Жоғары өткізу қабілеттілігі бар Транспозаға қол жетімді хроматинді талдау (ATAC-seq)
Қызмет мүмкіндіктері
● Қызмет ДНҚ-ақуыз өзара әрекеттесуін сақтау үшін алынған нуклеин қышқылдарының орнына тін үлгілерін қажет етеді.
● ATAC әдісі тіндердің диссоциациясын, одан кейін ядроларды оқшаулауды, Tn5 өңдеуді және тазартуды, ПТР күшейтуді, өлшемді таңдауды және секвенирлеуді қамтиды.
● Illumina NovaSeq ішінде секвенирлеу
Қызметтің артықшылықтары
●Жоғары сезімталдық:Төмен бастапқы ұяшық саны кітапхананы дайындау және реттілік үшін жеткілікті.
●Жоғары ақпараттық техника: бір мезгілде ашық хроматиннің геномдық орналасуын және транскрипция факторын байланыстыру орындары сияқты белсенді реттеуші элементтерді ашады.
●Жақсы тәжірибелік қайталану мүмкіндігі: техникалық көшірмелер тамаша қайталану мүмкіндігін көрсетеді.
●Кең тәжірибе: жүздеген ATAC секвенирлеу жобалары сәтті аяқталып, BMKGENE онжылдық тәжірибені, жоғары білікті талдау тобын, жан-жақты мазмұнды және сатудан кейінгі тамаша қолдауды ұсынады.
●Транскриптомикалық талдауға қосылу мүмкіндігі: RNA-seq сияқты басқа омика деректерімен ATAC тізбегін кешенді талдауға мүмкіндік береді.
● Кешенді биоинформатикалық талдау: хроматиннің ашық аймақтарын және олардың сәйкес функционалдығын (промоторлар, UTs, экзондар, интрондар) анықтауға ғана емес, сонымен қатар үлгілер арасындағы хроматиннің ашық аймақтары арасындағы айырмашылықтарды талдауға мүмкіндік береді.
Қызмет сипаттамалары
| Кітапхана | Тізбектеу стратегиясы | Ұсынылған деректер шығысы | Сапаны бақылау |
| ATAC-сег | Illumina PE150 | > 20 млн оқылды Геном өлшеміне байланысты (Адам: 50 млн оқу) | Q30≥85% |
Үлгіге қойылатын талаптар
Үлгі түрі: тіндер, тірі немесе мұздатылған жасушалар, қан
● Ұяшық нөмірі: ≥ 106жасушалар
● Тіндердің салмағы: ≥ 200 мг жаңа тін
● Қан: ≥ 4 мл
Қызметтің жұмыс ағыны
Эксперимент дизайны
Үлгіні жеткізу
ДНҚ экстракциясы
Кітапхана құрылысы
Тізбектеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
Келесі талдауды қамтиды:
● өңделмеген деректер сапасын бақылау;
● Анықтамалық геномға салыстыруға негізделген ең жоғары шақыру;
● Ең жоғары орналасқан жердегі гендік аннотация;
● Motif Analysis: транскрипция факторын байланыстыру орындарын анықтау (TFBS);
● Дифференциалды шыңды талдау және аннотация.
1. ATAC жүйесіндегі жылу картасы TSS және іргелес аймақтардағы таралуды оқиды (±3 кб)
2.Ашық хроматин аймағының әртүрлі геномдық компоненттерде таралуы
3.Топтар арасындағы дифференциалды шың
BMKGene компаниясының ATAC секвенирлеу қызметтері септігін тигізетін зерттеу жетістіктерін таңдалған басылымдар жинағы арқылы зерттеңіз.
Фу, А.т.б.(2023) «Ащы қауынның (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) теломера-теломера геномдық жиынтығы жемістердің дамуын, құрамын және пісетін генетикалық сипаттамаларын анықтайды',Бау-бақша шаруашылығын зерттеу, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Гонг, Б.т.б.(2023) «Глиомадағы онкоген ретінде FAM20C секреторлық киназасының эпигенетикалық және транскрипциялық активтенуі»,Генетика және геномика журналы, 50(6), 422–433 беттер. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Ол, Ы.т.б.(2023) «Бутират c-Fos-тәуелді xCT басылуын индукциялау арқылы колоректальды обырдағы ферроптозға төзімділікті жояды»,Тотығу-тотықсыздану биологиясы, 65, б. 102822. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
