circRNA секвенирлеуі-Illumina
Ерекше өзгешеліктері
● rRNA сарқылуы, содан кейін бағытты кітапхананы дайындау, тізбекке тән деректерді секвенирлеуге мүмкіндік береді.
● Биоақпараттық жұмыс процесі circRNA болжамын және өрнектің сандық мөлшерін анықтауға мүмкіндік береді
Қызметтің артықшылықтары
●Толығырақ РНҚ кітапханалары:біз кітапханаға дейінгі дайындықта сызықтық РНҚ сарқылуының орнына рРНҚ сарқылуын қолданамыз, бұл реттілік деректерінің тек circRNA ғана емес, сонымен қатар mRNA және lncRNA да қамтылуын қамтамасыз ете отырып, осы деректер жиынтығына бірлескен талдау жасауға мүмкіндік береді.
●Бәсекеге қабілетті эндогендік РНҚ (ceRNA) желілерін қосымша талдау: жасушалық реттеу механизмдері туралы тереңірек түсінік беру
●Кең тәжірибе: BMK-да 20 000-нан астам үлгілерді өңдеу тәжірибесі бар, әртүрлі үлгі түрлерін және lncRNA жобаларын қамтитын біздің команда әрбір жобаға бай тәжірибе әкеледі.
●Қатаң сапаны бақылау: біз үлгіні және кітапхананы дайындаудан бастап реттілік пен биоинформатикаға дейінгі барлық кезеңдерде негізгі бақылау нүктелерін енгіземіз.Бұл мұқият бақылау тұрақты жоғары сапалы нәтижелерді жеткізуді қамтамасыз етеді.
● Сатудан кейінгі қолдау: Біздің міндеттеме жобаны аяқтағаннан кейін 3 айлық сатылымнан кейінгі қызмет көрсету мерзімін қамтиды.Осы уақыт ішінде біз нәтижелерге қатысты кез келген сұрауларды шешу үшін жобаны бақылауды, ақаулықтарды жою бойынша көмекті және сұрақ-жауап сессияларын ұсынамыз.
Үлгіге қойылатын талаптар және жеткізу
| Кітапхана | Платформа | Ұсынылған деректер | Деректер QC |
| Poly A байытылған | Illumina PE150 | 16-20 Гб | Q30≥85% |
Үлгіге қойылатын талаптар:
Нуклеотидтер:
| Конс.(нг/мкл) | Мөлшері (мкг) | Тазалық | Тұтастық |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Гельде ақуыз немесе ДНҚ ластануы шектеулі немесе жоқ. | Өсімдіктер үшін: RIN≥6,5; Жануарлар үшін: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; шектелген немесе жоқ бастапқы биіктік |
● Өсімдіктер:
Тамыр, сабақ немесе жапырақша: 450 мг
Жапырақ немесе тұқым: 300 мг
Жемістер: 1,2 г
● Жануарлар:
Жүрек немесе ішек: 450 мг
Ішкі ағзалар немесе ми: 240 мг
Бұлшық ет: 600 мг
Сүйектер, шаш немесе тері: 1,5 г
● Буынаяқтылар:
Жәндіктер: 9 г
Шаян тәрізділер: 450 мг
● Жалпы қан:2 түтік
● Ұяшықтар: 106 жасушалар
● Сарысу және плазма: 6 мл
Ұсынылатын үлгіні жеткізу
Контейнер: 2 мл центрифуга түтігі (қаңылтыр фольга ұсынылмайды)
Үлгі таңбалау: Топ+қайталау, мысалы, A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
жөнелту:
1. Құрғақ мұз: үлгілерді қаптарға салып, құрғақ мұзға көму керек.
2. РНҚ тұрақты түтіктер: РНҚ үлгілерін РНҚ тұрақтандыру түтігінде (мысалы, RNAstable®) кептіруге және бөлме температурасында жөнелтуге болады.
Қызметтің жұмыс ағыны
Эксперимент дизайны
Үлгіні жеткізу
РНҚ экстракциясы
Кітапхана құрылысы
Тізбектеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
Биоинформатика
circRNA болжамы: хромосомалық таралу
Дифференциалды экспрессиялық циркРНҚ – Вулкан сюжеті
Дифференциалды түрде экспрессияланған circRNAs – иерархиялық кластерлеу
ЦиркРНҚ-ның иесі гендерін функционалды байыту
Жарияланымдар жинағы арқылы BMKGene' circRNA секвенирлеу қызметтері көмектесетін зерттеу жетістіктерін зерттеңіз.
Ван, X. және т.б.(2021) 'CPSF4 циркРНҚ түзілуін және гепатоцеллюлярлық карциномада микроРНҚ арқылы геннің үнсіздігін реттейді', Oncogene 2021 40:25, 40(25), 4338–4351 беттер.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Ся, К. және т.б.(2023) 'X oo-жауапты транскриптом күріштегі OsARAB экспрессиясын реттеу арқылы ауруға төзімділікте айналмалы RNA133 рөлін ашады', Фитопатологияны зерттеу, 5(1), 1-14 беттер.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.
Y, H. et al.(2023) «CPSF3 гепатоцеллюлярлық карциномадағы айналмалы және сызықтық транскрипттердің тепе-теңдігін модуляциялайды».doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Чжан, Ю және т.б.(2023) «Бауыр трансплантациясына дейін және одан кейінгі цирроздық кардиомиопатиядағы циркРНҚ-ны кешенді бағалау», Халықаралық иммунофармакология, 114, б.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
