16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Қызмет мүмкіндіктері
● Тізбектеу платформасы: PacBio Revio
● Тізбектеу режимі: CCS (HiFi оқулары)
● Мақсатты аймақты күшейту, содан кейін HiFi SMRT қоңырау кітапханасын дайындау алдында ампликондарды тандемдік байланыстыру
Қызметтің артықшылықтары
●Жоғары таксономиялық рұқсат: Тқысқа ампликонды секвенирлеу,түрлер деңгейінде жоғары OTU классификация көрсеткіштеріне мүмкіндік береді.
●Жоғары дәлдік базалық қоңырау: PacBio CCS режимінің реттілігі (HiFi оқиды).
●Оқшауланбаған: Қоршаған орта үлгілеріндегі микроб құрамын жылдам анықтау.
●Кеңінен қолданылады: Әртүрлі микробтық қауымдастықты зерттеу.
●Кешенді биоинформатикалық талдау: Деректер базасы, аннотация, OTU/ASV тұрғысынан әртүрлі талдаулары бар соңғы QIIME2 пакеті (микробтық экология туралы сандық түсінік).
●Кең тәжірибе: Жыл сайын жүргізілетін мыңдаған ампликонды реттілік жобаларымен BMKGENE онжылдық тәжірибені, жоғары білікті талдау тобын, жан-жақты мазмұнды және сатылымнан кейінгі тамаша қолдауды ұсынады.
Қызмет сипаттамалары
| Кітапхана | Тізбектеу стратегиясы | Деректер ұсынылады |
| Ампликон | PacBio Revio | 10/30/50 K тегтері (CCS) |
Үлгіге қойылатын талаптар
| Концентрация (нг/мкл) | Жалпы сома (мкг) | Көлемі (μL) |
| ≥5 | ≥0,3 | ≥20 |
Ұсынылатын үлгіні жеткізу
Үлгілерді сұйық азотта 3-4 сағат мұздатып, сұйық азотта немесе -80 градусқа дейін ұзақ мерзімді резервте сақтаңыз. Құрғақ мұзбен үлгіні тасымалдау қажет.
Қызметтің жұмыс ағыны
Үлгіні жеткізу
Кітапхана құрылысы
Тізбектеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
Келесі талдауды қамтиды:
●Шықпаған деректер сапасын бақылау
●OTU кластерлеу/шуды жою (ASV)
●OTU аннотациясы
●Альфа әртүрлілігін талдау: бірнеше индекстер, соның ішінде Шеннон, Симпсон және ACE.
●Бета әртүрлілікті талдау
●Топаралық талдау
●Корреляциялық талдау: қоршаған орта факторлары мен OUT құрамы мен әртүрлілігі арасындағы
●16S функционалды генін болжау
Таксономиялық таралу гистограммасы
Қауымдастықтың таралуы филогенетикалық ағаш
Альфа әртүрлілігін талдау: ACE
индекс
Бета әртүрлілігін талдау: PCoA
Топаралық талдау: ANOVA
BMKGene компаниясының PacBio көмегімен ампликонды секвенирлеу қызметтері септігін тигізетін жетістіктерді жарияланымдар жинағы арқылы зерттеңіз.
Гао, X. және Ванг, Х. (2023) 'Альпілік шалғында екі өсу сатысы бар альпі меринос қойларында әртүрлі фенологияға бейімделу кезінде қарын бактерияларының профильдері мен функцияларының салыстырмалы талдауы (Regreen және Grassy)', ашыту, 9(1), б. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.
Ли, С. және т.б. (2023) «Культуромикаға негізделген метагеномиканы және жоғары ажыратымдылықтағы талдауды пайдалана отырып, шөл топырақтарындағы микробтық қараңғы затты түсіру», npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), 1–14 беттер. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Му, Л. және т.б. (2022) 'Жоңышқа, күріш сабаны және бидай кебектерімен дайындалған аралас сүрлемнің ашыту сипаттамаларына, бактериялық әртүрлілігіне және аэробты тұрақтылығына май қышқылы тұздарының әсері', Азық-түлік және ауыл шаруашылығы ғылымының журналы, 102(4), 1475-1487 беттер. doi: 10.1002/JSFA.11482.
Ян, Дж. және т.б. (2023) «Sonchus brachyotus DC сығындыларының антиоксиданттық әсерлеріндегі тотығу стресс биомаркерлері мен ішек микробиотасының өзара әрекеттесуі. «Ересектердегі зебрабалықтардағы оксазолонмен туындаған ішек тотығу стрессі», Антиоксиданттар 2023, том. 12, 192-бет, 12(1), б. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.
