De novo Бактериялық геномдық ассамблея
Біз бактериялық геномды толық құрастыру қызметін ұсынамыз, бұл 0 бос орынға кепілдік береді. Бұл құрастыру және қысқа оқу секвенирлеу үшін Nanopore және PacBio сияқты ұзақ оқу секвенирлеу технологияларын Illumina-мен біріктіру арқылы мүмкін болады, бұл құрастыруды валидациялау және ONT оқуларының қателерін түзету үшін жасалады. Біздің қызметіміз құрастырудан, функционалды аннотациядан және кеңейтілген биоинформатикалық талдаудан бастап толық биоинформатикалық жұмыс процесін қамтамасыз етеді, нақты зерттеу мақсаттарын орындайды. Бұл қызмет әртүрлі генетикалық және геномдық зерттеулер үшін дәл анықтамалық геномдарды әзірлеуге мүмкіндік береді. Сонымен қатар, ол штаммдарды оңтайландыру, гендік инженерия және микробтық технологияларды әзірлеу сияқты қолданбалар үшін негіз болып табылады, ғылыми түсініктер мен биотехнологиялық инновацияларды дамыту үшін маңызды сенімді және бос орынсыз геномдық деректерді қамтамасыз етеді.
Қызмет көрсету мүмкіндіктері
● Геномның толықтығының қажетті дәрежесіне байланысты таңдауға болатын екі мүмкін нұсқамен.
● Жоба геномының нұсқасы: Illumina NovaSeq PE150 көмегімен қысқа оқу секвенирлеу.
● Толық 0 бос геном.
● Геномды жинау үшін Nanopore PromethION 48 немесе PacBio Revio-да ұзақ оқылатын секвенирлеу.
● Геномды валидациялау және қателерді түзету (Nanopore) немесе жоба геномын жасау үшін Illumina NovaSeq бағдарламасында қысқа оқу секвенирлеу.
Қызмет көрсетудің артықшылықтары
●Нөлдік саңылаусыз геном кепілдігіБұл Illumina секвенирлеуін ұзақ оқу секвенирлеуімен (Nanopore немесе PacBio) біріктіруге байланысты.
●Биоинформатика бойынша толық жұмыс процесі:Бұған геномды құрастыру және бірнеше геномдық элементтерді болжау, функционалды ген аннотациясы және Циркос графигі сияқты геномды визуализациялау кіреді.
●Кең ауқымды сараптама20 000-нан астам микробтық геномдар жиналған BMKGENE он жылдан астам тәжірибені, жоғары білікті талдау тобын, жан-жақты мазмұнды және сатудан кейінгі тамаша қолдауды ұсынады.
●Сатудан кейінгі қолдау:Біздің міндеттемеміз жобаны аяқтаудан тыс, сатудан кейінгі 3 айлық қызмет көрсету мерзімін қамтиды. Осы уақыт ішінде біз жобаны бақылау, ақаулықтарды жою бойынша көмек және нәтижелерге қатысты кез келген сұрақтарға жауап беру үшін сұрақ-жауап сессияларын ұсынамыз.
●Бірнеше реттік стратегиялар қолжетімді:Әртүрлі зерттеу мақсаттары мен геномның толықтығына қойылатын талаптар үшін.
Қызмет көрсету сипаттамалары
| Қызмет көрсету | Реттік стратегия |
| Жоба геномы | Illumina PE150 100x |
| 0 алшақтық геномы | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (міндетті емес) |
Үлгі талаптары:
| Концентрациясы (нг/µL) | Жалпы мөлшері (мкг) | Көлемі (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| Нанопора | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Иллюмина | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Бактериялар: ≥3,5x1010 жасушалар
Қызмет көрсету жұмыс ағыны
Үлгіні жеткізу
Кітапхана құрылысы
Реттік реттеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
Келесі талдауды қамтиды:
● Деректердің сапасын бақылауды секвенирлеу
● Геном жинағы
● Геномдық компонентті талдау: CDS және бірнеше геномдық элементтерді болжау
● Бірнеше жалпы дерекқорлармен (GO, KEGG және т.б.) және кеңейтілген дерекқорлармен (CARD, CAZy және т.б.) функционалды аннотациялау
● Геномды визуализациялау
Біз геномды оңай қолжетімді fasta форматында және геном аннотация файлында (gff) ұсынамыз.
Ген аннотациясы – GO
Ген аннотациясы – CAZY көмірсулары
Геномды визуализациялау – Циркос графигі
BMKGene бактериялық геномды құрастыру қызметтерінің жетістіктерін басылымдардың арнайы жинақтары арқылы зерттеңіз.
Дай, В. және т.б. (2023) «Дені сау адамның тоқ ішегінің ойық жаралы колитін емдеуге арналған қауіпсіз және жаңа пробиотикалық бактерия ретінде Bacteroides uniformis F18-22 бактериясын ашу»,Халықаралық молекулалық ғылымдар журналы, 24(19), 14669-бет. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Канг, К. және т.б. (2021) «Қытайдағы жабайы табиғаттан blaOXA-1 және blaNDM-1 тасымалдайтын көп дәріге төзімді Proteus mirabilis изоляттары: қоғамдық денсаулыққа қауіп төндіруде»,Интегративтік зоология, 16(6), 798–809 беттер. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Ван, ТТ және т.б. (2017) «KLBMP 4941 эндофитінің толық геномдық тізбегі Bacillus flexus өсімдіктің өсуін ынталандыру механизмін және тұзға төзімділіктің генетикалық негізін ашады»,Биотехнология журналы, 260, 38–41 беттер. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Ван, Х. және т.б. (2021) «Клебсиелланың көп репликонды төзімділік плазмидтері микробқа қарсы гендердің кең таралуын қамтамасыз етеді»,Микробиологиядағы шекаралар, 12, б. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
