Жоғары өткізу қабілеттілігі бар транспозазаға қолжетімді хроматинді талдау (ATAC-seq)
Қызмет көрсету мүмкіндіктері
● Қызмет көрсету кезінде ДНҚ-ақуыз өзара әрекеттесуін сақтау үшін экстракцияланған нуклеин қышқылдарының орнына тін үлгілері қажет.
● ATAC әдісі тіндердің диссоциациясын, содан кейін ядроларды оқшаулауды, Tn5 өңдеу және тазартуды, ПТР күшейтуді, өлшемді таңдауды және секвенирлеуді қамтиды.
● Illumina NovaSeq бағдарламасындағы секвенирлеу
Қызмет көрсетудің артықшылықтары
●Жоғары сезімталдық:Кітапхананы дайындау және секвенирлеу үшін бастапқы ұяшық санының аз болуы жеткілікті.
●Өте ақпараттық әдіс: бір мезгілде ашық хроматиннің геномдық орналасуын және транскрипция факторының байланысу орындары сияқты белсенді реттеуші элементтерді ашады.
●Жақсы эксперименттік қайталану: техникалық қайталаулар тамаша қайталануды көрсетеді.
●Кең ауқымды сараптамаЖүздеген ATAC секвенирлеу жобалары сәтті аяқталғаннан кейін, BMKGENE он жылдан астам тәжірибені, жоғары білікті талдау тобын, жан-жақты мазмұнды және сатудан кейінгі тамаша қолдауды ұсынады.
●Транскриптомика талдауына қосылу мүмкіндігі: ATAC seq-ін РНҚ-seq сияқты басқа омика деректерімен интеграцияланған талдауға мүмкіндік береді.
● Кешенді биоинформатикалық талдау: хроматиннің ашық аймақтарын және олардың сәйкес функционалдығын (промоторлар, UT-лар, экзондар, интрондар) анықтауға ғана емес, сонымен қатар үлгілер арасындағы хроматиннің ашық аймақтары арасындағы айырмашылықтарды талдауға мүмкіндік береді.
Қызмет көрсету сипаттамалары
| Кітапхана | Реттік стратегия | Ұсынылған деректер шығысы | Сапаны бақылау |
| ATAC-seq | Illumina PE150 | > 20 миллион оқу Геном өлшеміне байланысты (Адам: 50 млн оқу) | Q30≥85% |
Үлгі талаптары
Үлгілер түрі: Тіндер, тірі немесе мұздатылған жасушалар, қан
● Ұяшық нөмірі: ≥ 106жасушалар
● Тін салмағы: ≥ 200 мг жаңа тін
● Қан: ≥ 4 мл
Қызмет көрсету жұмыс ағыны
Тәжірибелік дизайн
Үлгіні жеткізу
ДНҚ экстракциясы
Кітапхана құрылысы
Реттік реттеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
Келесі талдауды қамтиды:
● Шикі деректердің сапасын бақылау;
● Анықтамалық геномға картаға түсіруге негізделген шыңдық шақыру;
● Шыңның орналасуы бойынша ген аннотациясы;
● Мотив талдауы: транскрипция факторларының байланысу орындарын (ТФБС) анықтау;
● Дифференциалды шыңдарды талдау және аннотациялау.
1. TSS және оған іргелес аймақтардағы ATAC оқуларының таралуы бойынша жылу картасы (±3 кб)
2. Әртүрлі геном компоненттеріндегі ашық хроматин аймағының таралуы
3. Топтар арасындағы дифференциалды шыңдарды шақыру
BMKGene компаниясының ATAC секвенирлеу қызметтерінің арқасында қол жеткізілген зерттеу жетістіктерін басылымдардың жинақталған жиынтығы арқылы зерттеңіз.
Фу, А.және т.б.(2023) «Ащы қауынның (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) теломер-теломер геномының жиналуы жемістің дамуын, құрамын және пісуінің генетикалық сипаттамаларын анықтайды»,Бау-бақша шаруашылығын зерттеу, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Гонг, Б.және т.б.(2023) «Глиомадағы онкоген ретінде FAM20C секреторлық киназаның эпигенетикалық және транскрипциялық белсенділігі»,Генетика және геномика журналы, 50(6), 422–433 беттер. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Ол, Ю.және т.б.(2023) «Бутират c-Fos-тәуелді xCT басылуын индукциялау арқылы тоқ ішек қатерлі ісігіндегі ферроптозға төзімділікті қалпына келтіреді»,Тотығу-тотықсыздану биологиясы, 65, 102822-бет. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
