De novo Бактериялық геномдық Ассамблея
Біз 0 бос орынға кепілдік беретін толық бактериялық геномды құрастыру қызметін ұсынамыз. Бұл құрастыруға арналған Nanopore және PacBio сияқты ұзақ оқылатын секвенирлеу технологияларын біріктіру және жинақты тексеру және ONT оқуларының қателерін түзету үшін Illumina бағдарламасымен қысқа оқу ретін біріктіру арқылы мүмкін болады. Біздің қызметіміз жинақтаудан, функционалды аннотациядан және кеңейтілген биоинформатикалық талдаудан толық биоинформатикалық жұмыс процесін қамтамасыз етеді, нақты зерттеу мақсаттарын орындайды. Бұл қызмет әртүрлі генетикалық және геномдық зерттеулер үшін нақты анықтамалық геномдарды жасауға мүмкіндік береді. Сонымен қатар, ол ғылыми түсініктер мен биотехнологиялық инновацияларды ілгерілету үшін маңызды сенімді және бос геномдық деректерді қамтамасыз ететін штаммдарды оңтайландыру, гендік инженерия және микробтық технологияны әзірлеу сияқты қолданбаларға негіз болады.
Қызмет мүмкіндіктері
● Геном толықтығының қажетті дәрежесіне байланысты таңдауға болатын екі ықтимал опциямен.
● Жобалық геном опциясы: Illumina NovaSeq PE150 көмегімен қысқаша оқу реттілігі.
● Толық 0 бос геном.
● Геномды жинақтау үшін Nanopore PromethION 48 немесе PacBio Revio жүйесінде ұзақ оқылатын секвенирлеу.
● Геномды валидациялау және қателерді түзету (Нанопора) немесе геном жобасын жасау үшін Illumina NovaSeq құрылғысында қысқа мерзімді оқу реттілігі.
Қызметтің артықшылықтары
●Нөлдік геномға кепілдік беріледі: Бұл ұзақ оқу ретімен (Nanopore немесе PacBio) Illumina секвенирлеуінің интеграциясына байланысты.
●Толық биоинформатика жұмыс процесі:Бұған геномды жинақтау және бірнеше геномдық элементтерді болжау, функционалды гендік аннотация және Circos сюжеті сияқты геномды визуализация кіреді.
●Кең тәжірибе: 20 000-нан астам микробтық геномдар жиналған, BMKGENE онжылдық тәжірибені, жоғары білікті талдау тобын, жан-жақты мазмұнды және сатудан кейінгі тамаша қолдауды ұсынады.
●Сатудан кейінгі қолдау:Біздің міндеттеме сатылымнан кейінгі 3 айлық қызмет көрсету мерзімімен жобаны аяқтағаннан кейін де кеңейеді. Осы уақыт ішінде біз нәтижелерге қатысты кез келген сұрауларды шешу үшін жобаны бақылауды, ақаулықтарды жою бойынша көмекті және сұрақ-жауап сессияларын ұсынамыз.
●Бірнеше реттілік стратегиялары қолжетімді:Әртүрлі зерттеу мақсаттары мен геномдық толықтық талаптары үшін.
Қызмет сипаттамалары
| Қызмет | Тізбектеу стратегиясы |
| Геном жобасы | Illumina PE150 100x |
| 0 Гап геномы | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (қосымша) |
Үлгіге қойылатын талаптар:
| Концентрация (нг/мкл) | Жалпы сома (мкг) | Көлемі (μL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1,0 |
| Нанопора | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1,0-3,0 |
| Иллюмин | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Бактериялар: ≥3,5x1010 жасушалар
Қызметтің жұмыс ағыны
Үлгіні жеткізу
Кітапхана құрылысы
Тізбектеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
Келесі талдауды қамтиды:
● Деректердің сапасын бақылауды реттілік
● Геном жинағы
● Геном құрамдастарының талдауы: CDS және бірнеше геномдық элементтерді болжау
● Бірнеше жалпы дерекқорлары (GO, KEGG, т.б.) және кеңейтілген дерекқорлары (CARD, VFDB, т.б.) бар функционалды аннотация
● Геномды визуализациялау
Біз геномды оңай қол жетімді fasta форматында және геномдық аннотация файлын (gff) қамтамасыз етеміз.
Гендік аннотация – GO
Гендік аннотация – CAZY көмірсулар
Геномды визуализациялау – Циркос сюжеті
BMKGene бактериялық геномды құрастыру қызметтері арқылы жасалған жетістіктерді зерттеген басылымдар жинағы арқылы зерттеңіз.
Дай, В. және т.б. (2023) «Адамның сау тоқ ішектерінің ойық жаралы колитін емдеуге арналған қауіпсіз және жаңа пробиотикалық бактерия ретінде Bacteroides uniformis F18-22 ашылуы»,Молекулалық ғылымдардың халықаралық журналы, 24(19), б. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Канг, Q. және т.б. (2021) 'Қытайдағы жабайы табиғаттан blaOXA-1 және blaNDM-1 тасымалдайтын бірнеше дәріге төзімді Proteus mirabilis изоляттары: қоғамдық денсаулыққа қауіп төндіреді',Интегративті зоология, 16(6), 798–809 беттер. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Ванг, ТТ және т.б. (2017) 'Bacillus flexus KLBMP 4941 эндофитінің толық геномдық тізбегі оның өсімдік өсуін ынталандыру механизмін және тұзға төзімділіктің генетикалық негізін ашады',Биотехнология журналы, 260, 38–41 беттер. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Ван, X. және т.б. (2021) «Клебсиелланың көп репликонды төзімділік плазмидалары микробқа қарсы гендердің кең таралуына ықпал етеді»,Микробиологиядағы шекаралар, 12, б. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
