) |
Үлгі талаптары
| Концентрациясы (нг/µL) | Жалпы мөлшері (мкг) | Көлемі (µL) |
| ≥5 | ≥0.3 | ≥20 |
Ұсынылған үлгі жеткізу
Үлгілерді сұйық азотта 3-4 сағат бойы мұздатып, сұйық азотта немесе -80 градус температурада ұзақ уақыт сақтау керек. Үлгіні құрғақ мұзбен бірге жеткізу қажет.
Қызмет көрсету жұмыс ағыны
Үлгіні жеткізу
Кітапхана құрылысы
Реттік реттеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
Келесі талдауды қамтиды:
●Шикі деректердің сапасын бақылау
●OTU кластерлендіру/шуды азайту (ASV)
●OTU аннотациясы
●Альфа әртүрлілігін талдау: Шеннон, Симпсон және ACE сияқты бірнеше индекстер.
●Бета әртүрлілігін талдау
●Топаралық талдау
●Корреляциялық талдау: қоршаған орта факторлары мен OUT құрамы мен әртүрлілігі арасындағы
●16S функционалды генін болжау
Таксономик таралудың гистограммасы
Қауымдастықтың таралуы филогенетикалық ағаш
Альфа әртүрлілігін талдау: ACE
индекс
Бета әртүрлілігін талдау: PCoA
Топаралық талдау: ANOVA
BMKGene компаниясының PacBio көмегімен ампликонды секвенирлеу қызметтерінің арқасында қол жеткізілген жетістіктерді басылымдардың жинақталған нұсқасы арқылы зерттеңіз.
Gao, X. және Wang, H. (2023) 'Альпі шалғынында екі өсу кезеңі бар альпілік меринос қойларының әртүрлі фенологияға бейімделу кезіндегі (қайта жасылданған және шөпті) қарын бактерияларының профильдері мен функцияларын салыстырмалы талдау', Fermentation, 9(1), 16-бет. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.
Li, S. және т.б. (2023) «Культуромикаға негізделген метагеномика және жоғары ажыратымдылықтағы талдауды қолдана отырып, шөл топырақтарындағы микробтық қара затты анықтау», npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), 1–14 беттер. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Mu, L. және т.б. (2022) «Жоңышқа, күріш сабанына және бидай кебегіне дайындалған аралас сүрлемнің ашыту сипаттамаларына, бактериялық әртүрлілігіне және аэробты тұрақтылығына май қышқылы тұздарының әсері», Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), 1475–1487 беттер. doi: 10.1002/JSFA.11482.
Yang, J. және т.б. (2023) «Ересек зебра балығындағы оксазолон тудырған ішек тотығу стрессіндегі Sonchus brachyotus DC сығындыларының антиоксиданттық әсеріндегі тотығу стрессінің биомаркерлері мен ішек микробиотасы арасындағы өзара әрекеттесу», Антиоксиданттар 2023, 12-том, 192-бет, 12(1), 192-бет. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.
