Салыстырмалы геномика
Қызметтің артықшылықтары
●Экспорттық сараптама және жариялау жазбалары: Жинақталған кезде, бмкген 90-дан астам геномдық жобаларды аяқтады, олардың жиынтық импакт-факторы 900-ге жетті.
●Биоинформатиканы жан-жақты талдау: Талдау пакетінде ең көп мөлшерде қажетті талдау бар, олар жақсы ойластырылған, жариялануға дайын, және нәтижелерді оңай түсіндіруге мүмкіндік береді
●Жоғары білікті биоинформатика командасы және қысқа талдау циклы: Салыстырмалы геномдыларды талдауда, б.з.д.
●Сатудан кейінгі қолдау:Біздің міндеттемелеріміз жобаны аяқтағаннан кейін 3 айдан кейінгі қызмет көрсету мерзімін ұзартады. Осы уақыт ішінде біз нәтижелерге қатысты кез-келген сұраныстарды шешуге бағытталған, ақаулықтарды жою, ақаулықтарды жою, & A сессияларын ұсынамыз.
Қызмет көрсету ерекшеліктері
| Болжалды кезең | Түрлер саны | Талдайды |
| 30 жұмыс күні | 6 - 12 | Генді отбасылық кластерлеу Генді отбасын кеңейту және жиырылу Филогенетикалық ағаш құрылысы Алшақтық уақытты есептеу (қазба калибрлеу қажет) LTR енгізу уақыты (өсімдіктер үшін) Жалпы геном қайталама (өсімдіктер үшін) Таңдамалы қысым Қартықты талдау |
Биоинформатикалар анализдер
Гендік отбасы
● флюлогенетика
● алауыздық уақыты
● Таңдамалы қысым
● Syntendy талдауы
Үлгі талаптары және жеткізу
Үлгі талаптары:
Геномды және құрастыру үшін ұлпалар немесе ДНҚ
Ұлпа үшін
| Түрлер | Майлық | Тексеру | Pacbio CCS |
| Жануар | Висцералды ұлпалар | 0,5 ~ 1 г | ≥ 3.5 г |
| Бұлшықет тіндері | |||
| ≥ 5.0 г | |||
| ≥ 5.0 мл | |||
| Сүтқоректілердің қаны | |||
| ≥ 0,5 мл | |||
| Құс / балық қаны | |||
| Зауыт | Жаңа жапырақ | 1 ~ 2 г | ≥ 5.0 г |
| Жапырақшалар / сабақтар | 1 ~ 2 г | ≥ 10,0 г | |
| Түбір / тұқым | 1 ~ 2 г | ≥ 20,0 г | |
| Ұяшықтар | Мәдени ұяшық | - | ≥ 1 x 108 |
Мәліметтер
Геномдық тізбек файлдары (. Тұрғындар) және аннотациялық файлдар (.gff3)
Қызмет көрсету ағымы
Эксперимент дизайны
Үлгіні жеткізу
Кітапхана құрылысы
Жүйелі кідіріс
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
*Көрсету нәтижелері көрсетілген, барлығы биомаркер технологиясымен жарияланған геномдардан
1.Тртрді енгізу Уақытты бағалау: Сурет басқа түрлермен салыстырғанда, қара бидай геномында LTR-RTS кірістіру уақытында бірегей бимодальды таратуды көрсетті. Ең соңғы шыңы 0,5 миллион жыл бұрын пайда болды.
Li guang et al.,Табиғат генетикасы, 2021
2. Чайлотта (Sechium udule) -ден гендік отбасылық талдау: Chayote және басқа 13 байланысты, гендермен байланысты 13 түрді гендік, ал Шайотте SNEATE Gourd (TrichosAnthes). Жыланнан алынған Чайот 27-45 мя, және бүкіл геномдық қайталанулар (WGD) 25 ± 4 Mya-да, бұл Cucuibitaceae-де үшінші WGD оқиғасы болып табылады.
Фу және al al.,Желілік зерттеулер, 2021
3.Сізденді талдау: жемістердің дамуындағы фитохормондарға қатысты бірнеше гендер Чайотта, жылан гурд және сквошта табылды. Чайоте мен сквош арасындағы корреляция шаян мен жыланның гурдынан сәл жоғары.
Фу және al al.,Желілік зерттеулер, 2021
4.gene Отбасын талдау: генетан-отбасының гендік кеңеюі және G.Thurberi және G.Davidsonii геномдарындағы контрактілік, стероидты биосинтез және брассиностероидты биосинтездің гендері кеңейтілгенін көрсетті.
Yang z et al.,BMC биологиясы, 2021
5.Веномәтін көшірмелерді талдау: 4DTV және KS таратуды талдау Genome қайталану оқиғасын көрсетті. ЕРТОПОРТТЕРДІҢ Шыңдары қайталану оқиғаларын көрсетті. Сақпалардың шыңдары көрсетілген іс-шаралар көрсетілген. Талдау көрсеткендей, басқа үш үшке байланысты түрлермен салыстырғанда, О. Еуропааа жақында үлкен көлемді қайталанудан өтті.
Rao g et al.,Желілік зерттеулер, 2021
BMK корпусы
Жүзімсіз раушан: ылғал бейімдеуімен байланысты геномдық түсініктер
Жарияланған категория: Ұлттық ғылыми шолу, 2021
САЯСАТ САЯСАТЫ:
'Бас арьТікенексіз'(Р.)Wichurainan) Геном:
Шамамен. 93 x Pacbio + шамамен. 90 X нанопор + 267 x Иллюминина
Негізгі нәтижелер
1.Жаңалықтар геномдық геномы ұзақ оқу әдістерін қолдана отырып, ұзындығы 530,07 МБ (болжамды геном мөлшері шамамен 525,9 МБ, геномдық цитометриямен және 525,5 »гетоменс бойынша 525,5-ке жуық; BusCo есептелген балл 93,9% құрады. «Ескі қызару» (Haploob )мен салыстырғанда, осы геномның сапасы мен толықтығы базалық бірыңғай дәлдік пен LTR жинақтау индексімен расталды (LAI = 20.03). Р.Кихураяна геномында 32 674 ақуыз кодтау гендері бар.
2.Мұлти-Омись, салыстырмалы геномдық, транскриптомика, генетикалық халықты QTL талдаудан тұратын бірлескен талдау, генетикалық халықты талдау Р.Фираиана мен Роза Чиненсис арасындағы маңызды баға анықталды. Сондай-ақ, QTL-де тиісті гендердің өрнек нұсқалары бағаналы діңгектермен байланысты болуы мүмкін.
Геномдық геномика Anyesis; S Thorians және Rosa Chinensis, соның ішінде синтензиялық талдау, ген отбасы кластері, кеңейту және жиырылуды талдау, раушандардағы маңызды белгілермен байланысты көптеген түрлендірулер анықталды. NAC және Far1 / Far1 / gen гендеріндегі ерекше кеңеюі қара даққа қарсылығымен байланысты болуы мүмкін.
BT және Haploob геномдары арасындағы салыстырмалы геномдық талдау.
Чонг, М., және басқалар. «Жүзімсіз раушан: Ылғал бейімдеумен байланысты геномдық түсініктер»Ұлттық ғылыми шолу, 2021 ;, nwab092.
