CircRNA секвенирлеу-Illumina
Ерекше өзгешеліктері
● рРНҚ-ның азаюы, содан кейін бағыттаушы кітапхана дайындау, бұл тізбекке тән деректерді секвенирлеуге мүмкіндік береді.
● Биоақпараттық жұмыс процесі циркРНҚ болжауға және экспрессияны сандық анықтауға мүмкіндік береді.
Қызмет көрсетудің артықшылықтары
●Кең ауқымды сараптамаБіз әр түрлі үлгі түрлерін қамтитын 20 000-нан астам үлгіні өңдедік, әрбір жобаға мол тәжірибе жинадық.
●Қатаң сапаны бақылауБіз үлгі дайындаудан бастап кітапхана дайындауға, секвенирлеуге және биоинформатикаға дейінгі барлық кезеңдерде негізгі бақылау нүктелерін енгіземіз. Біздің мұқият мониторингіміз үнемі жоғары сапалы нәтижелердің берілуін қамтамасыз етеді.
●Толығырақ РНҚ кітапханалары:Біз кітапханаға дейінгі дайындық кезінде сызықтық РНҚ-ның азаюының орнына рРНҚ-ның азаюын қолданамыз, бұл секвенирлеу деректеріне тек циркРНҚ ғана емес, сонымен қатар мРНҚ және lncРНҚ да кіруін қамтамасыз етеді, бұл деректер жиынтығын бірлесіп талдауға мүмкіндік береді.
●Бәсекеге қабілетті эндогендік РНҚ (ceRNA) желілерін қосымша талдауЖасушалық реттеу механизмдері туралы тереңірек түсінік беру.
● Сатудан кейінгі қолдауБіз қатысудың қаншалықты маңызды екенін түсінеміз, сондықтан біздің міндеттемеміз жобаны аяқтаудан тысқары, сатудан кейінгі 3 айлық қызмет көрсету мерзімін қамтиды. Осы уақыт ішінде біз жобаны бақылау, ақаулықтарды жою бойынша көмек және нәтижелерге қатысты кез келген сұрақтарға жауап беру үшін сұрақ-жауап сессияларын ұсынамыз.
Үлгі талаптары және жеткізу
| Кітапхана | Платформа | Ұсынылған деректер | Деректерді сапаны бақылау |
| рРНҚ-ның таусылған бағыттық кітапханасы | Illumina PE150 | 16-20 Гб | Q30≥85% |
Үлгі талаптары:
Нуклеотидтер:
| Конц. (нг/мкл) | Мөлшері (мкг) | Тазалық | Тұтастық |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Гельде ақуыз немесе ДНҚ ластануы шектеулі немесе мүлдем жоқ. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; базалық биіктік шектеулі немесе мүлдем жоқ |
● Өсімдіктер:
Тамыр, сабақ немесе гүлшоғыр: 450 мг
Жапырақ немесе тұқым: 300 мг
Жеміс: 1,2 г
● Жануар:
Жүрек немесе ішек: 450 мг
Ішкі мүшелер немесе ми: 240 мг
Бұлшықет: 600 мг
Сүйектер, шаш немесе тері: 1,5 г
● Буынаяқтылар:
Жәндіктер: 9 г
Шаян тәрізділер: 450 мг
● Тұтас қан:2 түтік
● Ұяшықтар: 106 жасушалар
● Сарысу және плазма: 6 мл
Ұсынылған үлгі жеткізу
Контейнер: 2 мл центрифуга түтігі (қалайы фольга ұсынылмайды)
Үлгі таңбалау: Топ+көшірме, мысалы, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Жеткізу:
1. Құрғақ мұз: Үлгілерді пакеттерге салып, құрғақ мұзға көму керек.
2. РНҚ-тұрақты түтіктер: РНҚ үлгілерін РНҚ-тұрақтандыру түтігінде (мысалы, RNAstable®) кептіріп, бөлме температурасында жеткізуге болады.
Қызмет көрсету жұмыс ағыны
Тәжірибелік дизайн
Үлгіні жеткізу
РНҚ экстракциясы
Кітапхана құрылысы
Реттік реттеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
Биоинформатика
- Деректерді сапаны бақылау
- Геномды туралау
- ЦиркРНҚ идентификациясы
- ЦиркРНҚ экспрессиясы
- Дифференциалды экспрессияны талдау
циркРНҚ болжамы: хромосомалық таралу
Дифференциалды түрде экспрессияланған циркРНҚ – Вулкан графигі
Дифференциалды түрде экспрессияланған циркРНҚ – иерархиялық кластерлеу
ЦиркРНҚ-ның иесі гендерінің функционалдық байытылуы
BMKGene компаниясының circRNA секвенирлеу қызметтері арқылы жүзеге асырылған зерттеу жетістіктерін басылымдардың жинақталған жиынтығы арқылы зерттеңіз.
Ван, Х. және т.б. (2021) «CPSF4 гепатоцеллюлярлық карциномада циркРНҚ түзілуін және микроРНҚ арқылы геннің үнсізденуін реттейді»,Онкоген2021 40:25, 40(25), 4338–4351 беттер. doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Ся, К. және т.б. (2023) «X oo-жауапты транскриптом күріштегі OsARAB экспрессиясын реттеу арқылы ауруға төзімділіктегі дөңгелек RNA133 рөлін ашады»,Фитопатологиялық зерттеулер, 5(1), 1–14 беттер. doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/СУРЕТТЕР/6.
Y, H. және т.б. (2023) «CPSF3 гепатоцеллюлярлық карциномадағы дөңгелек және сызықтық транскрипттердің тепе-теңдігін модуляциялайды». doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Чжан, Ю. және т.б. (2023) «Бауыр трансплантациясына дейін және одан кейін цирроздық кардиомиопатиядағы циркРНҚ-ны кешенді бағалау»,Халықаралық иммунофармакология, 114, б. 109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
